TPP-arita

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| 概   要 || 本研究課題では、イネやトマトのような作物、油をつくる藻類のような有用微生物について、モデル生物としてよく研究されているシロイヌナズナや酵母と同等レベルの代謝情報(化合物およびスペクトル情報)を提供するデータベースを構築する。生物種ごとに整理した化合物データを、代謝マップを通してゲノム情報とリンクさせ、医薬学のみならず生態学や栄養学にも役立つウェブサイトを構築する。
| 概   要 || 本研究課題では、イネやトマトのような作物、油をつくる藻類のような有用微生物について、モデル生物としてよく研究されているシロイヌナズナや酵母と同等レベルの代謝情報(化合物およびスペクトル情報)を提供するデータベースを構築する。生物種ごとに整理した化合物データを、代謝マップを通してゲノム情報とリンクさせ、医薬学のみならず生態学や栄養学にも役立つウェブサイトを構築する。
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== 参加メンバー ==
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* 有田正規(遺伝研)
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* 金谷重彦(奈良先)
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* 櫻井望 (かずさ)
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== 検討課題 ==
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* 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
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* 糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討
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* メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
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* IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど。
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== SPARQLthon ==
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* [[SPARQLthon21]]
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* [[SPARQLthon20]]

2014年6月18日 (水) 05:08時点における版

研究開発課題名 生物種メタボロームモデル・データベースの構築
研究代表者 有田 正規
所属・役職 理化学研究所 環境資源科学研究センター チームリーダー
概   要 本研究課題では、イネやトマトのような作物、油をつくる藻類のような有用微生物について、モデル生物としてよく研究されているシロイヌナズナや酵母と同等レベルの代謝情報(化合物およびスペクトル情報)を提供するデータベースを構築する。生物種ごとに整理した化合物データを、代謝マップを通してゲノム情報とリンクさせ、医薬学のみならず生態学や栄養学にも役立つウェブサイトを構築する。

参加メンバー

  • 有田正規(遺伝研)
  • 金谷重彦(奈良先)
  • 櫻井望 (かずさ)

検討課題

  • 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
  • 糖脂質(糖鎖+脂質)、アルカロイド+テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか(記述するのか)を検討
  • メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
  • IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど。

SPARQLthon

個人用ツール