SPARQLthon86

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第86回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

  • 開催期間：2019年 11月 28（木）- 29日（金）
  • 開催場所：遺伝学研究所 生命情報研究センター棟 (DDBJ棟) 4F会議室 (W403-405)
  • アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
    • 遺伝研行きのシャトルバスがあります。乗り口は北口から出てロータリー向かって左手です。
    • 新幹線ーNIGシャトルバス接続情報
    • 9:30出発のシャトルバスに乗ってお越しいただくと、DDBJ棟までご案内します。
      • 関東方面からお越しの方は こだま639号 (東京8:26発、品川8:34発) がスムーズです。
      • 関西方面からお越しの方は こだま632号 (名古屋7:29発) がスムーズですが、朝が早いので前泊する方が楽です。
  • お昼について
    • 所内には小さい食堂がありますが、売店などはありません。お弁当などをお持ち頂くことをお勧めします。
  • ホテルについて

スケジュール

  • 11/28 (木)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00- ラップアップ
    • 18:30- 懇親会 (希望者)
    • 20:25 遺伝研発三島行き最終シャトルバス
  • 11/29 (金)
    • 10:00-17:00 開発
    • 17:00-18:00 ラップアップ
    • 18:25, 19:25, 20:25 遺伝研発三島行きシャトルバス

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

終了

SPARQLthon グループ

  • トリプルストア調査（山本）

Stardog 7.0.3, RDF4J 3.0.2, AllegroGraph 6.6.0, BlazeGraph 2.1.1, GraphDB 9.0.0のデプロイをしました。

  • JVar→TogoVar（片山、佐藤、藤澤）
    • バリアントレコードの交換のためにTogoVarの現状のRDFとJSONを共有してもらった
    • RDF語彙を適応したJSON-LD形式でデータ共有できると幸せになれそう
  • GraphDB 9.0.0 free editionでdocker imageを作る（佐藤）
  • 植物ゲノム/Marker/QTL/Trait RDF（平川、鐘ケ江、櫛田、藤澤）
    • GeneticMapをFALDOで記述できるか
  • virtuoso CORS オプションを isqlから設定 (守屋、岡別府) 
 # DB.DBA.VHOST_DEFINE (lpath=>'/sparql_1', ppath=>'/!sparql/', opts=>vector('cors','*'));
 # update http_path set HP_OPTIONS = (select HP_OPTIONS from http_path where HP_LPATH='/sparql_1') where HP_LPATH='/sparql';
 # DB.DBA.VHOST_REMOVE (lpath=>'/sparql_1');
 # URLで指定したい場合は一行目の '*' の場所にURLを入れる
 #
 # 2020/3/25 上記ではVirtuoso再起動で問題が出たので、endpoiontを消して、オプションつけて作成、という手順に変更
 DB.DBA.VHOST_REMOVE (lpath=>'/sparql');
 DB.DBA.VHOST_DEFINE (lpath=>'/sparql', ppath=>'/!sparql/', is_dav=>1, vsp_user=>'dba', opts=>vector('cors', '*', 'browse_sheet', '文字列無し(Wikiが連続シングルクオートを表示しないので)', 'noinherit', 'yes'));
  • service句有効化 
 USER_GRANT_ROLE ('SPARQL', 'SPARQL_SPONGE');
  • https://github.com/dbcls/rdfsummit/ の virtuoso/virtuoso.sh (片山)
    • 上記 CORS, SERVICE 句の有効化およびパスワード変更を取り込み
      • 2020/3/26 上記CORSの改訂をvirtuoso.shに反映
    • 全パラメータを環境変数でも渡せるように変更
  • 理研メタデータベースのエンドポイントで Content-type negotiation ができず SPARQList から呼び出せない問題 (片山、小林)
  • BioHackathon 用のプレプリントサーバ BioHackrXiv のデザイン改訂（永野、片山）
  • 2020年1月の可視化情報誌に MetaStanza の原稿が載る予定。校正にご協力頂いた皆様、ありがとうございました（川島、守屋、片山）

今後の予定

参考リンク

参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 山本泰智 (DBCLS) 29日午前まで
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 仲里猛留 (DBCLS)
  • 内藤雄樹 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS)
  • 川本祥子(NIG/DBCLS)
  • 池田秀也(DBCLS)
  • 大田達郎(DBCLS)
  • 櫛田達矢(理研BRC)29日のみ
  • 守屋勇樹 (DBCLS)
  • 永野朗夫（PENQE）
  • 小林紀郎 (RIKEN)
  • 藤澤貴智（NIG）
  • 岡別府陽子(OKBP) 28日午後から
  • 高月照江 (DBCLS)
  • 大石直哉 (dogrun)
  • 福島敦史（理研CSRS）29日のみ
  • 白石幸太郎 (CiRA)
  • 浅野由衣（PENQE）
  • 森宙史（NIG）28日のみ
  • 山田一作（野口研究所）
  • 沖　真弥（九大）28日のみ
  • 田中聡 (Trans-IT)
  • 平川英樹（かずさ）
  • 内山郁夫（基生研）28日のみ
  • 西出浩世（基生研）
  • 鐘ケ江弘美(NARO)
  • 中村保一(遺伝研・かずさDNA研)
  • 佐藤大輔 (Lifematics)
  • 畠中秀樹 (DBCLS) 28日のみ
「/mw/SPARQLthon86」より作成