SPARQLthon74

提供：TogoWiki

第74回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次 1 開催概要 2 プロジェクト 2.1 TPP グループ全体 2.1.1 継続中 2.1.2 終了 2.2 SPARQLthon グループ 2.3 今後の予定 3 参考リンク 4 参加者

開催概要

• 開催期間：2018年 11月 19（月）- 20日（火）
• 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階
• アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access
• 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて
• 周辺の食事処 Google Map

プロジェクト

TPP グループ全体

継続中

• データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発 (黒川) - http://microbedb.jp/
  • メタゲノム解析レコードのサンプル単位および環境（MEO）単位での統計データRDFの検討（藤澤、岡別府）
  • MBGD 2018_01版のRDFからゲノムおよび配列一覧を確認する【Todo】
• 糖鎖科学ポータルの構築 (木下)
  • WURCSFrameworkの改良（三浦）
• 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化 (栗栖) - http://pdbj.org/
• 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築 (田畑) - http://pgdbj.jp/
• 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合 (菅野) - http://kero.hgc.jp/
• エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充 (沖) - http://chip-atlas.org/
  • TogoVar との連携を検討（沖・大田・三橋・豊岡・川嶋・川島・片山）
• ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/
• 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/
• プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/
  • プロテオゲノミクス対応（守屋）
    • ミューテーションの入ったペプチドのRDFスキーマ考案、RDF化スクリプト作成
    • 可視化テスト（Protein browser のプルダウンメニュー -> "Sequence variant")

終了

• 生命と環境のフェノーム統合データベース (桝屋)
• 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 (有田)
• 個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース (徳永)
• プロテオーム統合データベース：jPOST (石濱) - http://jpostdb.org/
• 生命動態システム科学のデータベースの統合化 (大浪)

SPARQLthon グループ

• The 1st EU ELIXIR BioHackathon 2018 in Parisの復習（千葉）
  • FAIR Data Demonstrator等
• TogoGenome
  • GoogleMapの使用をやめOpenStreetMapに変更
  • SPARQListを使用してStanzaを改変(開始)
• Med2RDF
  • HGNCパーサを更新して別名を拾うようにした（片山）
  • 新版 ClinVar RDF の SPARQList を作成（佐藤）
  • 文献からの知識抽出の RDF モデル検討（阿部・多胡）
• BH18 のポスター作成（浅野・片山）
• 紹介：国立国会図書館 Web NDL Authorities SPARQL endpoint β版の公開
  • SPARQL 1.1
  • SPARQLエンドポイント
  • Web NDL Authorities SPARQL API仕様書
• 12/1 グラフデータベース入門ワークショップ (山中)

今後の予定

参考リンク

• これまでの SPARQLthon

参加者

• 片山俊明 (DBCLS)
• 川島秀一 (DBCLS)
• 山本泰智 (DBCLS)
• 岡別府陽子(MSS)
• 大石直哉(DOGRUN)
• 坊農秀雅 (DBCLS) (20日のみ)
• 仲里猛留(DBCLS)
• 五斗進（DBCLS）
• 永野朗夫（PENQE）
• 平原麗夏（PENQE）
• 浅野由衣（PENQE）
• 古崎晃司（大阪大学）（19日のみ）
• 建石由佳 （NBDC)（20日16時ごろまで）
• 三浦信明（野口研）（20日のみ）
• 小野浩雅(DBCLS)
• 大田達郎(DBCLS)
• 内藤雄樹(DBCLS)
• 池田秀也(DBCLS)
• 佐藤大輔（Lifematics）
• 多湖真一郎(富士通研）（19日のみ）
• 阿部修也(富士通研）（19日のみ）
• 藤澤貴智(遺伝研)
• 田中聡 (Trans-IT) (20日 13時まで)
• 守屋勇樹 (DBCLS)
• 山田一作（野口研究所）19日-11:00, 20日
• 千葉啓和 (DBCLS)
• 畠中秀樹 (NBDC)（19日のみ）
• 山口敦子 (DBCLS)
• 藤原豊史 (DBCLS)
• 櫛田達矢 (NBDC)19日のみ