BH12.12/SPARQLthon11/Taxonomy
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目次 |
OBO版Taxonomy.owlの問題点
- 2013年1月から更新されていない
- taxonomy id相当のリソースURL体系が複数あってSPARQLが書きにくい
- ncbiのtaxdumpにある情報を落としている
ncbi_taxonomy.owlの調査
http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon.owl が25-Jan-2013で最新
obofoundary.org
リンクのoboとowlは対応してない
ncbitaxon.obo 24-Jan-2013 15:18 183M
ncbitaxon.owl 25-Jan-2013 12:51 802M
ncbi_taxonomy.obo 13-Jun-2012 14:22 130M
ncbi_taxonomy.owl 13-Jun-2012 14:59 560M
ncbi_taxonomy.owl2 13-Jun-2012 16:43 219M
bioportal
ncbi_taxonomy_v1.2.zip 12/12/2011 (release date)
ncbi_taxonomy.owl の作り方
1. go-perlをインストール
%cpanm go-perl
2. ソースファイルを取得する # the flatfile version produced at EBI daily for use in SRS.
%wget ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/taxonomy/taxonomy.dat
3. ソースファイルをowlに変換する
go2fmt.pl -format ncbi_taxonomy -xslt oboxml_to_owl taxonomy.dat > ncbi_taxonomy-2013-06-18.owl
[6/19/13 1:00:15 AM] 藤澤貴智: 試しに ncbitaxon.owl変換を実行中ですが、タイムスタンプを見る限り1日近くかかるらしい。
ncbi_taxonomy.owlの中身
- select distinct ?Concept where {[] a ?Concept}
| Concept |
|---|
| http://www.w3.org/2002/07/owl#Class |
| http://www.w3.org/2002/07/owl#AnnotationProperty |
| http://www.w3.org/2002/07/owl#Ontology |
| http://www.w3.org/2002/07/owl#Axiom |
- select distinct ?p { ?s ?p ?o. }
- select ?rank {?s <http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon#has_rank> ?rank.}
o
http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subkingdom http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_class http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_family http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_forma http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_genus http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_order http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_phylum http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species_group http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subfamily http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_suborder http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subspecies http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subtribe http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superfamily http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superkingdom http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superphylum http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_tribe http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_varietas http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_infraorder http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superorder http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_kingdom http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_superclass http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_infraclass http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subclass http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subgenus http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_species_subgroup http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_parvorder http://purl.obolibrary.org/obo/NCBITaxon_subphylum
