ファイルフォーマット

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データベースやツールの入出力で利用されているファイルフォーマットについてまとめます。

目次 1 FASTA 1.1 FastA 1.2 Numerical FASTA 2 FastQ 3 SAM/BAM 3.1 SAM 3.2 BAM 4 BLAST レポート 4.1 Default 4.2 Tabular (-m 8) 4.3 XML (-m 7) 5 iprscan 5.1 .raw 6 UCSC Genome 6.1 BED フォーマット 6.2 bigBed フォーマット 6.3 PSL フォーマット 6.4 GFF フォーマット 6.5 GTF フォーマット 6.6 MAF フォーマット 6.7 BAM フォーマット 6.8 WIG フォーマット 6.9 bigWig フォーマット 6.10 Microarray フォーマット 6.11 Chain フォーマット 6.12 Net フォーマット 6.13 Axt フォーマット 6.14 .2bit フォーマット 6.15 .nib フォーマット 6.16 GenePred table フォーマット 7 Cytoscape 7.1 Simple interaction file (SIF or .sif format) 7.2 Nested network format (NNF or .nnf format) 7.3 Graph Markup Language (GML or .gml format) 7.4 XGMML (extensible graph markup and modelling language). 7.5 SBML 7.6 BioPAX 7.7 PSI-MI Level 1 and 2.5 7.8 Delimited text 7.9 Excel Workbook (.xls)

FASTA

• ファイルフォーマット:FASTA

FastA

Numerical FASTA

FastQ

• ファイルフォーマット:FastQ

SAM/BAM

SAM

BAM

BLAST レポート

• ファイルフォーマット:BLAST

Default

Tabular (-m 8)

XML (-m 7)

iprscan

.raw

UCSC Genome

Frequently Asked Questions: Data File Formats

BED フォーマット

bigBed フォーマット

PSL フォーマット

GFF フォーマット

GTF フォーマット

MAF フォーマット

BAM フォーマット

WIG フォーマット

bigWig フォーマット

Microarray フォーマット

Chain フォーマット

Net フォーマット

Axt フォーマット

.2bit フォーマット

.nib フォーマット

GenePred table フォーマット

Cytoscape

Supported Network File Formats

Simple interaction file (SIF or .sif format)

Nested network format (NNF or .nnf format)

Graph Markup Language (GML or .gml format)

XGMML (extensible graph markup and modelling language).

SBML

BioPAX

PSI-MI Level 1 and 2.5

Delimited text

Excel Workbook (.xls)