ファイルフォーマット
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データベースやツールの入出力で利用されているファイルフォーマットについてまとめます。 | データベースやツールの入出力で利用されているファイルフォーマットについてまとめます。 | ||
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| + | == BLAST レポート == | ||
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| + | === Default === | ||
| + | === Tabular (-m 8) === | ||
| + | === XML (-m 7) === | ||
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| + | == iprscan == | ||
| + | === .raw === | ||
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| + | == UCSC Genome == | ||
| + | [http://genome.ucsc.edu/FAQ/FAQformat.html Frequently Asked Questions: Data File Formats] | ||
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| + | === BED フォーマット === | ||
| + | === bigBed フォーマット === | ||
| + | === PSL フォーマット === | ||
| + | === GFF フォーマット === | ||
| + | === GTF フォーマット === | ||
| + | === MAF フォーマット === | ||
| + | === BAM フォーマット === | ||
| + | === WIG フォーマット === | ||
| + | === bigWig フォーマット === | ||
| + | === Microarray フォーマット === | ||
| + | === Chain フォーマット === | ||
| + | === Net フォーマット === | ||
| + | === Axt フォーマット === | ||
| + | === .2bit フォーマット === | ||
| + | === .nib フォーマット === | ||
| + | === GenePred table フォーマット === | ||
| + | |||
| + | == Cytoscape == | ||
| + | [http://www.cytoscape.org/manual/Cytoscape2_7Manual.html#Supported%20Network%20File%20Formats Supported Network File Formats] | ||
| + | === Simple interaction file (SIF or .sif format) === | ||
| + | |||
| + | === Nested network format (NNF or .nnf format) === | ||
| + | |||
| + | === Graph Markup Language (GML or .gml format) === | ||
| + | |||
| + | === XGMML (extensible graph markup and modelling language). === | ||
| + | |||
| + | === SBML === | ||
| + | |||
| + | === BioPAX === | ||
| + | |||
| + | === PSI-MI Level 1 and 2.5 === | ||
| + | |||
| + | === Delimited text === | ||
| + | |||
| + | === Excel Workbook (.xls) === | ||
[[Category:ファイルフォーマット]] | [[Category:ファイルフォーマット]] | ||
2010年8月18日 (水) 03:17時点における最新版
データベースやツールの入出力で利用されているファイルフォーマットについてまとめます。
目次 |
FASTA
FastA
Numerical FASTA
FastQ
SAM/BAM
SAM
BAM
BLAST レポート
Default
Tabular (-m 8)
XML (-m 7)
iprscan
.raw
UCSC Genome
Frequently Asked Questions: Data File Formats
BED フォーマット
bigBed フォーマット
PSL フォーマット
GFF フォーマット
GTF フォーマット
MAF フォーマット
BAM フォーマット
WIG フォーマット
bigWig フォーマット
Microarray フォーマット
Chain フォーマット
Net フォーマット
Axt フォーマット
.2bit フォーマット
.nib フォーマット
GenePred table フォーマット
Cytoscape
Supported Network File Formats
