ノート:BH13.13/DDBJ
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事前準備
2014年1月7日
BH13.13 参加者で「DDBJ として何を開発するか、DBCLSや統合の関係者と何をディスカッションすると良いか」について事前打合で課題出しを行なった。
- システム開発・運用おけるバンク系機関間で連携できそうなこと
- 緯度経度情報の取得などデータ登録における再利用可能な汎用入力インターフェース開発
→ BH13.13/dbcatalog で、運用機関所在国の記述 が課題らしいので一緒にやれることはあるかも？ -藤澤
- メタデータ登録システム開発
- db_xrefなど外部リンク情報
- Taxonomy → BioSample移行問題
- INSDCのBioSampleスキーマ等最新情報の共有
- DDBJのBioSample登録周辺に関する議論
- BRC連携とReference BioSample
- 必須項目情報や登録推奨メタデータのサブセットの定義情報の再利用
- 配列更新をサポートするサービス開発
- 配列更新に伴う差分情報の解析＋アノテーションの継承
- scaffold+AGP対応
- その他にもDDBJ査定における諸問題の共有 - 真島
- セマンティックリソース開発 - 藤澤
- 開発中のSPARQLエンドポイントを用いてmetadata, qualifier値の再利用 - （例）locus_tag prefix情報を含めたlocus_tag, old_locus_tag
- SPINバリデーションで生じる改変データについての取り扱いや公開方針についての検討
- ゲノム登録関連ウェブサービス・ツールとの連携
- GFF3など多様な形式への対応
- ユーザ認証、登録者ユーザ情報に関する連携
2014年1月16-17日 SPARQLthon16
- DDBJ/RDF
- db_xrefのdb_codeの対応、現在、Genome-RDFで扱っているdb_xrefについてidentifiers.orgで対応済であるが、INSDCが扱っている残りのdb_xrefに対応する
- リスト: http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/db_xref-e.html or http://www.insdc.org/documents/dbxref-qualifier-vocabulary
- ただし、全ての db_xref で示すデータベースと ID が link 可能ということではない
- RDFコンバーターのgithub運用について
- 登録元 (どのデータベース由来か) 情報の扱い http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/prefix.html
- db_xrefのdb_codeの対応、現在、Genome-RDFで扱っているdb_xrefについてidentifiers.orgで対応済であるが、INSDCが扱っている残りのdb_xrefに対応する
- DDBJ/OWL
- DDBJ/Taxonomy.owlへリソースURIの追加
- DDBJ/Taxonomy.owlのリソースURIの変更 http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy# → http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
- BioSample.xsdスキーマ確認
- BioSampleとその周辺 真島作成の資料２
- 現在の暫定 (@NCBI/DDBJ): http://trace.ddbj.nig.ac.jp/files/schema/biosample/biosample.xsd
2014年1月20-21日 RefGS打合せ
- RefGenome DBのBioSampleセットの確認
- RefGenome DBへのBlast 検索m8結果のRDFの用意
- locus_tagからリファレンスゲノム情報を表示するStanza開発
2014年1月22日 github環境整備
- githubにDDBJからのオントロジーや開発コードの公開を前提としたorganizationを作成
セマンティックリソース開発
- SPARQLエンドポイント整備&更新系
- リソースURI参照のためのウェブサイト構築
- SPINルール開発プロトタイプ
DDBJスタンザ開発
ゲノム登録関連ウェブサービス・ツール
- MiGAP
- DDBJ pipeline
- Genome Refine
- DDBJ登録形式への変換
- TogoAnnotator
- DDBJ登録アノテーション用辞書整備
- RefGS
