ノート:BH13.13/DDBJ

提供：TogoWiki

目次 1 事前準備 1.1 2014年1月7日 1.2 2014年1月16-17日 SPARQLthon16 1.3 2014年1月20-21日 RefGS打合せ 1.4 2014年1月22日 github環境整備 2 セマンティックリソース開発 2.1 DDBJスタンザ開発 3 ゲノム登録関連ウェブサービス・ツール

事前準備

2014年1月7日

BH13.13 参加者で「DDBJ として何を開発するか、DBCLSや統合の関係者と何をディスカッションすると良いか」について事前打合で課題出しを行なった。

• システム開発・運用おけるバンク系機関間で連携できそうなこと
  • 緯度経度情報の取得などデータ登録における再利用可能な汎用入力インターフェース開発

→ BH13.13/dbcatalog で、運用機関所在国の記述 が課題らしいので一緒にやれることはあるかも？ -藤澤

• • メタデータ登録システム開発
  • db_xrefなど外部リンク情報
• Taxonomy → BioSample移行問題
  • INSDCのBioSampleスキーマ等最新情報の共有
• DDBJのBioSample登録周辺に関する議論
  • BRC連携とReference BioSample
  • 必須項目情報や登録推奨メタデータのサブセットの定義情報の再利用
• 配列更新をサポートするサービス開発
  • 配列更新に伴う差分情報の解析＋アノテーションの継承
  • scaffold+AGP対応
• その他にもDDBJ査定における諸問題の共有 - 真島
• セマンティックリソース開発 - 藤澤
  • 開発中のSPARQLエンドポイントを用いてmetadata, qualifier値の再利用 - （例）locus_tag prefix情報を含めたlocus_tag, old_locus_tag
  • SPINバリデーションで生じる改変データについての取り扱いや公開方針についての検討
• ゲノム登録関連ウェブサービス・ツールとの連携
  • GFF3など多様な形式への対応
  • ユーザ認証、登録者ユーザ情報に関する連携

2014年1月16-17日 SPARQLthon16

BH12.12/SPARQLthon16/DDBJ

• DDBJ/RDF
  • db_xrefのdb_codeの対応、現在、Genome-RDFで扱っているdb_xrefについてidentifiers.orgで対応済であるが、INSDCが扱っている残りのdb_xrefに対応する
    • リスト: http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/db_xref-e.html or http://www.insdc.org/documents/dbxref-qualifier-vocabulary
    • ただし、全ての db_xref で示すデータベースと ID が link 可能ということではない
  • RDFコンバーターのgithub運用について
  • 登録元 (どのデータベース由来か) 情報の扱い http://www.ddbj.nig.ac.jp/sub/prefix.html
• DDBJ/OWL
  • DDBJ/Taxonomy.owlへリソースURIの追加
  • DDBJ/Taxonomy.owlのリソースURIの変更 http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy# → http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/
  • BioSample.xsdスキーマ確認
    • BioSampleとその周辺 真島作成の資料２
    • 現在の暫定 (@NCBI/DDBJ): http://trace.ddbj.nig.ac.jp/files/schema/biosample/biosample.xsd

2014年1月20-21日 RefGS打合せ

• RefGenome DBのBioSampleセットの確認
• RefGenome DBへのBlast 検索m8結果のRDFの用意
• locus_tagからリファレンスゲノム情報を表示するStanza開発

2014年1月22日 github環境整備

• githubにDDBJからのオントロジーや開発コードの公開を前提としたorganizationを作成

セマンティックリソース開発

• SPARQLエンドポイント整備&更新系
• リソースURI参照のためのウェブサイト構築
• SPINルール開発プロトタイプ

DDBJスタンザ開発

ゲノム登録関連ウェブサービス・ツール

• MiGAP
• DDBJ pipeline
• Genome Refine
  • DDBJ登録形式への変換
• TogoAnnotator
  • DDBJ登録アノテーション用辞書整備
• RefGS