ウェブサービスAPI とCytoscapeプラグイン
提供：TogoWiki
ATTED IIの共発現ネットワークの可視化
- GraphVizでのネットワーク可視化部分にCytoscapeWebを
- PSIQUIC準拠(SOAP/REST)
目次 |
ATTED IIについて
ユーザが指定したgeneに対する共発現遺伝子ネットワークを描く
NetworkDrawer
http://atted.jp/top_draw.shtml
- 現在のnetwork描画はgraphviz
- 巨大なネットワークにおける問題点（描画時間、ネットワークの見やすさ）
- Cytoscapeは強力だが、stand-aloneであることと、高機能であることから、実験生物学者には難しい
- Cytoscape Web → ネットワークの描画、修正の問題の解決、Cytoscapeへの導入
- Cytoscape → 既存のplug-inを利用したネットワークとしての解析、他のデータとの統合
- 共通フォーマットを扱えるCytoscape plug-inのPSIQUICは、Cytoscape Webで使えない。
参加者
大林、笠原、西田
フォーマットについて
| - | CytoscapeWeb | Cytoscape | 特徴 |
|---|---|---|---|
| GraphML | 対応 | 非対応(今後対応予定) | 理解しやすく、動作も良好、一般的、しかし何故かCytoscape非対応 |
| XGMML | 対応 | 対応 | 一般的ではない、動作確認できず |
| PCI-MI | 非対応 | 対応 | PSIQUIC webserviceとの親和性がよいがCytoscapeWebに非対応 |
| SIF | 対応 | 対応 | 最もシンプルで対応もよいがアトリビュート情報を保持できない |
ブラウザでの可視化結果をinteractiveにするためのステップ
- 出力フォーマットにGraphMLを追加
- CytoscapeWeb用の見栄え, UIをjavascriptで
CytoscapeWebで実現するUI
- 現在のGraphViz出力でできていることの上に独自の便利さを加える
- クエリの遺伝子と共発現対象遺伝子のノード背景色の区別
- 転写因子かどうかでノードの形を変える
など
PSIQUIC universal client(Cytoscape)に対応するためのステップ
- RESTなURLでGraphMLを返す
- RESTなURL(PSIQUIC準拠)でPSIQUIC準拠のデータを返す
CytoscapeWebについて
ATTED IIの検索結果のためのGraphML
<graphml>\ <key id="label" for="all" attr.name="label" attr.type="string"/>\ <key id="target" for="node" attr.name="target" attr.type="string"/>\ <key id="TF" for="node" attr.name="TF" attr.type="string"/>\ <key id="function" for="node" attr.name="function" attr.type="string"/>\ <key id="keggsecmet" for="node" attr.name="keggsecmet" attr.type="string"/>\ <key id="keggamino" for="node" attr.name="keggamino" attr.type="string"/>\ <key id="keggstarch" for="node" attr.name="keggstarch" attr.type="string"/>\ <key id="keggphenyl" for="node" attr.name="keggphenyl" attr.type="string"/>\ <key id="cor" for="edge" attr.name="cor" attr.type="string"/>\ <graph edgedefault="undirected">\ <node id="At1g06000">\ <data key="label">At1g06000</data>\ <data key="target">O,C</data>\ <data key="function">UDP-glucoronosyl/UDP-glucosyl transferase family protein</data>\ </node>\ <node id="At1g18580">\ <data key="label">At1g18580</data>\ <data key="target">M,M</data>\ <data key="function">GAUT11 (Galacturonosyltransferase 11); polygalacturonate 4-alpha-galacturonosyltransferase</data>\ <data key="keggamino">http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_pathway?ath00520+At1g18580</data>\ <data key="keggstarch">http://www.genome.ad.jp/dbget-bin/show_pathway?ath00500+At1g18580</data>\ </node>\ <edge target="At1g06000" source="At1g18580">\ <data key="label">correlation</data>\ <data key="cor">0.8</data>\ </edge>\ </graph>\ </graphml>\
PSIQUICについて
interactionの取得方法
- SOAP
- REST
