TPP-sugano

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| 概　　　要 || 本研究課題では、ヒト疾患ゲノム解析より見いだされた突然変異がトランスクリプトームにいかなる影響を及ぼすのか、近傍のエピゲノム（ヒストン修飾、ＤＮＡメチル化パターン）、トランスクリプトーム（発現量、スプライスパターン）の多階層オミクス情報を網羅的に記載する。データの統合は臨床がんゲノム解析を志向したものを端緒に行うが、最終的には疾患の別を超えて、あるいは時には生物種を超えてデータの統合を目指す。
| 概　　　要 || 本研究課題では、ヒト疾患ゲノム解析より見いだされた突然変異がトランスクリプトームにいかなる影響を及ぼすのか、近傍のエピゲノム（ヒストン修飾、ＤＮＡメチル化パターン）、トランスクリプトーム（発現量、スプライスパターン）の多階層オミクス情報を網羅的に記載する。データの統合は臨床がんゲノム解析を志向したものを端緒に行うが、最終的には疾患の別を超えて、あるいは時には生物種を超えてデータの統合を目指す。
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== 参加メンバー ==
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* 河野信（DBCLS）
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* ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくるが、出せるデータをどのように RDF 化するかを検討
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* ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査
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2014年6月18日 (水) 05:13時点における最新版

研究開発課題名 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オミクスデータの統合
研究代表者 菅野 純夫
所属・役職 東京大学大学院新領域創成科学研究科　教授
概　　　要 本研究課題では、ヒト疾患ゲノム解析より見いだされた突然変異がトランスクリプトームにいかなる影響を及ぼすのか、近傍のエピゲノム（ヒストン修飾、ＤＮＡメチル化パターン）、トランスクリプトーム（発現量、スプライスパターン）の多階層オミクス情報を網羅的に記載する。データの統合は臨床がんゲノム解析を志向したものを端緒に行うが、最終的には疾患の別を超えて、あるいは時には生物種を超えてデータの統合を目指す。

参加メンバー

  • 河野信（DBCLS）
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検討課題

  • ゲノム、トランスクリプトーム、エピゲノムのデータが出てくるが、出せるデータをどのように RDF 化するかを検討
  • ゲノム以外を RDF 化する際のオントロジー、細胞株などのメタデータを表現するオントロジーを調査

SPARQLthon

「/mw/TPP-sugano」より作成