TPP-narimatsu

研究開発課題名	糖鎖統合データベースおよび国際糖鎖構造リポジトリの開発
研究代表者	成松久
所属・役職	産業技術総合研究所　糖鎖創薬技術研究センター　招聘研究員
概　　　要	ライフサイエンスデータベース全般の共通基盤であるセマンティックウェブ技術を用い、糖鎖科学と周辺のライフサイエンス研究分野の融合を目指す。研究開発の技術課題としては、国際協働体制を拡大し、国際糖鎖構造データリポジトリシステムを開発するとともに、全糖鎖構造データの標準化作業を進める。並行して糖鎖関連データベースの開発と標準化対応開発を進めることによって、他分野データベースとのより高度な統合を目指す。

参加メンバー

国際糖鎖構造リポジトリ
- GlyTouCan - glySpace
  - 糖鎖をRDFグラフとして表せて部分検索を可能にできた（http://www.wurcs-wg.org/tool/wurcs2sparqlseq3.php）
WURCS (Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures) 糖鎖のユニークな線形文字列（http://www.wurcs-wg.org）
- WURCS-RDF (/mw/SPARQLthon/glycan/wurcsRDF)
RDF化: GlycoRDFおよび新規にオントロジーを開発してRDF化する。
- 糖鎖レジストリから糖鎖構造のファセット検索を実現したい（http://www.glytoucan.org/）
- GlycoRDFの情報をまとめるサイトを取得（http://www.glycoinfo.org/）
- GlycoProtDB: タンパクの糖鎖修飾位置のデータがあるので利用できるグループと相談
- LfDB: レクチン（糖鎖とタンパクの相互作用のデータ）の RDF 化
- PACDB: 動植物の糖鎖を認識する病原体についてのデータの RDF 化（オントロジーは完成）
- GlycoEpitope（糖を認識するエピトープ）のデータの RDF 化（奥田）
- GlycoRDFの情報をまとめるサイト http://www.glycoinfo.org/ に集約 (https://github.com/ReneRanzinger/GlycoRDF/wiki)