TPP-arita
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| + | :CI-B 796件 ほとんどが有機化合物 | ||
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== SPARQLthon == | == SPARQLthon == | ||
2014年12月18日 (木) 06:26時点における最新版
| 研究開発課題名 | 生物種メタボロームモデル・データベースの構築 |
| 研究代表者 | 有田 正規 |
| 所属・役職 | 理化学研究所 環境資源科学研究センター チームリーダー |
| 概 要 | 本研究課題では、イネやトマトのような作物、油をつくる藻類のような有用微生物について、モデル生物としてよく研究されているシロイヌナズナや酵母と同等レベルの代謝情報（化合物およびスペクトル情報）を提供するデータベースを構築する。生物種ごとに整理した化合物データを、代謝マップを通してゲノム情報とリンクさせ、医薬学のみならず生態学や栄養学にも役立つウェブサイトを構築する。 |
目次 |
参加メンバー
- 有田正規（遺伝研）
- 金谷重彦（奈良先）
- 櫻井望 (かずさ)
検討課題
- 化合物の中には複数のコンポーネントから生合成されているものがある
- 糖脂質（糖鎖＋脂質）、アルカロイド＋テルペノイド、といった化合物を RDF でどう記述するか（記述するのか）を検討
- メタボロームのメタデータの RDF 化に必要なオントロジーの整備
- IUPAC-IUBMB による標準化語彙との関係や、まだ標準化されていない化合物グループがあるかなど。
イオン化法・計測法に基づく質量スペクトルの分類
- 旧式の磁場型EI-MS --- massbankでは複数スペクトルが存在せず、精度検証が難しい
- EI-B 11810件 （数十以上の機器）
- EI-EBEB 12件 二重収束タンデム質量分析装置(日本電子JMS-HX/HX-110A)
- 最近のEI-MS --- TOFでも精密質量とUnit Massの場合が存在する
- EI-QQ 19件 (Agilent 7000B QqQMS)
- EI-TOF 944件 (様々な機器)
- ESI-MS --- 親イオンのみの場合が多く、情報量は少ない。統合スペクトルを作成する際には削除可。
- CE-ESI-TOF 20件
- LC-ESI-TOF 290件
- IT --- スペクトルがラダーになり、他と異なる特徴を持つ。CID, HCDで二通り作成すべきかもしれない。
- ESI-IT-TOF 2件 島津 LC-IT-TOF (MS)
- ESI-IT-FT (CID) 790件中1/3程度 (LTQ Orbitrap XL, MS/MS2)
- ESI-IT-FT (HCD) 790件中 2/3 程度 (LTQ Orbitrap XL, MS/MS2)
- ESI-IT-TOF 2件 島津 LC-IT-TOF (MS2)
- LC-ESI-IT 304件 アジレントLC/MSD Trap XCT
- LC-ESI-ITFT 9575件 CID とHCD (LTQ Orbitrap XL, MS/MS2)
- LC-ESI-ITTOF 259件 島津 LC-IT-TOF (MS 206; MS2 53)
- CID --- メタボロミクスでは一般的。壊れ方はAPCI, APPIも類似するので統合できるはず
- LC-ESI-Q 2719件 Waters
- LC-ESI-QFT 30件 (Q Exactive Orbitrap MS2)
- LC-ESI-QIT 378件 (4000Q TRAP AppliedBio)
- LC-ESI-QQ 5158件 (MS1 6件)
- LC-ESI-QTOF 960件 (MS1 960件 MS2 4885件)
- LC-APPI-QQ 287件 フラボノイド、ステロイドが多い
- LC-APCI-QTOF 633件 フラボノイド等含むが parent peak のみ
- Others --- それぞれ特徴あるスペクトルになるが、代謝化合物が少ないので今回は見送り
- CI-B 796件 ほとんどが有機化合物
- FD-B, FI-B 42件 ほとんどが抗生物質
- FAB-B, FAB-EB, FAB-EBEB 494件 ほとんどがステロイド、カロテノイド
- MALDI 63件 抗生物質多い
