SPARQLthon83

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第83回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。 == 開催概要 == * 開催期間：2019年 8月 22（木）- 23日（金） * 開催場所：ライフサイエンス統合データベースセンター (DBCLS) @ 東京大学 柏の葉キャンパス駅前 サテライト 6階 * アクセス：http://dbcls.rois.ac.jp/access * 開催連絡：http://groups.google.com/group/biohackathon-jp メーリングリストにて * 周辺の食事処 [https://www.google.com/maps/d/u/0/edit?hl=ja&mid=1BIbQRHaHATuqmhF3mlCKbTDhWTazV1k6&ll=35.896277615735364%2C139.9554444490252&z=15 Google Map] == スペシャルゲスト == 今回は GA4GH/AMED で来日されている Ewan Birney さんに来て頂けることになったので、8月22日の夜は会場を神田に移して懇親会を開催します。有料スペースを借りたためいつもより参加費が高くなりますが、参加希望の方は事前登録をよろしくお願いします。SPARQLthonメンバーは無料チケットを選択の上、現地で精算していただければOKです。 * 有識者会議：https://event.spacemarket.com/events/sparqlthon83 == プロジェクト == === TPP グループ全体 === ==== 継続中 ==== * [https://research-er.jp/projects/view/965239 データサイエンスを加速させる微生物統合データベースの高度実用化開発] (黒川) - http://microbedb.jp/ ** テキストからMEO, Taxonomyを検索APIのレスポンスJSONの仕様を策定（藤澤、岡別府) * [/mw/TPP2-kinoshita 糖鎖科学ポータルの構築] (木下) * [https://research-er.jp/projects/view/965238 蛋白質構造データバンクのデータ検証高度化と統合化] (栗栖) - http://pdbj.org/ * [https://research-er.jp/projects/view/965241 個体ゲノム時代に向けた植物ゲノム情報解析基盤の構築] (田畑) - http://pgdbj.jp/ * [https://research-er.jp/projects/view/965240 疾患ヒトゲノム変異の生物学的機能注釈を目指した多階層オーミクスデータの統合] (菅野) - http://kero.hgc.jp/ * [https://research-er.jp/projects/view/965235 エピゲノミクス統合データベースの開発と機能拡充] (沖) - http://chip-atlas.org/ * [https://research-er.jp/projects/view/965236 ゲノム・疾患・医薬品のネットワークデータベース] (金久) - http://www.kegg.jp/kegg/medicus/ * 物質循環を考慮したメタボロミクス情報基盤 (有田) - http://www.massbank.jp/ * プロテオームデータベースの機能深化と連携基盤強化（石濱）- https://jpostdb.org/ ==== 終了 ==== * [[TPP-masuya|生命と環境のフェノーム統合データベース]] (桝屋) * [[TPP-arita|生物種メタボロームモデル・データベースの構築]] (有田) * [[TPP-tokunaga|個別化医療に向けたヒトゲノムバリエーションデータベース]] (徳永) * [[TPP-ishihama|プロテオーム統合データベース：jPOST]] (石濱) - http://jpostdb.org/ * [[TPP-onami|生命動態システム科学のデータベースの統合化]] (大浪) === SPARQLthon グループ === * SPARQL support の RDF config を使った補完機能 [https://is.gd/CaMXvE 開発版]（守屋） ** [https://sparql-support.dbcls.jp/dev/jpostdb.yaml jPOSTdb の RDF config] を作成 * SPARQList support でSPARQLetソート機能追加 * Growth medium 関係の[https://github.com/dbcls/sparqlist SAPRQList] 開発（川島・守屋・五斗） ** 最終目標は、難培養性微生物のゲノムが与えられたときに、そのための培地を予測する。 ** とりあえずの目標は、生物種->培地ではなく、培地｜培地成分ー＞生物種　という逆引き情報を整備する。 ** [http://ep.dbcls.jp/sparqlist/gms_by_tid gms_by_tid] KEGG の生物種を一つ与えたときに、関連する培地一覧を返す。 ** [http://ep.dbcls.jp/sparqlist/gms_by_tids gms_by_tids] KEGG の生物種を複数与えたときに、関連する培地一覧、および、その成分を返す。 ** このAPIを使ったスタンザを構築中（守屋） * 新着論文レビューリンク対象（タンパク質・遺伝子）検証用コーパス（平木、仲里、建石） ** タンパク質(遺伝子）としてマークされているがIDのついていない箇所の洗い出しスクリプト（大筋完了、出力方法等調整中） ** サーバー上のBratのアップグレードとNormalization DBのインストール ** 言及されている生物でのUniprotエントリーがない場合にどうするかの議論（未完。続きはBiohackathon中に） * DDBJ/RDFリリース116のRDFを作成（藤澤、岡別府、川島、片山） ** ftp://ftp.ddbj.nig.ac.jp/rdf/ddbj/releases/116.0/ からRDFポータル更新に利用 ** SO propertyのURI変更対応の確認 *** <http://purl.obolibrary.org/obo/so_has_part> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#has_part> *** <http://purl.obolibrary.org/obo/so_part_of> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#so_part_of> *** <http://purl.obolibrary.org/obo/so_has_quality> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#has_quality> * AOE（坊農、大石） ** 更新するのにDBCLS SRA APIも更新の必要があり、それの作業中 * カイコtranscriptomeデータ→RefExのためのデータ論文化を進める （坊農、横井） === 今後の予定 === == 参考リンク == * これまでの [[SPARQLthon]] ==参加者 == * 片山俊明 (DBCLS) 22日のみ * 川島秀一 (DBCLS) * 岡別府陽子 (OKBP) 22日は14時まで * 平原麗夏 (PENQE) 23日のみ * 桝屋啓志(理研BRC) 23日午後のみ＜＝不参加になってしまいました。すみません。 * 桂樹哲雄(NARO) * 田中聡 (Trans-IT) 23日は午前のみ * 高月照江 (DBCLS) * 坊農秀雅 (DBCLS) * 横井翔 (NARO) 23日のみ * 森宙史 (遺伝研) 22日のみ * 小野浩雅 (DBCLS) * 仲里猛留 (DBCLS) * 内藤雄樹 (DBCLS) * 池田秀也 (DBCLS) * 大田達郎 (DBCLS) * 五斗進 (DBCLS) 22日のみ * 永野朗夫（PENQE） * 山田一作（野口研究所） * 正村優果（The Hotchkiss School） * 山本泰智（DBCLS）22日のみ * 千葉啓和（DBCLS） * 鐘ケ江弘美 (NARO) 22日午後のみ * 小林紀郎 (RIKEN) 22日午後のみ * 浅野由衣 (PENQE) * 佐藤大輔 (Lifematics) * 稲冨素子 (NARO) 22日午後のみ * 藤原豊史（DBCLS） * 田中剛 (NARO) 22日午後のみ * 建石由佳（NBDC）23日（22日は未定） * 藤澤貴智（遺伝研）22日午後から * 福島敦史 (RIKEN) 22日午後のみ * 守屋勇樹 (DBCLS) * 平木愛子 (DBCLS) * 畠中秀樹 (DBCLS) * 西澤達也 (情報数理バイオ) 22日午後のみ * 鈴木治夫 (慶應)

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