SPARQLthon58/Umaka-command
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Motivation
コマンドライン環境で、利用可能なエンドポイントのリストを簡単に表示したい
方法
Umaka REST API で取得した、エンドポイント情報( JSON形式)をパースする
実行例
$ umaka -h usage: umaka [-h] [-a] [-v] [-t] ... positional arguments: keywords parts of endpoint name optional arguments: -h, --help show this help message and exit -a, --all show all endpoints (alive and dead) -v, --verbose show verbose information -t, --tsv show in tab separated values
$ umaka Life Science Dictionary http://lsd.dbcls.jp/sparql Colil http://colil.dbcls.jp/sparql Allie http://data.allie.dbcls.jp/sparql WikiPathways http://sparql.wikipathways.org FirstAuthor Navigation http://navi.first.lifesciencedb.jp/fanavi/sparql OpenLifeData http://sparql.openlifedata.org/ Bio2RDF http://bio2rdf.org/sparql ChEMBL http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/chembl/sparql Microbial Genome Database for Comparative Analysis (MBGD) http://sparql.nibb.ac.jp/sparql ...
$ umaka micro Microbial Genome Database for Comparative Analysis (MBGD) http://sparql.nibb.ac.jp/sparql MIcrobeDB.jp http://genome.microbedb.jp/sparql
$ umaka -v micro Microbial Genome Database for Comparative Analysis (MBGD) http://sparql.nibb.ac.jp/sparql Alive B 70 MIcrobeDB.jp http://genome.microbedb.jp/sparql Alive B 64
$ umaka bio Bio2RDF http://bio2rdf.org/sparql BioModels http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biomodels/sparql BioGateway http://www.semantic-systems-biology.org/biogateway/endpoint LSDB Archive @ NBDC https://dba-rdf.biosciencedbc.jp/sparql BioSamples http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biosamples/sparql NBDC RDF Portal http://integbio.jp/rdf/sparql
$ umaka -a bio Bio2RDF http://bio2rdf.org/sparql Alive BioModels http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biomodels/sparql Alive BioGateway http://www.semantic-systems-biology.org/biogateway/endpoint Alive LSDB Archive @ NBDC https://dba-rdf.biosciencedbc.jp/sparql Alive BioSamples http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biosamples/sparql Alive NBDC RDF Portal http://integbio.jp/rdf/sparql Alive National Center for Biomedical Ontologies http://sparql.bioontology.org Dead Chembl @Uppsala http://rdf.farmbio.uu.se/chembl/sparql Dead FlyBase http://www.open-biomed.org.uk/sparql/endpoint/flybase Dead
$ umaka -av bio Bio2RDF http://bio2rdf.org/sparql Alive B 73 BioModels http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biomodels/sparql Alive B 68 BioGateway http://www.semantic-systems-biology.org/biogateway/endpoint Alive B 64 LSDB Archive @ NBDC https://dba-rdf.biosciencedbc.jp/sparql Alive B 62 BioSamples http://www.ebi.ac.uk/rdf/services/biosamples/sparql Alive B 62 NBDC RDF Portal http://integbio.jp/rdf/sparql Alive C 54 National Center for Biomedical Ontologies http://sparql.bioontology.org Dead E 8 Chembl @Uppsala http://rdf.farmbio.uu.se/chembl/sparql Dead E 8 FlyBase http://www.open-biomed.org.uk/sparql/endpoint/flybase Dead E 8
問題点など
Python2と3のどちらでも動作するようにしようとしたが、Unicodeの扱いが異なっており、両方で動かすのは難しい。
現状、Python3では動かない。
どのタイミングで、ローカルのキャッシュを更新するか?
SPANGコマンドとセットにするか、独立したプログラムにするか → GitHub DBCLSアカウントで公開へ