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目次 1 AssemblyReports 1.1 最新情報を確認 1.1.1 FTPサイト 1.2 RDF更新系を整備 1.2.1 作業方針 1.2.2 作業

AssemblyReports

最新情報を確認

NCBI Genomes-announce メーリングリストの「2 done for reorganization of genomes/all & genomes/ASSEMBLY_REPORTS/All, Tue Jan 24 16:55:57 EST 2017」の情報をフォローした

• ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/All ディレクトリが消失
• ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all の直下にGenBank, RefSeq の各genome assemblyディレクトリが以下のような構成で再配置
  • genomes/all/GCA_000001405.23_GRCh38.p8 → genomes/all/GCA/000/001/405/GCA_000001405.23_GRCh38.p8
  • genomes/all/GCF_001696305.1_UCN72.1 → genomes/all/GCF/001/696/305/GCF_001696305.1_UCN72.1

FTPサイト

RDF変換系において、影響の上記の変更をftpサイトで確認した。

• assembly_summaryファイルは、ASSEMBLY_REPORTS内のまま
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/assembly_summary_genbank.txt
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ASSEMBLY_REPORTS/assembly_summary_refseq.txt
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCA/*
  • ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/all/GCF/*

RDF更新系を整備

作業方針

• データ取得＆変換＆cron実行できるlinksetsコードを配置・修正し、DDBJスパコン上でRDF更新系を整備
• RDFについては同じ階層で１ファイルではなくgenome assembly毎にRDF作成するように変更

作業

• ./cron/assembyの動作確認し、rsync中