SPARQLthon47/MBGD
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2016年9月5日 (月) 05:06時点における最新版
MBGD
クラスターごとに情報をぶらさげた
- 機能カテゴリ
- MBGD 1.1とか
- どの系統で見られる遺伝子か
- シアノバクテリアだけで見られるなら、taxid:1117をぶらさげた
- クラスターを検索するときに、使えるかも
- プロファイル的なものもぶら下げた方がいいけれども、ベクトル型のデータを扱ううまい方法が見つからない
- ツリー構造
- 配列をClustal Omegaでアラインメントして、FastTreeでツリーを生成した結果
- Newick形式
遺伝子ごとに情報を付け加えた
- Pfamモチーフ、TIGRFAMsモチーフをHMMER3で検索してヒットした結果
VALUESで気付いたこと
VALUES ?gene_id { "geneA" "geneB" ... }
だと遅くて返ってこなかったりした(並べる値の数が20とか30だと大丈夫で、50とかだと返ってこなくなった)
VALUES ?gene { <URI> <URI> ... }
とかだと、もっとたくさん並べても問題なく返ってきた。