SPARQLthon41/HumanGeneHistory
提供:TogoWiki
目次 |
Human gene history のRDF化
Data source
- hOP server から、ヒト中心のオーソログ情報をダウンロード
RDF
http://purl.org/net/orthordf/archive/hop.ttl (1,906,198 トリプル) グラフ構造
SPARQL
Discussion
- GOタームから検索を開始するなど
- こういう酵素群は、いつぐらいにぱらぱら出てきた、とか分かるかな
- GOカテゴリに含まれる複数の遺伝子を見てみたらどうなるか
- ある遺伝子をクエリにすると、その遺伝子が過去にduplicationを経験した時間の系列が得られる(gene duplication times: GDTとよぶことにしよう)
- GDTの同じ遺伝子には、何か共通するものがあるのでは?
- GDTを用いた解析をすると、遺伝子のある/なしに基づく phylogenetic profile analysis とは違うものが見えてくるのでは
- 今までは、違うと扱っていたものを、同じと扱うことになる
- これまで似ていると認識できなかったもの同士を、似ていると認識することができる可能性があるのでは
- ゲノム上の近い場所にあるものが、似た系列を示したりするか
- 関連文献:The Temporal Distribution of Gene Duplication Events in a Set of Highly Conserved Human Gene Families (2003) [1]
- 地質年代につなげる
- 地質的なイベントと関連付けられるか:地殻の変動、大気の組成、海水の組成、etc.?
- SWEET (Semantic Web for Earth and Environmental Terminology) というのがある [2]
- 各年代の特徴をvisualに表現できるか
- 「生命と地球の共進化」
Todo
- NCBI gene ID から GO ID につなげる RDF はある?
- NCBI taxonomy treeで、対象生物種の分岐がどうなっているか確認しておきたい
- ネームスペースを修正するか
http://purl.org/net/orthordf/resource/hOP/
- TimeTreeの網羅的利用
雑記帳
Estimating metazoan divergence times with a molecular clock http://www.pnas.org/content/101/17/6536.full — Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life http://www.nature.com/nature/journal/v452/n7188/abs/nature06614.html 進化:有櫛動物のゲノムと神経系の進化的起源 http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7503/abs/nature13400.html — Sea Anemone Genome Reveals Ancestral Eumetazoan Gene Repertoire and Genomic Organization http://www.sciencemag.org/content/317/5834/86.short