SPARQLthon41/HumanGeneHistory

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目次

Human gene history のRDF化

Data source

  • hOP server から、ヒト中心のオーソログ情報をダウンロード
  • 比較されている生物種について、TimeTreeでヒトとの分岐年代を調べた：summary

RDF

http://purl.org/net/orthordf/archive/hop.ttl (1,906,198 トリプル) グラフ構造

SPARQL

テストクエリ

Discussion

  • GOタームから検索を開始するなど
    • こういう酵素群は、いつぐらいにぱらぱら出てきた、とか分かるかな
    • GOカテゴリに含まれる複数の遺伝子を見てみたらどうなるか
  • ある遺伝子をクエリにすると、その遺伝子が過去にduplicationを経験した時間の系列が得られる（gene duplication times: GDTとよぶことにしよう）
    • GDTの同じ遺伝子には、何か共通するものがあるのでは？
    • GDTを用いた解析をすると、遺伝子のある/なしに基づく phylogenetic profile analysis とは違うものが見えてくるのでは
      • 今までは、違うと扱っていたものを、同じと扱うことになる
      • これまで似ていると認識できなかったもの同士を、似ていると認識することができる可能性があるのでは
      • ゲノム上の近い場所にあるものが、似た系列を示したりするか
    • 関連文献：The Temporal Distribution of Gene Duplication Events in a Set of Highly Conserved Human Gene Families (2003) [1]
  • 地質年代につなげる
    • 地質的なイベントと関連付けられるか：地殻の変動、大気の組成、海水の組成、etc.？
    • SWEET (Semantic Web for Earth and Environmental Terminology) というのがある [2]
    • 各年代の特徴をvisualに表現できるか
    • 「生命と地球の共進化」

Todo

  • NCBI gene ID から GO ID につなげる RDF はある？
  • NCBI taxonomy treeで、対象生物種の分岐がどうなっているか確認しておきたい
  • ネームスペースを修正するか 
http://purl.org/net/orthordf/resource/hOP/
  • TimeTreeの網羅的利用

雑記帳 


Estimating metazoan divergence times with a molecular clock

http://www.pnas.org/content/101/17/6536.full

—
Broad phylogenomic sampling improves resolution of the animal tree of life

http://www.nature.com/nature/journal/v452/n7188/abs/nature06614.html

進化：有櫛動物のゲノムと神経系の進化的起源

http://www.nature.com/nature/journal/v510/n7503/abs/nature13400.html

—
Sea Anemone Genome Reveals Ancestral Eumetazoan Gene Repertoire and Genomic Organization

http://www.sciencemag.org/content/317/5834/86.short
「/mw/SPARQLthon41/HumanGeneHistory」より作成