SPARQLthon36/細菌群集RDF構造
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| - | **Biosample IDをprimary IDとする(没) | + | **<s>Biosample IDをprimary IDとする(没) |
| - | ***NCBIがBiosample IDを変更し始めた場合にはまた変える必要があるので、問題が先送りになっただけ。継続性がない。 | + | ***NCBIがBiosample IDを変更し始めた場合にはまた変える必要があるので、問題が先送りになっただけ。継続性がない。</s> |
**primary IDをそもそもなくしてBlank Nodeとしてしまう(採用) | **primary IDをそもそもなくしてBlank Nodeとしてしまう(採用) | ||
***SRS IDやBiosample IDといったID URIはdc:identifierなどで指し示せば良い | ***SRS IDやBiosample IDといったID URIはdc:identifierなどで指し示せば良い | ||
***IDからdc:publisherで元となるwebサイトを指し示せば追跡性も良い | ***IDからdc:publisherで元となるwebサイトを指し示せば追跡性も良い | ||
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**MEOからMDBの論理構造を構築するPropertyを切り離してMicrobeDB Vocabularyとした | **MEOからMDBの論理構造を構築するPropertyを切り離してMicrobeDB Vocabularyとした | ||
***MEO側ではowl:equivalentPropertyで後方互換を記述する | ***MEO側ではowl:equivalentPropertyで後方互換を記述する | ||
2015年9月1日 (火) 09:00時点における最新版
- 旧構造の問題
- 旧構造はSRS IDがprimary IDとして、ここに細菌群集解析、遺伝子解析、メタデータなどが全て結びついていた
- しかしSRS IDは最近のsubmitしたデータには付与されなくなってきており、適切ではない。
- また、細菌群集について指し示すpropertyはMEOをpredicateとして使用しているが、MEOは環境についてのオントロジーなのでこれは適切ではない。
- 解決案
Biosample IDをprimary IDとする(没)- NCBIがBiosample IDを変更し始めた場合にはまた変える必要があるので、問題が先送りになっただけ。継続性がない。
- primary IDをそもそもなくしてBlank Nodeとしてしまう(採用)
- SRS IDやBiosample IDといったID URIはdc:identifierなどで指し示せば良い
- IDからdc:publisherで元となるwebサイトを指し示せば追跡性も良い
- MEOからMDBの論理構造を構築するPropertyを切り離してMicrobeDB Vocabularyとした
- MEO側ではowl:equivalentPropertyで後方互換を記述する
