SPARQLthon33/DBcatalog
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背景
現状、Integbio/DBCatalog のカテゴリー情報がブランクノードで記述されていたため、理研メタデータベースでは、カテゴリー情報について理研URIで設計されている。
方針
カテゴリー情報についてURIを設計し、必要に応じてオントロジーを作ることで共用利用を図る。開発したRDFについてはポータルサイトから提供する。
更新の手順
- 現状のカテゴリーのリストアップ(信定)→ https://docs.google.com/spreadsheets/d/10WRwuLS-_jJHPz4sKtRXAq_kaIj54xq8r4fqS3xNtyA/edit?usp=sharing
- 理研メタデータベースカテゴリーとのマッピング(信定)
- カテゴリーのリソース URIを確定する(藤澤)
- オントロジーを作る
- 現状のカテゴリー(タグ)の見直し(信定)
- 階層化、破綻しないオントロジー作成のフロー(古崎)
- RDF更新(大久保)
- NBDCポータルサイトに入れる(大久保)
現状のデータベースカタログ RDF
- DCAT準拠
- 2014-06-18版が最新
- カテゴリーがブランクノード
- URI体系
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/catalog>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#infotype>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#organism>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#target>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00001#dataset>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00001#en>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00001#ja>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00002#dataset>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00002#en>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00002#ja>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#dataset>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#en>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#ja>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00004#dataset>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00004#en>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00004#ja>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00005#dataset>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00005#en>
- <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00005#ja>
サンプル
<http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#dataset> a dcat:Dataset; dct:title "5'SAGE"@en; dct:alternative "5'-end serial analysis of gene expression database"@en; dcat:landingPage <http://5sage.gi.k.u-tokyo.ac.jp/>; dct:publisher _:b3; dct:description "in preparation"@en; dcat:theme _:co3-1; dcat:theme _:ct3-1; dcat:theme _:ci3-1; dcat:theme _:ci3-2; cito:citesAsAuthority <http://identifiers.org/pubmed/15300261>; cito:citesAsAuthority <http://identifiers.org/pubmed/15608259>; dct:language <http://id.loc.gov/vocabulary/iso639-1/en>; dct:available "Inactive"@en; dct:identifier "NBDC00003"^^xsd:string. _:b3 rdfs:label "The University of Tokyo Graduate School of Frontier Sciences"@en; rdfs:seeAlso <http://ns.jst.go.jp/id/200905098372817456>; dbpedia:country <http://dbpedia.org/resource/Japan>; a foaf:Organization. _:co3-1 a skos:Concept; skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#organism>; skos:prefLabel "Homo sapiens"; rdfs:seeAlso <http://identifiers.org/taxonomy/9606>. _:ct3-1 a skos:Concept; skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#target>; skos:prefLabel "タグ配列 (核酸)"@ja; skos:prefLabel "Tag sequence (nucleic acid)"@en; skos:note "EST、STS、SAGEなどのタグ配列/ライブラリーを対象"@ja; skos:note "Sequences and libraries for tag sequences (EST, STS, SAGE, etc.)"@en. _:ci3-1 a skos:Concept; skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#infotype>; skos:prefLabel "遺伝子発現"@ja; skos:prefLabel "Gene Expression"@en; skos:note "細胞、組織、及び個体における遺伝子発現の局在やレベル"@ja; skos:note "Localization and levels of gene expression in cells, tissues and whole organisms"@en. _:ci3-2 a skos:Concept; skos:inScheme <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/theme#infotype>; skos:prefLabel "配列"@ja; skos:prefLabel "Sequence"@en; skos:note "核酸配列及びアミノ酸配列"@ja; skos:note "Amino acid and nucleotide sequence data"@en.
理研メタデータDBCatalog
- http://metadb.riken.jp/sparql?graph=DBcatalog
- http://metadb.riken.jp/metadb/db/DBcatalog/http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioTarget
- http://metadb.riken.jp/metadb/db/DBcatalog/http://metadb.riken.jp/db/DBcatalog/BioDataType