SPARQLthon32/MSVのオーバーラップ問題
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+ | **ただし、この方法はオントロジーで表現のぶれを吸収できないため、RDF化する際に複数のパラメータが存在するのを判断しtypeを付ける作業を人力で行なう必要がある。 | ||
+ | *MSVに表記ブレを記載しておき、これを参考にしてRDF化し、一つのIDに対して複数の同一パラメーターがアノテーションされる際には例外処理(人力)という形式となるだろう。 |
2015年5月14日 (木) 10:02時点における最新版
目次 |
担当
- 黒川研-鈴木
問題点
- 細菌群集のメタデータはSRS IDに対して、MSVというタスクオントロジーを使用して記述されている
- MSVのProperty例: msv:pH, msv:temperature msv:depthなど
- MDBのデータを更新する上で、サンプルによってはシーケンスする物体+周辺環境の両方のパラメータを記述しているものがあるので、既存のMSV構造+RDF構造では対応できない
- そもそも現状のMSVで既に、msv:temperatureとmsv:hostbodyTemperatureが分離されている→統合すべき?
対策
- オントロジーで対応
- 環境ごとに「msv:seaTemperature rdfs:subPropertyOf msv:teperature」のように作成する
- 泥沼なので避けたい
- データ構造で対応
- いいデータ構造が思いつかない→川島さんに相談
調べたこと
- さしあたり温度について複数のパラメータ値を持つものを調べた
- データ更新に使用する予定の、SRAから昨年5月に取得したTSVファイルにgrep -i temp AllSRSMeta.xml.info |grep -v temperate|cut -f2|sort|uniq -c|sort -nr|less→出たIDをSRAで検索
- 結果
- 173サンプル発見
SRS iD parameter1 & paremeter2 environment SRS006696 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006695 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006694 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006693 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006692 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006691 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006690 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006687 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006686 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006685 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006684 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006683 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006682 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006681 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006680 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006679 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006678 ctd_temp & theta(potential temp) env=marine SRS006677 ctd_temp & theta(potential 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temperature env=marine SRS006017 temperature & air temperature env=marine SRS006016 temperature & air temperature env=marine SRS006015 temperature & air temperature env=marine SRS006014 temperature & air temperature env=marine SRS006013 temperature & air temperature env=marine SRS006012 temperature & air temperature env=marine SRS006011 temperature & air temperature env=marine SRS006010 temperature & air temperature env=marine SRS006009 temperature & air temperature env=marine SRS006008 temperature & air temperature env=marine SRS006007 temperature & air temperature env=marine SRS006006 temperature & air temperature env=marine SRS006005 temperature & air temperature env=marine ERS176000 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175999 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175998 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175997 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175996 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175995 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175994 tunneltemp & porttemp env=sebum ERS175993 tunneltemp 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- pHについて調べると、次のようなデータも存在した。これはMEOでは対応出来ない。時間についてのResourceを探した上で対応する必要がある。
ERS451299 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451300 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451301 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451302 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451303 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451304 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451305 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451306 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451307 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451308 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451309 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451310 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451311 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451312 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451313 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451314 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451315 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451316 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451317 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451318 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451319 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451320 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451321 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451322 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451323 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451324 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451325 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451326 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451327 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451328 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451329 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451330 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451331 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451332 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451333 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451334 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451335 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451336 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451337 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451338 pH_AM & pH_PM env=pond ERS451339 pH_AM & pH_PM env=pond
結果
- 同じ種類のメタデータを複数持つ場合にはRDFのブランクノードにrdf:typeを記述して対応する案を採用予定RDFizingDatabaseGuideline
- ただし、この方法はオントロジーで表現のぶれを吸収できないため、RDF化する際に複数のパラメータが存在するのを判断しtypeを付ける作業を人力で行なう必要がある。
- MSVに表記ブレを記載しておき、これを参考にしてRDF化し、一つのIDに対して複数の同一パラメーターがアノテーションされる際には例外処理(人力)という形式となるだろう。