SPARQLthon29

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第29回 SPARQLthon を下記日程で開催したいと思います。

目次

開催概要

プロジェクト

TPP グループ全体

各データベースの該当分野とモデル図

SPARQLthon グループ

  • DBCLS
    • BH14.14/genomeRDF/RefEx の続きで RefEx の RDF 化とユースケース (小野・坊農)
      • RefEx を作成するときに捨てていた情報を拾い直して、川島さんと RDF 化するとよさそう
    • BH14.14/Docker の続きで、何を Docker 化するのがよいかユースケース (仲里・坊農)
      • RefEx で生データを公共DBから取得する際に、データの正規化を Docker コンテナ化すると透明性が確保できそう
    • BH14.14/compound の続きで、天然化合物の標準化と RDF 化 (時松)
      • 代謝産物（アルカロイド）の骨格情報の文献からの収集（継続）
      • 代謝産物（アルカロイド）の骨格情報の階層ファイルの作成（継続）
        • 地道な作業が続いているが、方向性が見えてきた
    • GGGenome の更新作業と利用規程などの整備 (内藤)
      • Terms of use は頻繁に変更できないため完成してから公開予定
      • TogoGenome の refseq.fasta を taxonomy domain ごとに分けるほうがよいかも
        → http://togogenome.org/download を使うことができそう (内藤・片山)
    • 昨日 (2015/2/11) リリースされた Virtuoso 7.2 の調査 (山本)
    • BH14.14/TogoGenome の続きで、insdc2ttl, jbrowse の更新など (守屋・岡別府・片山)
      • Assembly report や SRA metadata などからリンク情報を抽出した RDF linkset を生成するフローの運用を相談した（グループ名をつける -- EdgeStore2.0） (桐山・小澤・藤澤・大田・川島・片山)
      • TogoGenome 検索結果のタブ化がほぼ完了
      • TogoStanza JS 版は今月中くらいにテスト版利用可能予定
      • TogoGenome で遺伝子のユニークな ID を <refseq_id>:<locus_tag|gene> にしていたが、ユニークでないことがわかったので、RDF では location も含めた内部 ID で管理し、UI としては <taxonomy_id>:<locus_tag|gene> を使うように戻す（TogoGenome/TogoStanza アプリケーションとして BioProject もしくは Assembly report の Assemble ID で切り替えてみせるようにする or UniProt の taxonomy ID が strain についてもユニークについていればそちらを使う）
      • TogoGenome のテキスト検索は gene, org, env, phenotype のレポートタイプごとに検索対象のデータを SPARQL で生成しておくことに
      • TogoStanza ポータルに利用する metadata.json (LD) については永野さんがドラフトを作成し、欠けているメタデータは３末をメドにスタンザ開発者が記述する
  • DDBJ
    • BH14.14/genomeRDF の続きで、RNA-Seq の RDF 化 (藤澤)
      • 進捗を整理し、菅野グループと共通の RDF モデルを利用するということになった (河野・森・藤澤)
  • がんゲノム
    • http://icgc.link/ Slide（山中 募集中）
    • サーバー上の JavaScript のクライアントで CONSTRUCT 結果をダンプして、再度 Virtuoso にロード（完了）
      • がんゲノムプロジェクトをスクリプトで追加できるようにして、登録ドナー数を 30 から 530 まで増やした（全部で 12,000）
      • 現在 530 ドナーで 18M トリプルなので、12,000 ドナーで 400M トリプル。もう少しリッチにしても 1B に満たないと推測
    • DirectMapping定義ファイルを修正して公開に適したRDFデータセットを作成する（残念ながらここまで進まず、進捗なし）
      • トリプル追加（class, type, domain, range）、prefix変更に伴うアプリのsparql変更

参考リンク


参加者

  • 片山俊明 (DBCLS)
  • 川島秀一 (DBCLS)
  • 戀津魁 (理研)
  • 小澤健太郎 (SGI)
  • 伊藤真和吏 (NIBIO）12日のみ
  • 守屋勇樹（DBCLS）
  • 藤澤貴智（遺伝研）
  • 大田達郎 (DBCLS)　両日共PMのみ
  • 永野朗夫（PENQE）13日のみ
  • 時松敏明（DBCLS）12日のみ
  • 山本泰智 (DBCLS)
  • 山田一作 (野口研)　１２日PM：別室にて会議
  • 坊農秀雅 (DBCLS)
  • 小野浩雅 (DBCLS) 12日のみ
  • 市原寿子 (かずさDNA研)
  • 桝屋啓志 (理研BRC)13日のみ
  • 高月照江 (理研BRC)
  • 仲里猛留（DBCLS） 12日のみ
  • 岡別府陽子（MSS）
  • 森宙史（東工大）13日のみ
  • 山本希（東工大）13日のみ
  • 櫻井望（かずさDNA研）たぶん13日にちょこっと
  • 内藤雄樹（DBCLS）
  • 木下聖子（創価大）12日のみ
  • 青木信行（創価大）12日のみ
  • 新町大輔（創価大）12日のみ
  • 中尾光輝（エーザイ）
  • 山中遼太（先端研）13日のみ
  • 山口敦子 (DBCLS)
  • 松原正陽（野口研）
  • 河野信（DBCLS）
「/mw/SPARQLthon29」より作成