SPARQLthon28/SideEffect2Gene
提供:TogoWiki
(版間での差分)
(→進捗と今後の方針) |
(→現状と今後の計画) |
||
1行: | 1行: | ||
== 現状と今後の計画 == | == 現状と今後の計画 == | ||
- | * | + | * 副作用(臨床情報)から化合物経由で手持ちの遺伝子発現情報(ラットの実験による非臨床情報)への統合を行っています。 |
【超単純化したイメージ図】 | 【超単純化したイメージ図】 | ||
[[ファイル:Sideeffect2geneimage1.png|x200px]] | [[ファイル:Sideeffect2geneimage1.png|x200px]] |
2015年2月6日 (金) 05:18時点における最新版
目次 |
現状と今後の計画
- 副作用(臨床情報)から化合物経由で手持ちの遺伝子発現情報(ラットの実験による非臨床情報)への統合を行っています。
- 叩き台的なアプリケーション(副作用→上昇遺伝子 with その時投与された化合物 = 副作用を引き起こした化合物)を作成しました。
- 今後の方針として,得られた遺伝子に共通する特徴,機能等を得られるようなアプリケーションを作成しようと思っています。
相談
- マイクロアレイの実験条件に対して遺伝子発現情報(発現上昇/下降),遺伝子を付与する方法
- 現状,実験条件に対してpredicateにup-regulationを使い,直接遺伝子名を書いてしまっているのですが,修正が必要と感じています。
- プローブと遺伝子名,発現上昇/下降を実験条件に付与するための既存の例(あるいは役立つ例)はあるのでしょうか?
- 川島さんよりGene Expression Atlasを紹介して頂く。調査開始。=> "調査"へ
- 遺伝子に関連する情報を外部のDBからSPARQL 経由で得る方法
調査
- Gene Expression Atlas の RDF のドキュメント
- 以下の様なSPARQLを Gene Expression AtlasのSPARQL Endpoint から叩いて,必要なPredicateを把握
PREFIX atlasterms: <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/atlas/> SELECT distinct ?analysis ?value ?v ?o WHERE { ?analysis atlasterms:hasExpressionValue ?value . ?value ?v ?o. } LIMIT 100
PREFIX atlas: <http://rdf.ebi.ac.uk/resource/atlas/> PREFIX atlasterms: <http://rdf.ebi.ac.uk/terms/atlas/> SELECT distinct ?v ?o WHERE { atlas:A-AFFY-25:1390710_x_at ?v ?o. } LIMIT 100
- 一部の検索結果だけをピックアップしたところ,必要なスキーマは設計されている様子。
- ただ,Gene Expression Atlasは,今後もっと数値を使ったスキーマに設計され直されるのではないか,ということ(バイ川島さん)
進捗と今後の方針
- 現在のところ,数値を直接SPARQLでは使わないので,特定の条件で区切ってしまうことに。(例:log2foldの値 > 1 ,p-value < 0.05 で発現上昇と規定)
- GeneExpressionAtlasに習って,実験条件のRDFに対して,hasExpressionValueをpredicateとして付与し,p-value, Up, Down等も記述してしまう。
- 厳密に考えると実験条件の中の個体差の扱いもあるので,(同条件での実験でも個体差を考慮するためにラットを3匹使用していたりする)これらを同一に扱うか(平均値を取る)別々に扱うか否かは要相談&検討。