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2014年5月27日 (火) 08:30時点における最新版

有田グループの検討事項

糖鎖グループとの連携

• 糖脂質の構造情報（MOLファイルはないため、糖鎖の書き下し文字列レベル）を提供可能
• 糖脂質の構造は主に糖鎖構造のみであり、脂質部分のバリエーションは情報がない
• 糖脂質は糖と脂質の両方が決定されている場合は少なく、たいていはいずれか一方のデータ

次回（6月18日）までに、糖脂質の糖鎖系列情報をまとめて、糖鎖グループに提供（化合物の母核に相当する概念）

化合物アノテーション用のオントロジー設計

• PubChem RDF情報
• wikipathway のRDF情報

化合物のRDF化とは別に、メタボロミクス用のオントロジーが必要。 メタボロミクスにおいて、化合物を同定 (identify) はしていなくとも、母核や修飾基がわかる場合が多い。 またイオン化した際の金属付加イオンの情報も、標準記法がない。

リソースの整理

• 理研CSRSとかずさDNA研究所におけるMS²アノテーションの結果
• 代謝物の母核情報
• CSRSにおける植物メタボロームの一覧とそのクラス分け

→ BioPortal などをみて既にアノテーション情報があるか、サーベイすべき

KNApSAcK情報のRDF化

• NBDC側で作成するKNApSAcKデータのRDF情報と、今後RDF化する生理活性情報のすりあわせ

→ EBI, NCBI における生理活性の predicate を調べておくべき