SPARQLthon20/TPP-arita

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=有田グループの検討事項= ==糖鎖グループとの連携== * 糖脂質の構造情報（MOLファイルはないため、糖鎖の書き下し文字列レベル）を提供可能 * 糖脂質の構造は主に糖鎖構造のみであり、脂質部分のバリエーションは情報がない * 糖脂質は糖と脂質の両方が決定されている場合は少なく、たいていはいずれか一方のデータ 次回（6月18日）までに、糖脂質の糖鎖系列情報をまとめて、糖鎖グループに提供（化合物の母核に相当する概念） ==化合物アノテーション用のオントロジー設計== * [http://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/rdf/ PubChem RDF情報] * [http://wikipathways.org/index.php/Help:WikiPathways_Metabolomics wikipathway のRDF情報] 化合物のRDF化とは別に、メタボロミクス用のオントロジーが必要。 メタボロミクスにおいて、化合物を同定 (identify) はしていなくとも、母核や修飾基がわかる場合が多い。 またイオン化した際の金属付加イオンの情報も、標準記法がない。 ;リソースの整理 * 理研CSRSとかずさDNA研究所におけるMS²アノテーションの結果 * 代謝物の母核情報 * CSRSにおける植物メタボロームの一覧とそのクラス分け → BioPortal などをみて既にアノテーション情報があるか、サーベイすべき ;KNApSAcK情報のRDF化 * NBDC側で作成するKNApSAcKデータのRDF情報と、今後RDF化する生理活性情報のすりあわせ → EBI, NCBI における生理活性の predicate を調べておくべき

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