SPARQLthon17/CrossSearch

提供：TogoWiki

2014年2月25日 (火) 07:42時点における最新版

これまでの取り組みなど（参考となるページ）

• BH13.13でのグループページ --[1]
• BH12でのグループのページ -- https://github.com/dbcls/bh12/wiki/Schema.org-extension
• BH12.12でのグループのページ -- /mw/index.php/BH12.12/schema.org
• 生命科学データベースのためのSagaceマークアップ・スキーマ -- http://sagace.nibio.go.jp/schema/schema.html
• 現在Sagaceでサポートしているプロパティとマークアップ方法の解説-- http://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/
• RDFグラフの視覚化 Turtle, Microdata, JSON-LD (可視化ツール) -- http://www.kanzaki.com/works/2009/pub/graph-draw

Schema.org資料

• http://schema-ja.appspot.com/docs/gs.html
• http://schema.org/WebPage

HTML仕様

• flow contentに属するものがhead要素外で利用可能
  • http://www.whatwg.org/specs/web-apps/current-work/multipage/elements.html#flow-content
  • http://www.whatwg.org/specs/web-apps/current-work/multipage/microdata.html#names:-the-itemprop-attribute

DDBJリソースURI表示ウェブサイトでのマークアップ

疑問

• itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase" でOWLを指定していいものか → 想定外
• itemprop="name” を複数記述してもよい？
• itemprop="id”、itemprop="url"を複数指定した時の対応関係は？ １つのみの制約等あるか？ → itemprop="seeAlso”内で１つ。itempropの親子関係図示。

CyanoBaseでのマークアップ（例）

<div itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
     <a itemprop="url" href="http://genome.microbedb.jp/cyanobase"><span itemprop="name">CyanoBase</span></a>
   </span>
   <span itemprop="entryID">Synechocystis</span>
</div>

<div itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
 <span itemprop="taxon" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry"> 　
  <span itemprop="name">Synechocystis sp. PCC 6803</span>
  <a itemprop="url" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1148"><span itemprop="entryID">1148</span></a>
 </span>
</div>

<div itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
   <span itemprop='reference' content='pmid:23110816' >
    <a href=“http://pubmed.org/23110816">pmid:23110816</a>
   </span>
</div>


 <div itemprop="seeAlso" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
      <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
           <span itemprop="name”>TogoAnnotation</span>
           <a itemprop="url" href=“http://togo.annotation.jp/annotation/【ID】"><span itemprop="entryID”>【ID】</span></a>
      </span>
</div>

Microdata Extractor によるパース結果

BiologicalDatabase_url=http://genome.microbedb.jp/cyanobase
BiologicalDatabase_name=CyanoBase
BiologicalDatabaseEntry_entryID=Synechocystis
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_name=Synechocystis sp. PCC 6803
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Taxonomy/Browser/wwwtax.cgi?id=1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_reference= pmid:23110816 

RDFグラフの視覚化 Turtle, Microdata, JSON-LDで可視化

DDBJ Taxonomy ontologiesマークアップ（例）

<!-- isEntryOf -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="isEntryOf" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
    <a itemprop="url" href="http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/taxonomy.owl">
      <span itemprop="name">DDBJ Taxonomy ontologies</span>
    </a>
  </span>
  <span itemprop="entryID">1148</span>
</div>

<!-- taxon -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="taxon" itemscope itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="name">Synechocystis sp. PCC 6803</span>
    <a itemprop="url" href="http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
  </span>
</div>

<!-- seeAlso -->
<div style="display:none" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
  <span itemprop="seeAlso" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="isEntryOf" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
      <span itemprop="name">NCBI Taxonomy</span>
    </span>
    <a itemprop="url" href="http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
  </span>
  <span itemprop="seeAlso" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabaseEntry">
    <span itemprop="isEntryOf" itemscope="" itemtype="http://schema.org/BiologicalDatabase">
      <span itemprop="name">identifiers.org Taxonomy</span> 
    </span>: 
    <a itemprop="url" href="http://identifiers.org/taxonomy/1148">
      <span itemprop="entryID">1148</span>
    </a>
 </span>
</div>

Microdata Extractor によるパース結果

BiologicalDatabase_url=http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/taxonomy.owl
BiologicalDatabase_name=DDBJ Taxonomy ontologies
BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_name=Synechocystis sp. PCC 6803
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_url=http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_taxon_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabase_name=NCBI Taxonomy
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_url=http://www.ncbi.nlm.nih.gov/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabase_name=identifiers.org Taxonomy
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_url=http://identifiers.org/taxonomy/1148
BiologicalDatabaseEntry_seeAlso_BiologicalDatabaseEntry_entryID=1148

RDFグラフの視覚化 Turtle, Microdata, JSON-LDで可視化

Sagaceウェブページ

コメント

• • http://sagace.nibio.go.jp/press/metadata/markup/#entryID のmicrodata例に閉じたタグ</a>がない
    • （isEntryOfでしょうか。）修正しました。