Portableportal

提供：TogoWiki

目次 1 Interested 2 Motivation 3 Prototype 4 Manual Creation 5 Automation 6 ToDo

Interested

青木さん、山田さん、新町さん、おおた

Motivation

• 作っているデータを他のデータと合わせたときにちゃんとクエリが書けるのか？をテストするのがだるい
  • 任意のデータセットがロードされた SPARQL Endpoint を (ローカル|クラウド) にお手軽に作りたい

Prototype

• https://github.com/aokinobu/docker-taxonomy.git
  • 直接登録されたタクソノミー用リポジトリー
  • docker-compose pull; docker-compose up
  • http://localhost:8890

Manual Creation

• virtuoso の rdfloader scriptを初期からロードされているイメージ。
• rdfloaderのfunctionを使ってデータをロード
• docker commitを使ってロードされた状態のコンテナーを新イメージ化
• docker pushで新イメージのバージョンをプッシュ

Automation

• ユーザは混ぜたいデータを引数に docker コマンドを打つ
  • $ docker run -it -v /my/local/tax:/dir/in/container dude/portablePortal:latest load "glytoucan" "taxonomy:1.0"
• Virtuosoか何かTriplestoreがpackageされたコンテナがpullされてくる (初回時のみ)
• コンテナが立ち上がる
• NBDCのFTPサイトからバージョンを指定してttlをfetchする
• triplestoreにロードする
• (ﾟдﾟ)ｳﾏｰ

ToDo

• GlyTouCan で使っているコンテナは現状ではappとdataがバンドルされているのでそれを分離する
• リモートにある複数のttlをfetchしてロードするスクリプトをつくる
• NBDCないしDBCLSで色々のデータを管理する体制を整える
  • full のデータだけでなくサブセットやテスト用の小さいデータも揃っているとハッピー
    • tutorial用の小さいセットとか、微生物だけ/真核だけ/植物だけのRefSeqとかなんかそういうの