PlantGarden
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Plant Garden
SPARQLthon85
Plantgarden植物ゲノムリソースのRDF化のために事前に設計済み。RDFポータル公開を見据えて川島さんからフィードバックをもらった
RDF設計
- RDF summitとその後、SOのPropertyの代わりにRO、BFOのPropertyを利用したRDFを設計
- Protein/PeptideとCDSの関係を記述するderives_fromは、obo:so_derives_fromではなくてobo:RO_0001000を利用
- フィードバック反映
- sio:has_annotation、prov:wasDerivedFromのリソース記載を除く
- PlantGardenの実態のないURLについてブランクノードに変更
(参考)DDBJ RDFのSO→BFO プロパティ変更
1. <http://purl.obolibrary.org/obo/so_has_part> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#has_part> => <http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000051> 2. <http://purl.obolibrary.org/obo/so_part_of> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#so_part_of> => <http://purl.obolibrary.org/obo/BFO_0000050> 3. <http://purl.obolibrary.org/obo/so_has_quality> => <http://purl.obolibrary.org/obo/so#has_quality> => <http://purl.obolibrary.org/obo/RO_0000086>
Marker RDFの例
@prefix : <https://plantgardden.jp/ns/> . @prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . @prefix dc: <http://purl.org/dc/terms/> . @prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> . @prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#> . <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1> rdf:type obo:SO_0000207 ; dc:identifier "t3747.M000002.1" ; :species_id "t3747" ; :has_species <https://plantgarden.jp/en/list/t3747> ; rdfs:label "FAES0002" ; :sub_number 1 ; :marker_type "SSR" ; :mapped_genome_id "t3747.G002" ; :has_species <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/genome/t3747.G002> ; :reference_seq_name "v1.0.a1" ; :chr "Fvb6-1" ; :target_seq "NA" ; :allele "NA" ; :enzyme "NA" ; rdfs:comment "<i>F. x ananassa</i> EST-SSR" ; :doi "NA" ; dc:references "NA" ; :f_active "1" ; :has_forword_primer <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:forword-primer> ; :has_reverse_primer <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:reverse-primer> . <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:forword-primer> faldo:location [ rdf:type faldo:Region ; rdf:type obo:SO_0000121 ; rdfs:label "t3747.M000001.1:fwd" ; :sequence "GCAACAACAGCTCTCGCATA" ; faldo:begin [ faldo:position 22027099 ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ; rdf:type faldo:ExactPosition ; rdf:type faldo:ForwardStrandPosition ] ; faldo:end [ faldo:position 22027118 ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ; rdf:type faldo:ExactPosition ; rdf:type faldo:ForwardStrandPosition ] ] . <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/marker/t3747.M000001.1#Fvb6-1:reverse-primer> faldo:location [ rdf:type faldo:Region ; rdf:type obo:SO_0000132 ; rdfs:label "t3747.M000001.1:fwd" ; :sequence "GACTATCTCCGCCATCCAAA" ; faldo:begin [ faldo:position 22027216 ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ; rdf:type faldo:ExactPosition ; rdf:type faldo:ForwardStrandPosition ] ; faldo:end [ faldo:position 22027197 ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/sequence/Fvb6-1> ; rdf:type faldo:ExactPosition ; rdf:type faldo:ForwardStrandPosition ] ] .
HayaiAnnotation RDFの例
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> . @prefix : <https://plantgardden.jp/ns/> . @prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> . @prefix dc: <http://purl.org/dc/terms/> . @prefix obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/> . @prefix faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#> . @prefix sio: <http://semanticscience.org/resource/> . <https://plantgarden.jp/en/list/t34305> :family_name "Phrymaceae" ; :genome_assembly_id "t34305.G002" ; :genus_name "Erythranthe" ; :phylum_name "Streptophyta" ; :superkingdom_name "Eukaryota" . <https://plantgarden.jp/en/list/t3747/gene/Lj0g3v0013599.1> faldo:location [ faldo:begin [ faldo:position "125577831" ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/sequence/Lj3.0_chr0> ; a faldo:ExactPosition, faldo:ReverseStrandPosition ] ; faldo:end [ faldo:position "125578853" ; faldo:reference <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/sequence/Lj3.0_chr0> ; a faldo:ExactPosition, faldo:ReverseStrandPosition ] ; a faldo:Region ] ; a obo:SO_0000704 . <https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/cds/Lj0g3v0013599.1> obo:BFO_0000050 <https://plantgarden.jp/en/list/t34305/gene/Lj0g3v0013599.1> ; obo:RO_0002162 <http://identifiers.org/taxonomy/34305> ; dc:identifier "Lj0g3v0242029.1" ; a obo:SO_0000316 ; rdfs:comment "" ; :annotation_version "Lj3.0" . <https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/pep/Lj0g3v0013599.1> obo:RO_0001000 <https://plantgarden.jp/en/seq/t34305/t34305.G002/cds/Lj0g3v0013599.1> ; dc:indentifier "Lj0g3v0242029.1" ; sio:SIO_000558 <http://purl.uniprot.org/uniprot/A0A022RW76> ; a obo:SO_0000104 ; :classifiedWith obo:GO_0003735, obo:GO_0006412, obo:GO_0022625, <https://identifiers.org/kegg.orthology:K02885> .
TODO
- GFF3由来のゲノム構造アノテーションのRDF化
- 各種コンバーター実装
- 関係者への展開もしくは公開