BH16.12/TogoGenome

提供：TogoWiki

• TogoGenome でゲノム弁当の食材が網羅されていなかった件
• 外部データベースのIDやキーワードからTogoGenomeの遺伝子や生物種に辿りつけない

バイオメディカル応用

• ヒトの遺伝子・変異解析につながるデータベースシステム整備
• メディカル系のデータベースのRDF化
• 変異情報の集積、表示、解析
• 表現型情報へのリンク

比較ゲノム

• ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
• アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ

エンドポイント

• http://togogenome.org/sparql-test
  • UniProt 2015_05
  • RefSeq 20150514
• http://dev.togogenome.org/sparql-test
  • UniProt 2016_01
  • RefSeq 74
• http://ep.dbcls.jp/sparql-import
  • UniProt 2016_09
  • RefSeq 78

dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ

• TBD

JBrowse の exon/intron をなんとかする