BH16.12/TogoGenome
提供：TogoWiki
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* http://togogenome.org/sparql-test | * http://togogenome.org/sparql-test | ||
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* http://dev.togogenome.org/sparql-test | * http://dev.togogenome.org/sparql-test | ||
** UniProt 2016_01 | ** UniProt 2016_01 | ||
2016年12月14日 (水) 01:58時点における最新版
- TogoGenome でゲノム弁当の食材が網羅されていなかった件
- 外部データベースのIDやキーワードからTogoGenomeの遺伝子や生物種に辿りつけない
バイオメディカル応用
- ヒトの遺伝子・変異解析につながるデータベースシステム整備
- メディカル系のデータベースのRDF化
- 変異情報の集積、表示、解析
- 表現型情報へのリンク
比較ゲノム
- ヒトを中心に遺伝子とその前後配列単位で種間アラインメント → MBGD, KEGG OC など, vg
- アミノ酸配列と塩基配列のアラインメント → jPOST, PDBj, DDBJ
エンドポイント
- http://togogenome.org/sparql-test
- UniProt 2015_05
- RefSeq 69
- http://dev.togogenome.org/sparql-test
- UniProt 2016_01
- RefSeq 74
- http://ep.dbcls.jp/sparql-import
- UniProt 2016_09
- RefSeq 78
dev を最新版に置き換えた時に問題になるスタンザ
- TBD
JBrowse の exon/intron をなんとかする
