BH16.12/GGGenome CyanoBase

提供：TogoWiki

目次 1 GGGenomeにデータを格納するために必要な情報 2 CyanoBaseの情報提供 3 GGGenomeでの対応 4 Todo

GGGenomeにデータを格納するために必要な情報

• GGGenomeヘルプページの検索可能なデータベース一覧に表示されているメタデータ
  • Database: hg38
  • Source: UCSC
  • Group: Mammal
  • Species: Human
  • 生物種: ヒト
  • Latin name: Homo sapiens
  • Assembly information: GRCh38/hg38 (Dec, 2013)
  • 配列入手先のリンク: http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgGateway?db=hg38
• ゲノム配列（FASTA形式）

上記の情報があれば、 http://GGGenome.dbcls.jp/hg38/TTCATTGACAACATT [.bed|.json|.txt] のように検索できるようになる。

CyanoBaseの情報提供

• メタデータ: CyanoBaseの376ゲノムリストはTogoStanzaを利用して提供されており、 JSON API から取得してもらう
• ゲノム配列: 遺伝研内のサーバ通しなのでrsyncで提供。非圧縮FASTAで1.4GB【Done】

GGGenomeでの対応

• CyanoBaseが持っている GCA_000332055.1 などAssembly AccessionをIDとする
• データの更新があった場合、revision (".1" の部分) が上がるのでadd & deleteで対応できそう

Todo

• CyanoBaseがもっていない和名・慣用名的なメタデータの取得
  • DBpedia、WikiDataあたりを調査 → http://tinyurl.com/gvfj4zw
  • integbio/DBcatalog RDFの情報も使えるかも？
  • TogoStanzaを介して、SPARQLで取得CyanoBaseの表やJSONに追加できるとよさそう
• GGGenomeヒット結果からのリンク生成
  • 現状でも、JBrowseへのリンク生成はできる イネゲノムの例
  • assembly_id, sequence_id, start, end からCyanoBaseの遺伝子リストを表示するスタンザ開発？