BH14.14/genomeRDF/PhenotypeAnalysis

2015年2月4日 (水) 16:25時点におけるHaruo (トーク | 投稿記録)による版

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川島さんから提供された、MPO (Microbial Phenotype Ontology)のファイルと、GOLDから作ったTaxID と MPO の関係RDFを用いて、原核生物の至適増殖温度とコドン使用の関係を調べた。
G-language System (http://www.g-language.org) を用いて、Correspondence analysis (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18940873) を実行し、細菌ゲノム間の同義コドン使用の変動を解析した。
同義コドン使用パターンは、(超)好熱性菌と、常温菌と、(低温・熱)耐性菌との間で異なることが確認された。常温菌の中には、(超)好熱性菌と類似の同義コドン使用パターンを示すもの（外れ値）が存在した。
先行研究 [Lobry JR, Necşulea A. (2006) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16989961; Lynn DJ et al. (2002) http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/12364606] では、(超)好熱性菌と他の細菌との間で同義コドン（特にアルギニンをコードするAGG, AGA, CGT）使用パターンが異なることを報告している。
（大腸菌や枯草菌など）増殖の速い細菌では（リボソームタンパク質など）構成的に発現量の高い遺伝子が、細胞内の最大量tRNAに解読されるコドンを好むことが報告されている。