BH14.14/Visualization

提供：TogoWiki

目次 1 MBGD 1.1 SPARQL 1.2 Visualize 2 d3sparql.js 3 WebGL

MBGD

データの準備 → BH14.14/MBGD

シンテニーの可視化

SPARQL

• スタートはMBGD遺伝子名（この例では eco:B2934、セットを小さくするためにセットtax562を指定）
• gene: 中央に置かれる遺伝子
• neibour: その上流下流3000bp内にある遺伝子
• 含まれるオーソログクラスタが二種類以上ある場合は、それぞれ図を描きたい
• MBGD SPARQLポータルサイト：　http://mbgd.genome.ad.jp/sparql

PREFIX orth: <http://purl.jp/bio/11/orth#>
PREFIX org: <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/resource/organism/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX mbgdr: <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/resource/> 
PREFIX mbgd: <http://purl.jp/bio/11/mbgd#>
SELECT DISTINCT ?organism ?group ?gene ?neibour ?genebegin ?nbegin
WHERE {
 ?group orth:inDataset mbgdr:tax562.
 ?group orth:member/orth:gene <http://mbgd.genome.ad.jp/rdf/resource/gene/eco:B2934>.
 ?group orth:member/orth:gene ?gene.
 ?gene orth:organism ?organism.
 ?neibour a mbgd:CDS.
 ?neibour orth:organism ?organism.
 ?gene faldo:location/faldo:begin/faldo:position ?genebegin.
 ?gene faldo:location/faldo:end/faldo:position ?geneend.
 ?neibour faldo:location/faldo:end/faldo:position ?nend.
 ?neibour faldo:location/faldo:begin/faldo:position ?nbegin.
 FILTER (?genebegin - 3000 <= ?nbegin &&
             ?nend <= ?geneend + 3000)
 }

Visualize

1. 一遺伝子一件の連想配列で戻ったJSONデータを、D3が使いやすい構造に変換
2. 同じグループにある遺伝子を同じ色に設定
3. D3で描画

• スクリーンショット

• 課題
  • 注目遺伝子があるゲノムが一番上に来ない
  • ドメイン飛んでる問題
  • スタンザ化を目指す

d3sparql.js

• https://github.com/ktym/d3sparql
  • README.md を記述 (2015/2/3)
  • 可視化を差し込む場所を指定するパッチ取り込み (2015/2/3)
  • 可視化を差し込む場所をカスタマイズ可能に改良 (2015/2/4)
  • 可視化を差し込む前に以前の可視化を消去するように改良 → 可視化が追加されていくのではなく更新可能に (2015/2/6)
• ファセット
• アプリ開発

WebGL

• WebGLを用いた可視化のサンプル
  • 可視化のサンプル(Chrome推奨)
  • 作者は，大東誠(makoto.ohigashi@etude.ocn.ne.jp)氏
  • 内部で，three.js を使用

• スタンザ

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BH14.14