BH14.14/MBGD

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2015年2月12日 (木) 04:00時点における最新版

BH14.14

データの整備

MBGDの追加RDF

ref: MBGD update 2013

1. pre-calculated ortholog tables among various taxonomic groups

2. conserved synteny information

1. Taxon-specific オーソログテーブル

元データ：MBGD release 2014-02

superkingdomレベル：2 version
phylum(門)レベル：16 version
class(綱)レベル：21 version
order(目)レベル：58 version
family(科)レベル：79 version
genus(属)レベル：46 version
species(種)レベル：61 version
計： 283 version

RDF化

Perlスクリプトでdclst形式(MBGD独自形式)のファイルを、RDFに変換
結果 283 files (Turtle)
計 437,452,463 triples (約4.4億トリプル)

2. シンテニー情報

比較的近縁の生物種セットに関しては、上記1.の情報に加えて、シンテニー情報が利用可能 (ref: algorithm)

family(科)レベル：79 version
genus(属)レベル：46 version
species(種)レベル：61 version
計： 183 version

保存された並びを持つ一連のオーソログ(syntenic core)のデータモデル (参考：rdf:List RDF summit)

RDF化

PerlスクリプトでMBGD独自形式ファイルを、RDFに変換
結果 183 files (Turtle)
計 669,682 triples (約77万トリプル)

Virtuosoへのロードと確認

時間の見積もり

14.4 M triples / 分
1億トリプル / 7分
Turtleファイルのトリプル数と、Virtuosoに入ったトリプル数をカウントして確認したので、もう少し時間がかかった

リソースURIにアクセスすると、裏でVirtuosoをたたいて、つながっているリソースを表示する

SPARQL Search インターフェース

公開版：http://mbgd.genome.ad.jp/sparql/

開発版：インターフェースの改良

テキストエリアの syntax highlighting（CodeMirror ）
同一ページでの編集と結果の確認がやりやすいように修正した

Visualization

BH14.14/Visualization

Todo

Taxon-specific テーブル作成のパイプライン化
- ファイル作成場所（更新用DBの場所）について要確認

Visualize
- 座標の考慮
- オーソログクラスターセットが似ているものだけにしぼることはできるか
- あるいは、似ているものから並べる事はできるか
- こういったアプリケーションがあれば、裏のデータをOrthOにあわせるべし、と言えるかもしれない

@@ 72行： / 72行： @@
 * Visualize
-** 生物種の表示の順番
 ** 座標の考慮
-** 出発点とした生物種の表示
+** オーソログクラスターセットが似ているものだけにしぼることはできるか
+** あるいは、似ているものから並べる事はできるか
+** こういったアプリケーションがあれば、裏のデータをOrthOにあわせるべし、と言えるかもしれない