BH14.14/DBCatalogue
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データベースのメタデータ DBCatalogue標準化
- ライフ系データベースのメタデータを作成する(小林、藤澤、櫛田）
RDF化されていないデータベースも含むが、カタログはRDFで書いて流通させる。 まず理研が書きたいカタログ語彙を提案し、それをたたき台にして議論を進める。
Data Catalog Vocabulary (DCAT) http://www.w3.org/TR/vocab-dcat/ を基本にして語彙を決める。
| 項目名 | プロパティ | 目的語クラス | 例 |
|---|---|---|---|
| データベース | void:Dataset | metadb:hatodas | |
| 名称 | dct:ditle | rdf:langString | "Heavy-atom Database System"@en |
| 別称 | dct:alternative | rdf:langString | "HATODAS"@en |
| 運用組織 | dc:publisher | org:Organization | http://metadb.riken.jp/db/resource/organisation/riken |
| 作成者 | dc:creator | foaf:Person | |
| 作成者所属 | metadb:affiliation | org:Organization | http://metadb.riken.jp/db/resource/organisation/riken/spring8 |
| 説明 | dct:description | rdf:langString | "タンパク質のX線結晶解析に用いられる..."@ja |
| 言語 | dct:language | http://www.lexvo.org/id/iso639-3 | http://www.lexvo.org/id/iso639-3/eng |
| 公開日 | dct:issued | xsd:datetime | 2009/1/1 |
| ライセンス | dct:license | dct:LicenseDocument | metadb:license/creativecommons/CC-BY |
| ホームページ | foaf:homenage | xsd:anyURI | http://hatodas.harima.riken.jp/ |
| キーワード | dcat:keyword | rdf:langString | "重原子化"@ja, "タンパク質"@ja,"X線結晶解析"@ja |
| バージョン | pav:version | xsd:string | "1.0" |
| 問い合わせ先 | foaf:mailbox | xsd:anyURI | hoge@spring-8.or.jp |
| 生物種 | dcat:organism | http://identifiers.org/taxonomy | |
| 対象 | foaf:primaryTopic | metadb_catalog:BioTarget | metadb_catalog:BioTarget/Protein, metadb_catalog:BioTarget/Drug_Chemical |
| データ種 | dcat:theme | metadb_catalog:BioDataType | metadb_catalog:BioDataType/Structure |
| 関連論文 | cito:citesAsAuthority | http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed | http://rdf.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/16131765 |
| SPARQLエンドポイント | void:sparqlEndpoint | rdf:Resource | http://mdatadb.riken.jp/sparql |
| グラフ | sd:graph | sd:Graph | metadb_graph:hatodas |
表の見方：データベースはvoid:Detasetのインスタンスに対応する。 それ以後の各行はデータベースを主語とするトリプルに対応している。
上記赤色の部分は理研独自で使用している語彙で、今後標準化が求められる項目
データベースの「対象」を記述する語彙は、http://integbio.jp/dbcatalog/about
に掲載されているが、RDFでの利用についての言及がなかったので、各項目に理研独自のURIを付して使う。（今後国内外での標準化が必要）
| URI | 日本語ラベル |
|---|---|
| metadb_catalog:BioTarget/Genome | "ゲノム"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Gene | "遺伝子"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/cDNA | "cDNA"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/TagSequence | "タグ配列 (核酸)"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Polymorphism | "多型"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/OtherDNA | "その他のDNA"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/RNA | "RNA"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Protein | "蛋白質"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Enzyme | "酵素"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/OtherBiomolecule | "その他の生体分子"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Drug_Chemical | "薬剤/化学物質"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Cell | "細胞"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Organism | "個体/種"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Health_Disease | "健康/疾患"@ja |
| metadb_catalog:BioTarget/Others | "その他"@ja |
データベースの「データ種」を記述する語彙は、http://integbio.jp/dbcatalog/about
に掲載されているが、RDFでの利用についての言及がなかったので、各項目に理研独自のURIを付して使う。（今後国内外での標準化が必要）
| URI | 日本語ラベル |
|---|---|
| metadb_catalog:BioDataType/Sequence | "配列"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Structure | "構造"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/GeneExpression | "遺伝子発現"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Interaction_Pathway | "相互作用/パスウェイ"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Phylogeny_Classification | "系統発生/分類"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Image_Movie | "画像/動画"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Ontology_Terminology_Nomenclature | "オントロジー/用語/学名/命名法"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/JournalArticle_Report_Bibliography | "論文/報告書/書誌"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Bioresource | "バイオリソース"@ja |
| metadb_catalog:BioDataType/Others | "その他"@ja |
DBCatalogue データのエンドポイント
以前運用していたものが稼働していないということでテンポラルにホストすることにしました（片山 2015/2/5)。
% 71tmp.sh loaddir http://integbio.jp/dbcatalog/en /data/store/rdf/dbcatalog/en '*.n3' % 71tmp.sh loaddir http://integbio.jp/dbcatalog/ja /data/store/rdf/dbcatalog/ja '*.n3'
- エンドポイント
- サンプル SPARQL
select ?s ?p1 ?o1 ?p2 ?o2
where {
graph <http://integbio.jp/dbcatalog/en> {
VALUES ?s { <http://integbio.jp/dbcatalog/resource/nbdc00003#en> }
?s ?p1 ?o1 .
OPTIONAL {?o1 ?p2 ?o2 .}
}
}
limit 100
