BH13.13/pubdictionaries
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| - | * | + | * Webブラウザ上で自分の用語辞書の管理をすることができます（[http://pubdictionaries.dbcls.jp PubDictionaries]）。 |
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* 辞書やアノテーションは共有することができます。 | * 辞書やアノテーションは共有することができます。 | ||
* みんなで辞書やアノテーションを編集するような用途にも使えます。 | * みんなで辞書やアノテーションを編集するような用途にも使えます。 | ||
** Google Mapsの文献版 | ** Google Mapsの文献版 | ||
| - | * | + | * [http://pubdictionaries.dbcls.jp PubDictionaries]と[http://pubdictionaries.org PubAnnotation]はそれぞれ独立なサービスで，REST APIで繋がる仕組みを取っているので，他のシステムとの連携もできます。 |
=== 利用の流れ === | === 利用の流れ === | ||
| - | # | + | # [http://pubdictionaries.dbcls.jp PubDictionaries]に辞書をUpload |
#* 「文字列, ID, label」のCSV | #* 「文字列, ID, label」のCSV | ||
#* 辞書に基づくテキストアノテーションREST serviceが生成される | #* 辞書に基づくテキストアノテーションREST serviceが生成される | ||
| - | # | + | # [http://pubdictionaries.org PubAnnotation]に文書を入れる |
#* PubMed, PMCの論文などを入れることができる | #* PubMed, PMCの論文などを入れることができる | ||
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2014年1月31日 (金) 05:08時点における最新版
目次 |
辞書を用いたテキスト処理
参加者
- 鈴木治夫（山口大学）
- 森田瑞樹（東京大学）
- 中島滋（ラグザイア）
- 山本泰智（DBCLS）
- 金進東（DBCLS）
概要
- 自分で作成した用語辞書を利用して，文章にアノテーションを付与する仕組み，を整備しています。
- PubDictionaries →自分の辞書（CSV形式）を管理する仕組み
- PubAnnotation →自分の辞書を利用して文章にアノテーションを付与する仕組み
この仕組みの特徴
- Webブラウザ上で自分の用語辞書の管理をすることができます（PubDictionaries）。
- Webブラウザ上でアノテーションの編集をすることができます（PubAnnotation）。
- 辞書やアノテーションは共有することができます。
- みんなで辞書やアノテーションを編集するような用途にも使えます。
- Google Mapsの文献版
- PubDictionariesとPubAnnotationはそれぞれ独立なサービスで，REST APIで繋がる仕組みを取っているので，他のシステムとの連携もできます。
利用の流れ
- PubDictionariesに辞書をUpload
- 「文字列, ID, label」のCSV
- 辞書に基づくテキストアノテーションREST serviceが生成される
- PubAnnotationに文書を入れる
- PubMed, PMCの論文などを入れることができる
- PubAnnotationからPubDictionariesを呼んでアノテーションを得る
用例
- 遺伝子のアノテーションの表示（鈴木）
- 遺伝子に付いているアノテーションは多様（人による違い，観点による違い，など）
- 論文を読むときに，その論文に書いてあるアノテーション以外のアノテーションをすべて表示し，より理解を広げる＆深める
- 実際に論文に書くときに，どんなアノテーションがあるかがすぐに調べられる
- 医療辞書の整備と医療テキストへのアノテーションの支援（森田）
- 用語辞書の管理のためのツールとして
- テキストの自動アノテーション・ツール用の正解データ作りを，医療従事者に手伝ってもらうためのツールとして
- 教科書のソーシャル・リーディング（森田）
- 教科書をPubAnnotationへアップロードして，そこへみんなで注釈，コメント，感想などを追加していく
実データ
- バクテリアゲノム辞書（鈴木）
- バクテリア遺伝子の機能アノテーションの辞書を作成。
- 比較的初期にコンプリートゲノム配列が解読された代表的なバクテリア15種におけるタンパク質遺伝子のアノテーションを、遺伝子IDを用いて、複数データベース（Genbank, COG, JCVI, SEED, VFDB）から収集した。
- Genbank -- ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomes/Bacteria/
- COG -- http://www.ncbi.nlm.nih.gov/COG/
- JCVI (Cellular Role: Mainrole and Subrole) -- http://cmr.jcvi.org/cgi-bin/CMR/shared/MakeFrontPages.cgi?page=geneattribute
- SEED -- http://www.theseed.org/, ftp://ftp.theseed.org/
- VFDB (Virulence Factors Database，病原因子のデータベース) -- http://www.mgc.ac.cn/VFs/
- 参考文献: "Comparative genomic analysis of the genus Staphylococcus including Staphylococcus aureus and its newly described sister species Staphylococcus simiae."
- 病名と症状の日本語辞書（森田）
Done
- PubDictionariesで日本語の辞書に対応した
- PubAnnotationにFirst Author'sの文章を利用できるようにした
- テスト版では自分の文章のアップロードができるようになった
To Do
- PubAnnotationの日本語対応（アノテーションの編集機能）
- 実データを利用したテスト
- 日本語の使用についてのテスト
- First Authorsを取り込むモジュールを整備
- 自分のテキストをアップロードする機能を実装
- ユースケースの洗い出し
- PubDictionariesのPrivate辞書もアノテーションに使えるようにする
- Public，Privateの間のGroup（？）モードを作る
