BH13.13/drug-model-kegg

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目次 1 目的 2 作業の方針 3 どのようなdataか 4 何が達成できているか 5 何ができていないか 6 参照文献

目的

• KEGG pathway上にDrugbankのdrag targetをmapしたい。
  • Drugbank target + genome scale metabolic model + KEGG pathway のparseをlinked data化を行いたい
  • 情報のmerge、extractを独自のscriptを使わずに行いたい。

作業の方針

• json-LD から Turtle を生成しlocalのvirtuosoにimportする。
• localのvirtuosoをendpointとしdrugとKEGGのreactionの対応tableをSELECTするstanzaを作成する。

どのようなdataか

Drugbankのtarget table iAF1260のtable

何が達成できているか

test

何ができていないか

hoge

参照文献

• Kanehisa, M., Goto, S., Sato, Y., Furumichi, M., & Tanabe, M. (2012). KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets. Nucleic acids research, 40(D1), D109-D114.
• Schellenberger, J., Park, J. O., Conrad, T. M., & Palsson, B. Ø. (2010). BiGG: a Biochemical Genetic and Genomic knowledgebase of large scale metabolic reconstructions. BMC bioinformatics, 11(1), 213.
• Feist, A. M., Henry, C. S., Reed, J. L., Krummenacker, M., Joyce, A. R., Karp, P. D., ... & Palsson, B. Ø. (2007). A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information. Molecular systems biology, 3(1).