BH13.13/drug-model-kegg

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** Drugbank target + genome scale metabolic model + KEGG pathway のparseをlinked data化を行いたい
** Drugbank target + genome scale metabolic model + KEGG pathway のparseをlinked data化を行いたい
** 情報のmerge、extractを独自のscriptを使わずに行いたい。
** 情報のmerge、extractを独自のscriptを使わずに行いたい。
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* Excel tableを楽にRDF化する方法を例示したい。
== 作業の方針 ==
== 作業の方針 ==

2014年1月29日 (水) 07:33時点における最新版

目次

目的

  • KEGG pathway上にDrugbankのdrag targetをmapしたい。
    • Drugbank target + genome scale metabolic model + KEGG pathway のparseをlinked data化を行いたい
    • 情報のmerge、extractを独自のscriptを使わずに行いたい。
  • Excel tableを楽にRDF化する方法を例示したい。

作業の方針

  • json-LD から Turtle を生成しlocalのvirtuosoにimportする。
  • localのvirtuosoをendpointとしdrugとKEGGのreactionの対応tableをSELECTするstanzaを作成する。

どのようなdataか

Drugbankのtarget table Screenshot 2014-01-28 16.20.22.png iAF1260のtable Screenshot 2014-01-28 17.08.50.png Screenshot 2014-01-28 17.14.32.png

何が達成できているか

test

何ができていないか

hoge

参照文献

  • Kanehisa, M., Goto, S., Sato, Y., Furumichi, M., & Tanabe, M. (2012). KEGG for integration and interpretation of large-scale molecular data sets. Nucleic acids research, 40(D1), D109-D114.
  • Schellenberger, J., Park, J. O., Conrad, T. M., & Palsson, B. Ø. (2010). BiGG: a Biochemical Genetic and Genomic knowledgebase of large scale metabolic reconstructions. BMC bioinformatics, 11(1), 213.
  • Feist, A. M., Henry, C. S., Reed, J. L., Krummenacker, M., Joyce, A. R., Karp, P. D., ... & Palsson, B. Ø. (2007). A genome-scale metabolic reconstruction for Escherichia coli K-12 MG1655 that accounts for 1260 ORFs and thermodynamic information. Molecular systems biology, 3(1).
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