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	* オントロジーをちゃんとしたほうがいいらしい		* オントロジーをちゃんとしたほうがいいらしい
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-	15時くらいまで。	+	* 外部リンクと紐付ける分には、Metabolonote のフォーマットが使えそうなので導入してみる。

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2014年1月31日 (金) 00:57時点における最新版

1/28 写真撮影後から。

目次 1 背景 1.1 モチベーション 1.2 データの種類 2 1月28日(火) 2.1 成果 2.2 課題 3 つづき

背景

モチベーション

メンバー：松前、大田、仲里

• 考古学で得られた試料（人骨、動物骨、植物種子、メタゲノム）から破壊分析（DNA、タンパク、元素）を分析する。破壊分析により、他のデータを失いたくない。
  • メタデータ（サンプルの種類、遺跡情報など）
  • 形態学的データ
  • 破壊分析によって得られる分子的なデータ
• 考古学や形態学（形態人類学・動物考古学・植物考古学・古生物学etc）と分子レベルの分析では、データ共有の仕組みがない
• 個人的なモチベーション（過去の経験から）
  • マニュアルキュレーションは大変。あとから変更するのはもっと大変。
  • データベースユーザ側としてもいびつなデータは使えない。
  • できるラボが少ない、n=1,2,3,....
  • パラメータが多すぎる
  • メタデータと、形態と、分子情報が繋がっていて欲しい理由（使用例1〜4）
  • 将来的にどういうデータが追加されるかわからないので、ほどほどに緩いシンプルなデータ構造にしたい

データの種類

• メタデータ
  • 遺跡の名前、位置、時代、文献（DOIあり・なし）、層位（地層）、など... 遺跡そのものの情報化は別の研究分野（情報考古学とか）
• 標本の画像データとそこに含まれる形態学的な情報
  • 三次元スキャンをしたいけど、どういう方法で、どういうデータが出てくるのか？また精度は？
• 標本の分子レベルの分析をしたときのデータ
  • ゲノムなどの既存のデータと既存のバイオ系DBとリンク可能な分子データ（DNA配列、タンパク質、文献情報）
  • その他の分子データ（元素分析）

1月28日(火)

成果

• 背景の問題から、基本的なデータ構造を検討
• Project ID (Submission ID)
  • Sample ID (メタデータ)
    • Analysis ID (Encyclopedia of Life format?)
      • Result ID
      • Protocol ID
      • external links (SRA, GenBank, Reference)
    • Morphological ID (画像など、DarwinCore format?)
      • Protocol ID (画像データの作成方法と、元となるデータの実験的なプロトコル)

課題

• BioSample IDの当て方
• 多 Morpho ID に対して 多 Analysis ID
• Sample IDの親子関係についての記述方法
• メタゲノムの枠組みが使えるか？（使用例２において。）
• 形態データの取り方について（おまけ）
• オントロジーをちゃんとしたほうがいいらしい

つづき

• 外部リンクと紐付ける分には、Metabolonote のフォーマットが使えそうなので導入してみる。