BH13.13/MBGD

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BH13.13/MicrobeDB.jpへ

取り組み内容

DB間連携

オーソログ情報のRDF化の現状について報告
- 協力に向けて

微生物データ統合に向けた基礎データ収集

GenomeRefine→MBGD→MicrobeDB
- /db/project/microbe/
- 236 に関して ortholog.ttl を生成して push
- 結果を戻す間に、元が変わっていたら、変なことになる可能性がある

分散DBを連結した検索
- sparqling機能強化
  - property pathの指定

情報収集

Taxonomy ID から BioSample ID へ

データの管理方法
- 推論した結果を、データとして保存することによって、検索を高速化する
- construct分で推論結果を吐き出して、それをロードする
- taxonomyなどの場合で、数時間かかる
- 速度が100倍になる場合もある

クエリの書き方
- option(transitive) の様々なオプションを駆使して、さらに詳しい検索結果が得られる

?new_tax rdfs:subClassOf ?ancestor option (transitive, t_direction 1, t_min 1, t_step("step_no") as ?step) .

Microdata, RDFa (core), Microformats → RDFa Lite
- image, isEntryOf (database), entryId, taxon, disease, seeAlso, dateModified, reference

グラフデータベース Neo4j
- エッジ自体にvalueが付けられる
  - RDFのように、余計なエッジをはる必要がない
  - パスの意味するものが、より直感的に分かりやすい
- 分かりやすいクエリ言語 Cypher
- ヒストリー付きクエリ入力インターフェース
- 結果のvisualizeがきれい

パス探索

データ同士の関連性の統計的探索 [1]

OmniGraffle

RDF化とスタンザ

default生物種の'枠'を表示
- up:Family 以上の taxonomy ID を取得して mbgd:TaxonShown を付加した

スザンザ表示の修正、組み込みに向けてトライ
- ミーティング、議論

Taxon-specificオーソログテーブルのRDF化

/db/protject/MBGD/WWW/bin/make_cluster_arch.pl -DBNAME=mbgd_tmp2_dev default

/db/protject/MBGD/WWW/bin/make_cluster_arch.pl tax9

cd $MBGD_HOME/WWW/bin
./make_cluster_arch.pl taxNNN > $MBGD_HOME/WWW/htbin/dist/mbgd_20NN-NN/COREALIGN/tax_category_name/taxNNN.dclst

自動化

/home/chiba/semantic/bh13.13/tax_specific_clusers.pl

サーバー設定

テスト用エンドポイント: 8048
- /work/virtuoso-test (SSD)

他

sparqling 強化
triple store browser Web版

Stanza

TogoStanza-gem

http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/

http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/ortholog_environment_profile?gene_id=Pcar_3116&tax_id=338963

http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/ortholog_environment_profile?gene_id=slr1311&tax_id=1111707

http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/taxonomy_ortholog_profile?tax_id=562

http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/ortholog_taxon_profile?tax_id=1111707&gene_id=slr1311

Tips

開発時は、http://server_name:9292/stanza/stanza_name?param1=aaa&param2=bbb でアクセスできるが、実際に埋め込むdivタグには「data-stanza-param1=" aaa" 」「data-stanza-param2=" bbb" 」の形で渡してやる必要がある。help参照：http://bias4.nibb.ac.jp:9292/stanza/ortholog_taxon_profile/help
埋め込み時のウィンドウサイズを決めているのは、template.hbs の adjust_iframe_height_script プロパティ
埋め込み時には某.jsファイルを呼んでおく必要がある？？

なんとなくそれっぽいの

http://lalo.nibb.ac.jp/~hiroyo/MBGDrdf/stanza_test.html

基礎データ収集

MBGD release 2013-02

complete genome sequences の数を調べる

PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>

SELECT count(distinct ?organism)
WHERE {
  ?organism a mbgd:Organism .
}

結果：2577

Eukaryota に限定して調べる

PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?organism)
WHERE {
    ?organism a mbgd:Organism; up:organism ?tax_id .
    ?tax_id rdfs:subClassOf* tax:2759 .
}

結果：45

defaultクラスタリング結果に限定して調べる

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?organism)
WHERE {
    ?group a mbgd:Cluster , mbgd:Default .
    ?group orth:member ?member. 
    ?member mbgd:organism ?organism .
}

結果：728

defaultクラスタリング結果、かつ Eukaryota に限定して調べる

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?organism)
WHERE {
    ?group a mbgd:Cluster , mbgd:Default .
    ?group orth:member ?member. 
    ?member mbgd:organism ?organism .
    ?organism up:organism ?tax_id .
    ?tax_id rdfs:subClassOf* tax:2759 .
}

結果：36

遺伝子の数を調べる

PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>

SELECT count(distinct ?gene)
WHERE {
  ?gene a mbgd:Gene .
}

結果：8787826

Eukaryotaに限定して、遺伝子数を調べる

PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?gene)
WHERE {
  ?gene a mbgd:Gene .
  ?gene mbgd:organism/up:organism ?tax_id .
  ?tax_id rdfs:subClassOf* tax:2759 .
}

結果：381863

defaultクラスタリングに含まれる遺伝子を調べる

PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>

SELECT count(distinct ?gene)
WHERE {
  ?group a mbgd:Cluster, mbgd:Default .
  ?group orth:member/mbgd:gene ?gene .
}

結果：2626489

defaultクラスタリングに含まれる遺伝子を、Eukaryotaに限定して調べる

PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?gene)
WHERE {
  ?group a mbgd:Cluster, mbgd:Default .
  ?group orth:member/mbgd:gene ?gene .
  ?gene mbgd:organism/up:organism ?tax_id .
  ?tax_id rdfs:subClassOf* tax:2759 .
}

結果：297781

オーソログクラスターの数を調べる

defaultクラスタリング結果に含まれる、オーソログクラスターの数を調べる

PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>

SELECT count(distinct ?group)
WHERE {
    ?group a mbgd:Cluster , mbgd:Default .
    ?group orth:member ?member. 
    ?member mbgd:organism ?organism .
}

結果：350560

defaultクラスタリング結果に含まれる、オーソログクラスターの数を、Eukaryotaに限定して調べる

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT count(distinct ?group)
WHERE {
    ?group a mbgd:Cluster , mbgd:Default .
    ?group orth:member ?member. 
    ?member mbgd:organism ?organism .
    ?organism up:organism ?tax_id .
    ?tax_id rdfs:subClassOf* tax:2759 .
}

結果：67621