BH12.12/stanza titech/taxonomic composition sample
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*使用グラフ---------------------------- | *使用グラフ---------------------------- | ||
| - | :* | + | :*<http://microbedb.jp/meta16S_env/> |
| - | :* | + | :*<http://microbedb.jp/ncbitaxon/> |
| - | :* | + | :*<http://microbedb.jp/meo/> |
| - | :* | + | :*<http://microbedb.jp/srs/> |
*メモ---------------------------------- | *メモ---------------------------------- | ||
:系統階層によって、predicateを変える | :系統階層によって、predicateを変える | ||
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SELECT ?taxon_label ?organismCount | SELECT ?taxon_label ?organismCount | ||
| + | |||
FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/> | FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/> | ||
FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/> | FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/> | ||
FROM <http://microbedb.jp/meo/> | FROM <http://microbedb.jp/meo/> | ||
FROM <http://microbedb.jp/srs/> | FROM <http://microbedb.jp/srs/> | ||
| + | |||
WHERE{ | WHERE{ | ||
srs:SRS334046 meo:MEO_0000429 [ | srs:SRS334046 meo:MEO_0000429 [ | ||
2013年7月4日 (木) 12:44時点における最新版
taxonomic composition（サンプル）
- スタンザ概要--------------------------
- あるSRSサンプルの系統組成
- 入力----------------------------------
- SRS_ID
- 出力----------------------------------
| 変数名 | 説明 | URI or literal |
|---|---|---|
| ?taxon_label | 系統名 | literal |
| ?organismCount | 相対存在量 | literal(double型) |
- 使用グラフ----------------------------
- メモ----------------------------------
- 系統階層によって、predicateを変える
- MEO_0000431 : Genus
- MEO_0000432 : Family
- MEO_0000433 : Order
- MEO_0000434 : Class
- MEO_0000435 : Phylum
- MEO_0000436 : Domain
- SPARQL query--------------------------
例：SRS334046の系統組成
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
SELECT ?taxon_label ?organismCount
FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/>
FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
FROM <http://microbedb.jp/srs/>
WHERE{
srs:SRS334046 meo:MEO_0000429 [
meo:MEO_0000434 ?ncbitaxon; #分類によってpredicateを変える
meo:MEO_0000430 ?organismCount;
].
?ncbitaxon rdfs:label ?taxon_label.
}ORDER BY DESC(?organismCount)
