BH12.12/stanza titech/taxonomic composition env
提供：TogoWiki
（版間での差分）
(→metagenome sample list / meta16S sample list) |
(→taxonomic composition（環境）) |
||
| 14行： | 14行： | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| - | <td>? | + | <td>?countSum</td><td>相対存在量の和</td><td>literal(double型)</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年7月4日 (木) 12:50時点における最新版
taxonomic composition（環境）
- スタンザ概要--------------------------
- ある環境の系統組成
- 入力----------------------------------
- SRS_ID
- 出力----------------------------------
| 変数名 | 説明 | URI or literal |
|---|---|---|
| ?taxon_label | 系統名 | literal |
| ?countSum | 相対存在量の和 | literal(double型) |
- 使用グラフ----------------------------
- メモ----------------------------------
- 系統階層によって、predicateを変える
- MEO_0000431 : Genus
- MEO_0000432 : Family
- MEO_0000433 : Order
- MEO_0000434 : Class
- MEO_0000435 : Phylum
- MEO_0000436 : Domain
- SPARQL query--------------------------
例：MEO_000054（feces）の系統組成
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX srs: <http://www.ncbi.nlm.nih.gov/sra/>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
SELECT ?taxon_label (SUM(?organismCount) AS ?countSum)
FROM <http://microbedb.jp/meta16S_env/>
FROM <http://microbedb.jp/ncbitaxon/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
FROM <http://microbedb.jp/srs/>
WHERE{
?SRS_ID meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000054.
meo:MEO_0000054 rdfs:label ?meo_label.
?SRS_ID meo:MEO_0000429 [
meo:MEO_0000434 ?ncbitaxon;
meo:MEO_0000430 ?organismCount;
].
?ncbitaxon rdfs:label ?taxon_label
}ORDER BY DESC(?countSum)
