BH12.12/stanza titech/metagenome sample list
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metagenome sample list / meta16S sample list
- スタンザ概要--------------------------
- ある環境から採取されたメタゲノムサンプルのリスト
- ある環境から採取されたメタ16Sサンプルのリスト
- 入力----------------------------------
- MEO_ID
- 出力----------------------------------
変数名 | 説明 | URI or literal |
---|---|---|
?SRS_title | SRS ID名 | literal |
?SRS_label | SRSのタイトル | literal |
?env_material_list | SRSのenvironmental materialの列挙 | literal |
?env_feature_list | SRSのenvironmental featureの列挙 | literal |
?biome_list | SRSのbiomeの列挙 | literal |
- 使用グラフ----------------------------
- meo_sample.ttl.Changed3
- メモ----------------------------------
- 一つのメタゲノムサンプルに対して複数のFeature / Material / biomeタームが対応付いている時に、総当りで検索結果が返ってきてしまうのを防ぐため、以下のような3つのサブクエリをもつSPARQL文となった。
- 全てのサンプルにFeature, Material, biomeタームやSRSのタイトルが対応付いているとは限らないので、OPTIONALで取得した。
- メタゲノムサンプルなのかメタ16Sサンプルなのか の区別は後回し(ヒトメタゲノム関連論文からのメタデータ抽出の後)
- SPARQL query--------------------------
例:メタデータにMEO_0000054(feces)を持つメタゲノムデータのリスト
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> PREFIX srs: <http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?sample=> PREFIX envo: <http://purl.bioontology.org/ontology/ENVO/> PREFIX gaz: <http://purl.org/obo/owl/GAZ#> PREFIX fma: <http://sig.uw.edu/fma#> PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/> PREFIX ncbitaxon: <http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon#> PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/> PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> SELECT DISTINCT ?SRS_label ?SRS_title ?env_material_list ?env_feature_list ?biome_list WHERE{ { SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?Material_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?env_material_list) WHERE{ ?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [ dc:identifier meo:MEO_0000054; rdfs:label "feces" ; ] . OPTIONAL{ ?SRS_ID meo:environmentalMaterial [ dc:identifier ?environmentalMaterial; rdfs:label ?Material_label ; ] . } } } { SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?Feature_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?env_feature_list) WHERE{ ?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [ dc:identifier meo:MEO_0000054; rdfs:label "feces" ; ] . OPTIONAL{ ?SRS_ID meo:environmentalFeature [ dc:identifier ?environmentalFeature; rdfs:label ?Feature_label ; ] . } } } { SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?biome_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?biome_list) WHERE{ ?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [ dc:identifier meo:MEO_0000054; rdfs:label "feces" ; ] . OPTIONAL{ ?SRS_ID meo:biome [ dc:identifier ?biome; rdfs:label ?biome_label; ] . } } } OPTIONAL{ ?SRS_ID srs:TITLE ?SRS_title. } OPTIONAL{ ?SRS_ID rdfs:label ?SRS_label. } } ORDER BY ?SRS_label