BH12.12/stanza titech/metagenome sample list
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2013年5月27日 (月) 03:25時点における最新版
metagenome sample list / meta16S sample list
- スタンザ概要--------------------------
- ある環境から採取されたメタゲノムサンプルのリスト
- ある環境から採取されたメタ16Sサンプルのリスト
- 入力----------------------------------
- MEO_ID
- 出力----------------------------------
| 変数名 | 説明 | URI or literal |
|---|---|---|
| ?SRS_title | SRS ID名 | literal |
| ?SRS_label | SRSのタイトル | literal |
| ?env_material_list | SRSのenvironmental materialの列挙 | literal |
| ?env_feature_list | SRSのenvironmental featureの列挙 | literal |
| ?biome_list | SRSのbiomeの列挙 | literal |
- 使用グラフ----------------------------
- meo_sample.ttl.Changed3
- メモ----------------------------------
- 一つのメタゲノムサンプルに対して複数のFeature / Material / biomeタームが対応付いている時に、総当りで検索結果が返ってきてしまうのを防ぐため、以下のような３つのサブクエリをもつSPARQL文となった。
- 全てのサンプルにFeature, Material, biomeタームやSRSのタイトルが対応付いているとは限らないので、OPTIONALで取得した。
- メタゲノムサンプルなのかメタ16Sサンプルなのか の区別は後回し（ヒトメタゲノム関連論文からのメタデータ抽出の後）
- SPARQL query--------------------------
例：メタデータにMEO_0000054（feces）を持つメタゲノムデータのリスト
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX srs: <http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?sample=>
PREFIX envo: <http://purl.bioontology.org/ontology/ENVO/>
PREFIX gaz: <http://purl.org/obo/owl/GAZ#>
PREFIX fma: <http://sig.uw.edu/fma#>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX ncbitaxon: <http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
SELECT DISTINCT
?SRS_label ?SRS_title ?env_material_list ?env_feature_list ?biome_list
WHERE{
{
SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?Material_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?env_material_list)
WHERE{
?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [
dc:identifier meo:MEO_0000054;
rdfs:label "feces" ;
] .
OPTIONAL{
?SRS_ID meo:environmentalMaterial [
dc:identifier ?environmentalMaterial;
rdfs:label ?Material_label ;
] .
}
}
}
{
SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?Feature_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?env_feature_list)
WHERE{
?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [
dc:identifier meo:MEO_0000054;
rdfs:label "feces" ;
] .
OPTIONAL{
?SRS_ID meo:environmentalFeature [
dc:identifier ?environmentalFeature;
rdfs:label ?Feature_label ;
] .
}
}
}
{
SELECT ?SRS_ID (GROUP_CONCAT(?biome_label ; SEPARATOR = " , ")AS ?biome_list)
WHERE{
?SRS_ID meo:environmentalMaterial|meo:environmentalFeature|meo:biome [
dc:identifier meo:MEO_0000054;
rdfs:label "feces" ;
] .
OPTIONAL{
?SRS_ID meo:biome [
dc:identifier ?biome;
rdfs:label ?biome_label;
] .
}
}
}
OPTIONAL{
?SRS_ID srs:TITLE ?SRS_title.
}
OPTIONAL{
?SRS_ID rdfs:label ?SRS_label.
}
} ORDER BY ?SRS_label
