BH12.12/stanza titech/Pathogen Information
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prefix pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/> | prefix pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/> |
2013年5月31日 (金) 05:19時点における最新版
Pathogen information from phylogeny
- スタンザ概要--------------------------
- 系統から関連する菌株と病名を表示する
- 入力----------------------------------
- NCBItaxID
- 出力----------------------------------
変数名 | 説明 | URI or literal |
---|---|---|
NCBItaxID | NCBItaxIDのURI | URI |
?bacterialName | 菌株名 | literal |
?diseaseNameSet | 病名セット | literal |
?infectiousType | 日和見感染かどうか | literal |
?strainType | 無毒株かどうか | literal |
- 使用グラフ----------------------------
- PDO_ver0.1.owl (5/31修正)
- CSSO_ver0.1.owl
- mapping_ver2.ttl
- NCBI
- メモ----------------------------------
株名そのものを入れた場合にも対応します 例:Haemophilus influenzae 86-028NP(ncbitaxon:NCBITaxon_281310)など
- SPARQL query--------------------------
例:Mycobacterium(ncbitaxon:NCBITaxon_1763)の系統に属する、病気に関連する菌株情報の表示
prefix pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/> prefix csso: <http://purl.jp/bio/11/csso/> prefix ncbitaxon: <http://purl.obolibrary.org/obo/> SELECT ?bacterialName ?diseaseNameSet ?infectiousType ?strainType FROM <http://localhost:8890/PDO/test/mapping_ver2.ttl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/PDO_ver0.1.owl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/CSSO_ver0.1.owl> FROM <http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon#> WHERE{ { {SELECT DISTINCT ?NCBI ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ",") AS ?diseaseNameSet) WHERE{ {?NCBI rdfs:subClassOf+ ncbitaxon:NCBITaxon_1763. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:mayCaused ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. } UNION { ?NCBI rdfs:subClassOf+ ncbitaxon:NCBITaxon_1763. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:isRelatedTo ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. } }} OPTIONAL{ ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:infectiousType ?infectiousType. } OPTIONAL{ ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode2. ?blanknode2 pdo:strainType ?strainType. } } UNION { {SELECT DISTINCT ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ",") AS ?diseaseNameSet) WHERE{ {ncbitaxon:NCBITaxon_1763 pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:isRelatedTo ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ncbitaxon:NCBITaxon_1763 rdfs:label ?bacterialName. } UNION { ncbitaxon:NCBITaxon_1763 pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:mayCaused ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ncbitaxon:NCBITaxon_1763 rdfs:label ?bacterialName. } }} OPTIONAL{ ncbitaxon:NCBITaxon_1763 pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:infectiousType ?infectiousType. } OPTIONAL{ ncbitaxon:NCBITaxon_1763 pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:strainType ?strainType. } } } ORDER BY ?bacterialName
Pathogen information from disease
- スタンザ概要--------------------------
- 病名から関連する菌株と関連情報を表示する
- 入力----------------------------------
- PDO_ID
- 出力----------------------------------
変数名 | 説明 | URI or literal |
---|---|---|
PDO_ID | PDO IDのURI | URI |
?bacterialName | 菌株名 | literal |
?diseaseNameSet | 病名セット | literal |
?infectiousType | 日和見感染かどうか | literal |
?strainType | 無毒株かどうか | literal |
?speciesName | 上位分類(種名) | literal |
- 使用グラフ----------------------------
- PDO_ver0.1.owl(5/31修正)
- CSSO_ver0.1.owl
- mapping_ver2.ttl
- NCBI
- メモ----------------------------------
- SPARQL query--------------------------
例:Pneumonia(pdo:PDO_000193)に関連する菌株情報の表示
prefix pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/> prefix csso: <http://purl.jp/bio/11/csso/> prefix ncbitaxon: <http://purl.obolibrary.org/obo/> prefix ncbirank: <http://purl.obolibrary.org/obo/ncbitaxon#> SELECT ?bacterialName ?diseaseNameSet ?infectiousType ?strainType ?speciesName FROM <http://localhost:8890/PDO/test/mapping_ver2.ttl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/PDO_ver0.1.owl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/CSSO_ver0.1.owl> FROM <http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon#> WHERE{ {SELECT DISTINCT ?NCBI ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ",") AS ?diseaseNameSet) ?speciesName WHERE{ { ?blanknode pdo:mayCaused pdo:PDO_000193. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode2. ?blanknode2 pdo:mayCaused ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. OPTIONAL { ?NCBI rdfs:subClassOf+ ?upperClass. ?upperClass ncbirank:has_rank ncbitaxon:NCBITaxon_species. ?upperClass rdfs:label ?speciesName. } } UNION { ?blanknode pdo:isRelatedTo pdo:PDO_000193. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode2. ?blanknode2 pdo:isRelatedTo ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseName. ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. OPTIONAL { ?NCBI rdfs:subClassOf+ ?upperClass. ?upperClass ncbirank:has_rank ncbitaxon:NCBITaxon_species. ?upperClass rdfs:label ?speciesName. } }}} OPTIONAL{ ?blanknode pdo:infectiousType ?infectiousType. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. } OPTIONAL{ ?blanknode pdo:strainType ?strainType. ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. } } ORDER BY ?bacterialName
Pathogen information from symptom
- スタンザ概要--------------------------
- 症状から関連する病名、菌株と関連情報を表示する
- PDO、CSSOどちらにも登録されている場合は分けて表示(菌株がだぶって表示される場合あり)
- 入力----------------------------------
- CSSO_ID (or PDO_ID)
- 出力----------------------------------
変数名 | 説明 | URI or literal |
---|---|---|
CSSO_ID | CSSO IDのURI | URI |
PDO_ID | PDO IDのURI | URI |
?bacterialName | 菌株名 | literal |
?diseaseNameSetFromSymptom | 病名セット(症状で検索) | literal |
?diseaseNameSetFromDisease | 病名セット(病名で検索) | literal |
?infectiousType | 日和見感染かどうか | literal |
?strainType | 無毒株かどうか | literal |
- 使用グラフ----------------------------
- PDO_ver0.1.owl(5/31修正)
- CSSO_ver0.1.owl
- mapping_ver2.ttl
- NCBI
- メモ----------------------------------
- SPARQL query--------------------------
例:Diarrhea(csso:CSSO_000102/pdo:PDO_000122)に関連する菌株情報の表示
prefix pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/> prefix csso: <http://purl.jp/bio/11/csso/> prefix ncbitaxon: <http://purl.obolibrary.org/obo/> SELECT ?bacterialName ?diseaseNameSetFromSymptom ?diseaseNameSetFromDisease ?opportunistic ?strainType FROM <http://localhost:8890/PDO/test/mapping_ver2.ttl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/PDO_ver0.1.owl> FROM <http://localhost:8890/PDO/test/CSSO_ver0.1.owl> FROM <http://purl.org/obo/owl/NCBITaxon#> WHERE{ { {SELECT DISTINCT ?NCBI ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseNameFromSymptom; SEPARATOR = ",") AS ?diseaseNameSetFromSymptom) WHERE{ ?disease pdo:hasSymptomOf csso:CSSO_000102. {?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:mayCaused ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseNameFromSymptom. } UNION { ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:isRelatedTo ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseNameFromSymptom. } ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. }} } UNION { {SELECT DISTINCT ?NCBI ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseNameFromDisease; SEPARATOR = ",") AS ?diseaseNameSetFromDisease) WHERE{ {?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:mayCaused pdo:PDO_000122. ?blanknode pdo:mayCaused ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseNameFromDisease. } UNION { ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:isRelatedTo pdo:PDO_000122. ?blanknode pdo:isRelatedTo ?disease. ?disease rdfs:label ?diseaseNameFromDisease. } ?NCBI rdfs:label ?bacterialName. }} } OPTIONAL{ ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode. ?blanknode pdo:infectiousType ?opportunistic. } OPTIONAL{ ?NCBI pdo:isAssociatedTo ?blanknode3. ?blanknode3 pdo:strainType ?strainType. } } ORDER by ?bacterialName