BH12.12/TogoStanzaQuery

提供：TogoWiki

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(→Gene単位)
 
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===JBrowse===
===JBrowse===
====Gene単位====
====Gene単位====
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locus tagからTaxonomyIDを取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"
 +
<pre>
 +
DEFINE sql:select-option "order"
 +
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
 +
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
 +
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
 +
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SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?taxonomy),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_id
 +
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
 +
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
 +
WHERE
 +
{
 +
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
 +
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
 +
 +
  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
 +
    a ?gene_type ;
 +
    obo:so_part_of ?seq .
 +
  ?seq rdf:type ?seq_type ;
 +
    rdfs:seeAlso ?taxonomy .
 +
  ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
 +
}
 +
</pre>
表示範囲を取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"
表示範囲を取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"
<pre>
<pre>

2013年11月6日 (水) 02:04時点における最新版

目次

グラフ構成

このページのSPARQLは以下のグラフ構成で動作する。
TogoStanzaエンドポイントグラフ構成

Gene Report

Protein names

スタンザファイル名：protein_names 旧スタンザファイル名：protein_names_and_origin

JBrowse

Gene単位

locus tagからTaxonomyIDを取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473" 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?taxonomy),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_id
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }

  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq rdf:type ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?taxonomy .
  ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
}

表示範囲を取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473" 

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?refseq),"http://identifiers.org/refseq/","") AS ?seq_label ?start ?end ?seq_length
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
  VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

  #gene
  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .

  #position
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo faldo:begin/faldo:position ?start .
  ?faldo faldo:end/faldo:position ?end .

  #sequence
  ?seq rdfs:seeAlso ?refseq ;
    a ?seq_type ;
    insdc:sequence_length ?seq_length.
  ?refseq a idorg:RefSeq .
}

JBrowseで発行するクエリ 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT 
  ?start
  ?end 
  IF( ?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition,
      1,
      IF( ?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition,
          -1,
           0
        )
     ) as ?strand
   str(?obj_type_name) as ?type
   str(?label) as ?name
   str(?obj_name) as ?description
   ?obj as ?uniqueID
   ?parent as ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT DISTINCT ?obj ?start ?end ?faldo_type ?obj_type_name ?parent
    {
      VALUES ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition faldo:BothStrandsPosition }
      VALUES ?refseq_label { "{ref}" }

      ?seq insdc:sequence_version ?refseq_label .
      ?obj obo:so_part_of+ ?seq .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?obj faldo:location ?faldo .
      ?faldo faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?faldo faldo:end/faldo:position ?end .
      ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
      ?obj rdf:type ?obj_type .
      ?obj_type rdfs:label ?obj_type_name .
      ?obj obo:so_part_of ?parent . 
      FILTER ( ?obj_type = obo:SO_0000704 || ?parent != ?seq )
    }
  }
  optional { ?obj insdc:feature_locus_tag ?label . }
  optional { ?obj insdc:feature_product ?obj_name . }
}

Organism単位

CDS 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p ?seq_version FILTER (?seq_version = STR(REPLACE("{ref}","RefSeq:",""))) .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER (?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition)).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER (?uniqueID_type IN(obo:SO_0000704, obo:SO_0000316, obo:SO_0000147)).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID FILTER ( ?uniqueID_type = obo:SO_0000704 || ?parentUniqueID != ?seq_id ) . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_product ?description . }
}

tRNA,rRNA 252,253を入れ替える 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX taxo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX seqo:   <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p ?seq_version FILTER (?seq_version = STR(REPLACE("{ref}","RefSeq:",""))) .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER (?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition)).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER (?uniqueID_type = obo:SO_0000252).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:feature_product ?description . }
}

Genomic context

スタンザファイル名：genome_genomic_contex 旧スタンザファイル名：gene_view

元のクエリー 

prefix idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
prefix insdc:  <http://insdc.org/owl/>

select *
from <http://togogenome.org/graph/refseq/>
from <http://togogenome.org/graph/so/>
from <http://togogenome.org/graph/faldo/>
where {
  values ?locus_tag { "all1455" }  # param "slr0473"
  #values ?ncbi_taxid {"" }  # param "taxon:1148"
  values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 } # chromosome, plasmid
  values ?gene_type { obo:SO_0000316 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 } # CDS, rRNA, tRNA
  values ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
  values ?offset { 2000 }

  # gene
  ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag.
  ?gene a ?gene_type.

  # seq
  ?gene obo:so_part_of+ ?seq.
  ?seq a ?seq_type.

  # faldo
  ?gene faldo:location ?gene_loc.
  ?gene_loc faldo:begin/faldo:position ?gene_begin.
  ?gene_loc faldo:end/faldo:position ?gene_end.

  # taxonomy ncbi
  ?seq rdfs:seeAlso ?taxonomy .
  ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
  ?taxonomy rdfs:label ?ncbi_taxid .

  # objects around the gene
  ?obj obo:so_part_of+ ?seq .

  ?obj faldo:location ?faldo .
  ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
  ?faldo_type rdfs:label ?strand .
  ?faldo faldo:begin/faldo:position ?b .
  ?faldo faldo:end/faldo:position ?e .
  #bind ((xsd:integer(?gene_begin) - ?offset) as ?f)
  #bind ((xsd:integer(?gene_end) + ?offset) as ?t)
  #filter (!(?b > ?t || ?e < ?f))
  filter (!(?b > ?gene_end + ?offset || ?e < ?gene_begin - ?offset))

  ?obj rdf:type ?obj_type .
  ?obj_type rdfs:label ?obj_label .
  filter (?obj_type != obo:SO_0000704)  # gene
  optional {
    ?obj insdc:feature_locus_tag ?label .
  }
  optional {
    ?obj insdc:feature_product ?obj_name .
    #?obj insdc:feature_product|insdc:feature_gene ?obj_name .
  }
  #optional {
  #  ?obj rdfs:seeAlso ?obj_seealso .
  #}

  optional {
    ?obj obo:so_has_part/rdf:rest*/rdf:first ?part .
    ?part faldo:begin/faldo:position ?pb .
    ?part faldo:end/faldo:position ?pe .
  }
}
order by ?b

改良版クエリ
OPTIONALがボトルネックになっていた。DEFINE sql:select-option "order"が効いていないのか、?objを全トリプルから探している動きに見えた
OPTIONALの前のクエリを全てサブクエリにすることで、上からクエリ実行を強要した(つもり)
使用する項目　:obj, :label, :obj_label, :b, :e, :strand, :pb, :pe, :gene_begin, :offset, :gene_end 

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>

SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label ?label ?obj_name ?pb ?pe
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "all1455" }  # param "slr0473"
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 } # chromosome, plasmid
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000316 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 } # CDS, rRNA, tRNA
      VALUES ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
      VALUES ?offset { 2000 }

      # gene
      ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag.
      ?gene a ?gene_type.

      # seq
      ?gene obo:so_part_of+ ?seq.
      ?seq a ?seq_type.

      # faldo
      ?gene faldo:location ?gene_loc.
      ?gene_loc faldo:begin/faldo:position ?gene_begin.
      ?gene_loc faldo:end/faldo:position ?gene_end.

      # taxonomy ncbi
      ?seq rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?taxonomy a idorg:Taxonomy .
      ?taxonomy rdfs:label ?ncbi_taxid .

      # objects around the gene
      ?obj obo:so_part_of+ ?seq . 

      ?obj faldo:location ?faldo .
      ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
      ?faldo_type rdfs:label ?strand .
      ?faldo faldo:begin/faldo:position ?b .
      ?faldo faldo:end/faldo:position ?e .
      FILTER (!(?b > ?gene_end + ?offset || ?e < ?gene_begin - ?offset))

      ?obj rdf:type ?obj_type .
      ?obj_type rdfs:label ?obj_label .
      FILTER (?obj_type != obo:SO_0000704)  # gene
    }
  }
  OPTIONAL { ?obj insdc:feature_locus_tag ?label . }
  OPTIONAL { ?obj insdc:feature_product ?obj_name . }
  OPTIONAL
  {
    ?obj obo:so_has_part/rdf:rest*/rdf:first ?part .
    ?part faldo:begin/faldo:position ?pb .
    ?part faldo:end/faldo:position ?pe .
  }
} ORDER BY ?b

Gene attributes

スタンザファイル名：gene_attributes 旧スタンザファイル名：gene_attributes 

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
      PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
      PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
      PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

      SELECT distinct ?locus_tag ?gene_type_label ?gene_symbol ?seq_label ?seq_type_label
        REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:","") AS ?refseq_label ?organism ?taxid
        ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
        CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) AS ?seqence
      FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
      FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
      FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
      WHERE
      {
        values ?locus_tag { "slr0473" }
        values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
        values ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
        values ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

        ?gene insdc:feature_locus_tag ?locus_tag ;
          a ?gene_type ;
          obo:so_part_of ?seq .
        OPTIONAL { ?gene insdc:feature_gene ?gene_symbol. }
        ?gene_type rdfs:label ?gene_type_label .
        #sequence
        ?seq rdfs:label ?seq_label ;
          a ?seq_type ;
          rdfs:seeAlso ?refseq ;
          insdc:source_organism ?organism ;
          rdfs:seeAlso ?taxonomy .
        ?seq_type rdfs:label ?seq_type_label .
        ?refseq a idorg:RefSeq ;
          rdfs:label ?refseq_label .
        ?taxonomy a idorg:Taxonomy ;
          rdfs:label ?taxid .
        #faldo
        ?gene faldo:location ?faldo .
        ?faldo insdc:location ?insdc_location ;
          faldo:begin ?faldo_begin ;
          faldo:end ?faldo_end .
        ?faldo_begin faldo:position ?faldo_begin_position ;
          rdf:type ?faldo_stand_type .
        ?faldo_end faldo:position ?faldo_end_position .
        ?faldo_stand_type rdfs:label ?stand .
      }

改良版
Genomic contextと同様にOPTIONALを最後に追加して、それ以前のクエリを副問い合わせに変更。 

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label ?gene_symbol
  REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:","") AS ?refseq_label ?organism ?taxid
  ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) AS ?seqence
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
{
  {
    SELECT DISTINCT ?gene ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label 
      ?refseq_label ?organism ?taxid 
      ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "all1455" } #{ "all1455" } #{ "slr0473" }
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
      VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

      ?gene ?p ?locus_tag ;
        a ?gene_type ;
        obo:so_part_of ?seq .
      ?gene_type rdfs:label ?gene_type_label .

      #sequence
      ?seq rdfs:label ?seq_label ;
        a ?seq_type ;
        rdfs:seeAlso ?refseq ;
        insdc:source_organism ?organism ;
        rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?seq_type rdfs:label ?seq_type_label .
      ?refseq a idorg:RefSeq ;
        rdfs:label ?refseq_label .
      ?taxonomy a idorg:Taxonomy ;
        rdfs:label ?taxid .

      #faldo
      ?gene faldo:location ?faldo .
      ?faldo insdc:location ?insdc_location ;
        faldo:begin ?faldo_begin ;
        faldo:end ?faldo_end .
      ?faldo_begin faldo:position ?faldo_begin_position ;
        rdf:type ?faldo_stand_type .
      ?faldo_end faldo:position ?faldo_end_position .
      ?faldo_stand_type rdfs:label ?stand .
    }
  }
  OPTIONAL { ?gene insdc:feature_gene ?gene_symbol. }
}

Nucleotide sequence

スタンザファイル名：nucleotide_sequences 旧スタンザファイル名：nucleotide_sequences 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX insdc:  <http://insdc.org/owl/>

SELECT DISTINCT ?locus_tag
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", replace(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) as ?nuc_seq_pos
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  values ?locus_tag { "all1455" }
  values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  values ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }

  ?gene ?p ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq a ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?refseq .
  ?refseq a idorg:RefSeq ;
    rdfs:label ?refseq_label .
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo insdc:location ?insdc_location .
}

Protein attributes

スタンザファイル名：protein_attributes 旧スタンザファイル名：protein_attributes

Protein sequence

スタンザファイル名：protein_sequences 旧スタンザファイル名：protein_sequences

Protein general annotation

スタンザファイル名：protein_general_annotation 旧スタンザファイル名：protein_general_annotation

Protein ontologies

スタンザファイル名：protein_ontologies 旧スタンザファイル名：protein_ontologies

Protein sequence annotation

スタンザファイル名：protein_sequence_annotation 旧スタンザファイル名：protein_sequence_annotation

Pfam plot

スタンザファイル名：protein_pfam_plot 旧スタンザファイル名：pfam_plot

  • Genomeの情報を取得

Genomeの情報はGenome plotの3クエリをそのまま使用する クエリ

  • locusタグからUniprotのproteinIDを取得

これはスタンザフレームワークで関数化されており、#{uniprot_url_from_togogenome(gene_id)}で取得が可能クエリ

  • 指定されたProteinに含まれるPfam名一覧を取得
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX dct:   <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT DISTINCT  REPLACE(STR(?ref), "http://purl.uniprot.org/pfam/","") AS ?pfam_id
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?protein rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_487471.1> ;
     up:organism taxonomy:103690 .
  ?protein rdfs:seeAlso ?ref .
  ?ref up:database ?database .
  ?database up:abbreviation ?abbr
  FILTER (?abbr ='Pfam').
}


  • 生物種毎に指定したPfamIDの数と種類数を取得
DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX pfam: <http://purl.uniprot.org/pfam/>

SELECT
  REPLACE(STR(?tax), "http://purl.uniprot.org/taxonomy/", "http://identifiers.org/taxonomy/") AS ?tax_id
  (SUM(?hits) as ?num_pfam)
  (COUNT(DISTINCT(?prot_id)) AS ?num_pfam_protein)
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?prot_id rdfs:seeAlso pfam:PF00400 .
  ?prot_id up:organism ?tax .
  ?id rdf:subject ?prot_id .
  ?id rdf:object pfam:PF00400 .
  ?id up:hits ?hits .
} GROUP BY ?tax

Orthologs

スタンザファイル名： 旧スタンザファイル名：

  • locusタグからUniprotのproteinIDを取得

これはスタンザフレームワークで関数化されており、#{uniprot_url_from_togogenome(gene_id)}で取得が可能クエリ

  • UniProtIDを取得
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
SELECT DISTINCT ?upid
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/> 
WHERE
{
  ?upid up:organism taxonomy:103690 ;
    rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_485497.1> .
}


  • Proteinのオーソログリストを取得

※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる 

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>

SELECT ?protein
WHERE
{
  ?group a orth:OrthologGroup ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00457> ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot ?protein .
}

Protein references

スタンザファイル名：protein_references 旧スタンザファイル名：protein_references

Protein reaction fgc list

スタンザファイル名：protein_reaction_fgc_list

  • locus_tagからuniprotIDを取得

共通クエリ

  • uniprotIDからEC_numberを取得 
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?ec_name
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?protein up:organism  taxonomy:103690 ;
    rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_485497.1> ;
    up:recommendedName ?recommended_name_node .
  ?recommended_name_node up:ecName ?ec_name . 
}
  • EC_numberからReactionを取得

※このクエリはreactionontologyのエンドポイントへ投げる ※reactionのデータは整備中 

PREFIX piero: <http://reactionontology.org/ontology/piero#>
PREFIX entry: <http://www.kegg.jp/entry/>
SELECT ?fgc COUNT(?fgc) AS ?cnt
FROM <http://reactionontology>
WHERE {
  entry:1.18.6.1 piero:catalyzes ?reaction. 
  ?reaction piero:has_rclass ?rclass .
  ?rclass rdf:instanceOf ?fgc .
} GROUP BY ?fgc ORDER BY DESC (?cnt)

Organism Report

Organism names

スタンザファイル名：organism_names 旧スタンザファイル名：organism_name 

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?name_type ?name_type_label ?name
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  VALUES ?name_type
  {
    taxo:scientificName taxo:synonym taxo:preferredSynonym taxo:acronym taxo:preferredAcronym taxo:anamorph taxo:teleomorph
    taxo:misnomer taxo:commonName taxo:preferredCommonName taxo:inPart taxo:includes taxo:equivalentName taxo:genbankSynonym taxo:genbankCommonName taxo:authority taxo:misspelling
  }
  taxid:1148 ?name_type ?name .
  ?name_type rdfs:label ?name_type_label .
}

Genome information

スタンザファイル名：genome_information 旧スタンザファイル名：genome_information 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT  ?bioproject ?bioproject_id ?refseq_version ?desc ?replicon_type ?sequence_length
 count(?gene_locus_tag) as ?gene_cnt
 count(?trna_locus_tag) as ?trna_cnt
 count(?rrna_locus_tag) as ?rrna_cnt
 count(?other_locus_tag) as ?other_cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  ?seq rdfs:seeAlso idtax:1148 ;
    rdfs:label ?desc ;
    rdfs:seeAlso ?bioproject ;
    insdc:sequence_version ?refseq_version ;
    insdc:sequence_length ?sequence_length ;
    rdfs:seeAlso ?refseq_link ;
    a ?so FILTER (?so =  obo:SO_0000340 || ?so = obo:SO_0000155) .
  ?so rdfs:label ?replicon_type .
  ?bioproject a idorg:BioProject ;
    rdfs:label ?bioproject_id .
  ?refseq_link a idorg:RefSeq .
  {
    ?gene obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000704 ;
      insdc:feature_locus_tag ?gene_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?trna obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000253 ;
    insdc:feature_locus_tag ?trna_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?rrna obo:so_part_of ?seq ;
      a obo:SO_0000252 ;
      insdc:feature_locus_tag ?rrna_locus_tag .
  }
  UNION
  {
    ?other obo:so_part_of ?seq ;
      a ?obotype ;
      insdc:feature_locus_tag ?other_locus_tag
        FILTER (?obotype != obo:SO_0000704 && ?obotype != obo:SO_0000253 && ?obotype != obo:SO_0000252) .
  }
}

Ortholog profile

スタンザファイル名： 旧スタンザファイル名：

※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?group ?comment COUNT(?member) AS ?count
WHERE {
  ?tax rdfs:subClassOf+ taxon:562 .
  ?organism orth:taxon ?tax .
  ?member mbgd:organism ?organism .
  ?group orth:member ?member ;
    mbgd:description ?comment ;
    a orth:OrthologGroup .
} ORDER BY DESC (?count) limit 10

Taxonomic information

スタンザファイル名：lineage_information 旧スタンザファイル名：lineage_information

上位層 

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax), "http://identifiers.org/taxonomy/", "") AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank), "http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#", "") AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?o FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?search_tax rdfs:subClassOf ?tax OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step) .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  FILTER(?tax != taxid:1)
} ORDER BY DESC(?step)

下位層 

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank) ,"http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#" ,"" ) AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?tax rdfs:subClassOf ?search_tax .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Taxonomic linage

スタンザファイル名：taxonomy_linage 旧スタンザファイル名：taxonomy_tree 

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?tax ?parent ?tax_label ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  {
    ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
    ?search_tax rdfs:subClassOf* ?tax.
    ?tax rdfs:label ?tax_label .
    OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
    OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  }
  UNION
  {
    ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148) .
    ?tax rdfs:subClassOf ?search_tax .
    ?tax rdfs:label ?tax_label .
    OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
    OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  }
}

Culture collections

スタンザファイル名：organism_culture_collections 旧スタンザファイル名：brc_metadata
何を出力するかはT.B.D 


PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application 
  ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_links
  (sql:GROUP_DIGEST(?ref_link, ', ', 1000, 1)) AS ?ref_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 mccv:MCCV_000023}
      ?strain_id ?related_type  taxid:228599 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?typeStrain . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000014 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000015 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000016 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?taxid_a FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_a), "http://identifiers.org")) . ?taxid_a taxo:scientificName ?tax_label_a . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000022 ?taxid_b1 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b1), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b1 taxo:scientificName ?tax_label_b1 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000057 ?taxid_b2 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b2), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b2 taxo:scientificName ?tax_label_b2 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000023 ?taxid_c FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_c), "http://identifiers.org")) . ?taxid_c taxo:scientificName ?tax_label_c . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
  OPTIONAL 
  {
    ?strain_id dcterms:references/mccv:MCCV_000047 ?ref_id .
    ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_no .
    BIND (IF(STRSTARTS(?strain_no, "JCM"), CONCAT("http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_ref?REF=", ?ref_id), IF(STRSTARTS(?strain_no, "NBRC"), CONCAT("http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCReferenceDetailServlet?NO=", ?ref_id), "")) AS ?ref_link) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c

出力項目縮小版 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name 
  ?isolated_from ?history ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 mccv:MCCV_000023}
      ?strain_id ?related_type  taxid:228599 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?isolated_from ?history ?application

出力項目変更版 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name AS ?organism_name
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '|| ', 1000, 1)) AS ?env_links
  ?type_strain_label ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
      ?strain_id ?related_type  taxid:43687 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL 
  { 
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id . 
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label . 
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ":", ?meo_label) AS ?env ) 
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?type_strain . BIND (IF(?type_strain = 1, "yes","no") AS ?type_strain_label)}
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?type_strain_label ?isolation ?application

Medium

Taxonomyに対するMedium一覧を表示する（調査用） 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?tax_id ?label
 (sql:GROUP_DIGEST(?strain_number, ',', 1000, 1)) AS ?strain_numbers
 (sql:GROUP_DIGEST(?medium_id, ',', 1000, 1)) AS ?mediums
 COUNT(DISTINCT ?medium) AS ?cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id ?tax_id
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?tax_id FILTER (STRSTARTS(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/")).
    }
  }
  ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number .
  ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
  BIND (REPLACE(REPLACE(STR(?medium),"http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_grmd\\?GRMD=","JCM:"),"http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCMediumDetailServlet\\?NO=","NBRC:") AS ?medium_id)
  ?tax_id rdfs:label ?label
} GROUP BY ?tax_id ?label ORDER BY DESC 5

taxid「1351」のMedium情報
培地の基本情報を取得 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>

SELECT DISTINCT ?medium_id ?medium_type_label ?medium_name 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 <http://identifiers.org/taxonomy/1351>.
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000101 ?medium_id .
  ?medium gmo:GMO_000111 ?medium_type .
  ?medium_type rdfs:label ?medium_type_label .
  OPTIONAL { ?medium gmo:GMO_000102 ?medium_name }. 
}

medium classification

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>

SELECT ?medium ?classification ?class_label 
  (sql:GROUP_DIGEST(?ingredient_label , ',  ', 1000, 1)) AS ?ingredients
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 <http://identifiers.org/taxonomy/1351>.
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000104 ?ingredient .
  ?ingredient rdfs:subClassOf* ?classification .
  ?ingredient rdfs:label ?ingredient_label FILTER (lang(?ingredient_label) = "en") .
  ?classification rdfs:label ?class_label .
} GROUP BY ?medium ?classification ?class_label

Phenotype information

スタンザファイル名：organism_phyenotype 旧スタンザファイル名：phenotype_information 

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX idtax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?mpo ?phenotype (GROUP_CONCAT(?value; SEPARATOR = ", ") AS ?value)
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
WHERE
{
  idtax:383372 ?mpo ?o .
  ?mpo rdfs:label ?phenotype .
  FILTER (lang(?phenotype) = "en") .
  OPTIONAL
  {
    ?o rdfs:label ?o2 .
    FILTER (lang(?o2) = "en") .
  }
  BIND( IF(bound(?o2) ,?o2 , ?o) as ?value )
} GROUP BY ?mpo ?phenotype ORDER BY ?mpo

Organism habitat

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT DISTINCT ?linage_meo_id ?label ?parent_meo_id ?is_sampled_meo
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  {
    SELECT DISTINCT ?meo_id
    WHERE
    {
      VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id FILTER (?tax_id = <http://identifiers.org/taxonomy/103690>) .
      ?tax_id a idorg:Taxonomy .
      ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?tax_id .
      ?gold_id ?p_env ?meo_id .
    }
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf* ?linage_meo_id .
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:label ?label . }
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id .}
    BIND ( IF(?meo_id = ?linage_meo_id, "TRUE","FALSE") AS ?is_sampled_meo) .
  }
}

Genomic plot

スタンザファイル名：genome_plot 旧スタンザファイル名：taxonomy_plot

genomeサイズ + Organism Name + Phenotype 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX mpo:<http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg:<http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT
  ?tax ?organism_name ?bioProject ?genome_length 
  (sql:GROUP_DIGEST (?cell_shape_label, ', ', 1000, 1)) AS ?cell_shape_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?temp_range_label, ', ', 1000, 1)) AS ?temp_range_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?oxy_req_label, ', ', 1000, 1)) AS ?oxy_req_label
  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  {
    SELECT ?tax ?bioProject SUM(?seq_len) AS ?genome_length
    {
      ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
      rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )) .
      ?seq insdc:sequence_length ?seq_len ;
        rdfs:seeAlso ?bioProject .
      ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .
    } GROUP BY ?tax  ?bioProject
  }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10001/rdfs:label ?cell_shape_label  FILTER (lang(?cell_shape_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10003/rdfs:label ?temp_range_label  FILTER (lang(?temp_range_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10002/rdfs:label ?oxy_req_label FILTER (lang(?oxy_req_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10009 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10010 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10011 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10005 ?opt_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10006 ?min_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10007 ?max_ph . }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name
} GROUP BY ?tax ?organism_name ?genome_length ?bioProject  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph

環境名(第一階層のみを取得) 

PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>

SELECT ?tax (sql:GROUP_DIGEST (?label, ', ', 1000, 1)) as ?habitat
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax FILTER regex(?tax, "^http://identifiers.org/") .
  ?gold ?p_env ?meo .
  ?meo a owl:Class ;
    rdfs:subClassOf* ?parent .
    ?parent rdfs:label ?label .
  ?parent meo:MEO_0000442 "1" .
} GROUP BY ?tax

Gene,rRNA,tRNA数の取得
このクエリを発行する前に、集計結果トリプルを生成してインポートしておく必要がある。集計クエリ 

PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

SELECT ?tax ?project_id ?num_gene ?num_rrna ?num_trna
FROM <http://togogenome.org/graph/stats/>
WHERE
{
  ?tax togo:genome_stats ?blank .
  ?blank rdfs:seeAlso ?project_id .
  ?blank togo:gene_number ?num_gene .
  ?blank togo:rrna_number ?num_rrna .
  ?blank togo:trna_number ?num_trna .
}

Pathogen information

スタンザファイル名：organism_pathogen_information 旧スタンザファイル名：pathogen_info 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no
 ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ", ") AS ?diseaseNameSet) ?infectiousType ?strainType
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo_mapping/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?tax_id rdfs:subClassOf* taxid:1763 ;
    rdfs:label ?bacterialName ;
    pdo:isAssociatedTo ?blank .
  ?blank ?p ?disease FILTER (?p IN(pdo:mayCaused, pdo:isRelatedTo)) .
  ?disease rdfs:label ?diseaseName .
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:infectiousType ?infectiousType . }
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:strainType ?strainType . }
}

Organism cross references

スタンザファイル名：organism_cross_references 旧スタンザファイル名：taxonomy_cross_references 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?label ?link
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  {
    SELECT REPLACE(str(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=", "GOLD:" ) as ?label ?gold as ?link
    FROM <http://togogenome.org/gold/>
    WHERE
    {
      ?gold mccv:MCCV_000020 idtax:1148 .
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT DISTINCT ?label ?xref as ?link
    FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
    WHERE
    {
      values ?tax_id { idtax:1148 }
      values ?so { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id .
      ?seq a ?so .
      ?seq rdfs:seeAlso ?xref .
      ?xref rdfs:label ?label .
    } ORDER BY ?label
  }
}

Genome cross references

スタンザファイル名：genome_cross_references 旧スタンザファイル名：genome_cross_references

Environment Report

Environment attributes

スタンザファイル名：environment_attributes 旧スタンザファイル名： 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT
 REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/","") AS ?meo_no ?meo_label ?meo_definition AS ?description
 (sql:GROUP_DIGEST(?exact_synonym, ', ', 1000, 1)) AS ?exact_synonyms
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  meo:MEO_0000029 rdfs:label ?meo_label .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?meo_definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000776 ?exact_synonym . }
} GROUP BY ?meo_id ?meo_label ?meo_definition

Environmental linage

上位層 

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT REPLACE(STR(?meo), "http://purl.jp/bio/11/meo/", "") AS ?meo_no ?meo_label
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?search_meo rdfs:label ?o FILTER (?search_meo = meo:MEO_0000029 ) .
  ?search_meo rdfs:subClassOf ?meo OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step) .
  ?meo rdfs:label ?meo_label .
} ORDER BY DESC(?step)

下位層 

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT REPLACE(STR(?meo), "http://purl.jp/bio/11/meo/", "") AS ?meo_no ?meo_label
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?search_meo rdfs:label ?o FILTER (?search_meo = meo:MEO_0000029 ) .
  ?meo rdfs:subClassOf ?search_meo .
  ?meo rdfs:label ?meo_label .
}

Inhabitants statistics

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?type ?cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?gold) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?gold_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?gold_meo_id .
      BIND ("GOLD" AS ?type ). 
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?strain) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_strain_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?strain_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?strain ?meo_strain_mapping ?strain_meo_id . 
      BIND (IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.nbrc.nite.go.jp/"), "NBRC",IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.jcm.riken.go.jp/"),"JCM","")) AS ?type) .
    } GROUP BY ?type
  }
}

Inhabitants

GOLD samples 

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT 
 ?gold AS ?source_link 
 REPLACE(STR(?gold) ,"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=" ,"" ) AS ?source_id
 ?organism_name REPLACE(STR(?tax_id) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no "" AS ?isolation
 (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
  ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  OPTIONAL 
  {
    ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax_id . 
    ?tax_id taxo:scientificName ?organism_name
  }
} GROUP BY ?gold ?tax_id ?organism_name

Culture collections 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?strain_id AS ?source_link ?strain_number AS ?source_id ?strain_name AS ?organism_name
  (sql:GROUP_DIGEST(?tax_no, ', ', 1000, 1)) AS ?tax_no
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?related_type { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id .
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env )
  }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id ?related_type ?tax_id FILTER (STRSTARTS(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/")) .
    BIND (REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?isolation

Sampling places

スタンザファイル名：gold_sampling_places 旧スタンザファイル名： 

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/>

SELECT
  ?gold REPLACE(STR(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=","") AS ?gold_id
  ?gaz ?place_name ?latitude ?longitude
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gazetteer/>
{
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
  ?gold meo:MEO_0000437 ?meo_id .
  ?gold meo:MEO_0000438 ?gaz .
  ?gaz rdfs:label ?place_name .
  ?gaz msv:latitude ?latitude .
  ?gaz msv:longitude ?longitude .
}

Sample collections

スタンザファイル名：gold_sampling_collections 旧スタンザファイル名： 

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT 
 ?gold REPLACE(STR(?gold) ,"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=" ,"" ) AS ?gold_no
 ?organism_name REPLACE(STR(?tax_id) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no
 (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
  ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  OPTIONAL 
  {
    ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax_id . 
    ?tax_id taxo:scientificName ?organism_name
  }
} GROUP BY ?gold ?tax_id ?organism_name

Taxonomic composition

スタンザファイル名：gold_taxonomic_composition 旧スタンザファイル名： 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?tax ?organism_name ?parent ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?tax
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
      ?gold mccv:MCCV_000020 ?hit_tax FILTER (STRSTARTS(STR(?hit_tax), "http://identifiers.org/taxonomy" )) .
      ?hit_tax rdfs:subClassOf* ?tax .
    } GROUP BY ?tax
  }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name .
  OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Culture collections

スタンザファイル名：environment_culture_collections 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application
  ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_links
  (sql:GROUP_DIGEST(?ref_link, ', ', 1000, 1)) AS ?ref_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://microbedb.jp/meo/>
WHERE
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?typeStrain . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolated_from . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000014 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000015 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000016 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000027 ?history . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000056 ?taxid_a FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_a), "http://identifiers.org")) . ?taxid_a taxo:scientificName ?tax_label_a . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000022 ?taxid_b1 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b1), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b1 taxo:scientificName ?tax_label_b1 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000057 ?taxid_b2 FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_b2), "http://identifiers.org")) . ?taxid_b2 taxo:scientificName ?tax_label_b2 . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000023 ?taxid_c FILTER (STRSTARTS(STR(?taxid_c), "http://identifiers.org")) . ?taxid_c taxo:scientificName ?tax_label_c . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id dcterms:references/mccv:MCCV_000047 ?ref_id .
    ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_no .
    BIND (IF(STRSTARTS(?strain_no, "JCM"), CONCAT("http://www.jcm.riken.go.jp/cgi-bin/jcm/jcm_ref?REF=", ?ref_id), IF(STRSTARTS(?strain_no, "NBRC"), CONCAT("http://www.nbrc.nite.go.jp/NBRC2/NBRCReferenceDetailServlet?NO=", ?ref_id), "")) AS ?ref_link) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?typeStrain ?isolated_from ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?history ?application ?taxid_a ?tax_label_a ?taxid_b1 ?tax_label_b1 ?taxid_b2 ?tax_label_b2 ?taxid_c ?tax_label_c

項目縮小版 

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX dcterms: <http://purl.org/dc/terms/>
PREFIX dc: <http://purl.org/dc/elements/1.1/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name AS ?organism_name
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '|| ', 1000, 1)) AS ?env_links
  ?type_strain_label ?application 
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/> 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE 
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL 
  { 
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id . 
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label . 
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?type_strain . BIND (IF(?type_strain = 1, "yes","no") AS ?type_strain_label)}
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?type_strain_label ?isolation ?application

Environment ontology

スタンザファイル名：environment_ontology 

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?meo_id ?label ?definition ?parent
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?meo_id a owl:Class .
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:label ?label . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent . }
}

共通クエリ

uniprot_url_from_togogenome(gene_id)

RefSeqのLocusTagからUniProtのProteinID(refseq)を返すクエリ。 

PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX dct:   <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT DISTINCT ?up
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  ?s insdc:feature_locus_tag "alr3431" .
  ?s rdfs:seeAlso ?np .
  ?s rdfs:seeAlso ?xref .
  ?np rdf:type idorg:Protein .
  BIND (STRAFTER(STR(?np), "ncbiprotein/") AS ?npid)
  BIND (IRI(CONCAT("http://purl.uniprot.org/refseq/", ?npid)) AS ?up)
}

計算用クエリ

Genomic plot用集計結果

Genomic plot, Pfam plotで表示する、各ゲノムのgene, trna, rrna数の集計クエリは遅いため、予め集計した数値をトリプルとして持って置く

Taxonomy,BioProjectリスト取得

Taxonomy及びBioProjectのリストを取得。ひとつのTaonomyに複数のBioProjectが紐づいているケースもあるため、2つをグルーピングのキーにする。 

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg:<http://rdf.identifiers.org/database/>

SELECT DISTINCT ?tax ?bioProject
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .
}

Gene数集計取得

taxonomy"1148", bioproject"57659"の集計結果を出力するクエリ 

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
  FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
  WHERE
  {
    ?seq rdfs:seeAlso ?tax FILTER (?tax = <http://identifiers.org/taxonomy/1148>) .
    ?seq rdf:type ?obo_type FILTER (?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
    ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject FILTER (?bioProject = <http://identifiers.org/bioproject/57659>).
    { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
    UNION
    { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
    UNION
    { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
  }
}

一括でGene数集計取得

  • virtuoso.iniの設定変更

生成するttlが10000行を超えると結果が途中で切れてしまうため、virtuoso.iniで以下の値を設定する。現在(RefSeq v60)では13000件程度の結果。 

ResultSetMaxRows                = 20000


  • CONSTRUCT文の作成

genome_gene_number_stats.rq 

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
 SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
 FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
 WHERE
 {
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .  
  { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
  UNION
  { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
  UNION
  { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
 } GROUP BY ?tax ?bioProject
}
;

検索がタイムアウトしないようであれば、下のCONSTRUCT文をそのままエンドポイントに投げても良い。その場合は冒頭"SPARQL"と最後のセミコロンを削除する

  • isqlでクエリ実行&ttl生成

isqlで実行する(ポートとユーザ・パスワードは適宜読み替える) 

$isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < genome_gene_number_stats.rq > genome_gene_number_stats.ttl
「/mw/BH12.12/TogoStanzaQuery」より作成