BH12.12/TogoStanzaQuery/v201310

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目次 1 グラフ構成 2 Gene Report 2.1 Protein names 2.2 JBrowse 2.2.1 Gene単位 2.2.2 Organism単位 2.3 Genomic context 2.4 Gene attributes 2.5 Nucleotide sequence 2.6 Protein attributes 2.7 Protein sequence 2.8 Protein general annotation 2.9 Protein ontologies 2.10 Protein sequence annotation 2.11 Pfam plot 2.12 Orthologs 2.13 Protein references 2.14 Protein cross references 2.15 Protein reaction fgc list 3 Organism Report 3.1 Organism names 3.2 Genome information 3.3 Ortholog profile 3.4 Taxonomic information 3.5 Culture collections 3.6 Medium 3.6.1 medium classification 3.7 Phenotype information 3.8 Organism habitat 3.9 Genomic plot 3.10 Pathogen information 3.11 Organism cross references 3.12 Genome cross references 4 Environment Report 4.1 Environment attributes 4.2 Inhabitants statistics 4.3 Inhabitants 4.4 Sampling places 4.5 Taxonomic composition 4.6 Environment ontology 5 共通クエリ 5.1 uniprot_id_from_togogenome(gene_id) 6 計算用クエリ 6.1 Genomic plot用集計結果 6.1.1 Taxonomy,BioProjectリスト取得 6.1.2 Gene数集計取得 6.1.3 一括でGene数集計取得 6.2 Facet検索用リーズニンング 6.2.1 GO2Uniprot 6.2.2 MEO hierarchy 6.2.3 MPO hierarchy 7 その他 7.1 GGGenome用クエリ 7.2 ErrorSparqlSamples 7.2.1 Environment: hydrosphere, Taxonomy: Bacteria, BiologicalProcess: cell killing 7.2.2 Environment: hydrosphere, CellularComponent: cell part, Phenotype: Motility 7.2.3 BiologicalProcess: cell killing, MolecularFunction: binding, CellularComponent: cell part, Phenotype: Motility

グラフ構成

このページのSPARQLは以下のグラフ構成で動作する。
TogoStanzaエンドポイントグラフ構成

Gene Report

Protein names

スタンザファイル名：protein_names

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?gene_name ?synonyms_name ?locus_name ?orf_name
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
   ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
   ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> .

  # Gene names
  ?protein up:encodedBy ?gene .

  ## Name:
  OPTIONAL { ?gene skos:prefLabel ?gene_name . }

  ## Synonyms:
  OPTIONAL { ?gene skos:altLabel ?synonyms_name . }

  ## Ordered Locus Names:
  OPTIONAL { ?gene up:locusName ?locus_name . }

  ## ORF Names:
  OPTIONAL { ?gene up:orfName ?orf_name . }
}

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?recommended_name ?ec_name ?alternative_names ?organism_name ?parent_taxonomy_names
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
   ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
   ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
     up:organism ?tax_id .

  # Protein names
  ## Recommended name:
  OPTIONAL {
    ?protein up:recommendedName ?recommended_name_node .
    ?recommended_name_node up:fullName ?recommended_name .
  }

  ### EC=
  OPTIONAL { ?recommended_name_node up:ecName ?ec_name . }

  OPTIONAL {
    ?protein up:alternativeName ?alternative_names_node .
    ?alternative_names_node up:fullName ?alternative_names .
  }

  # Organism
  OPTIONAL { ?tax_id up:scientificName ?organism_name . }

  # Taxonomic identifier

  # Taxonomic lineage
  OPTIONAL {
    ?tax_id rdfs:subClassOf* ?parent_taxonomy .
    ?parent_taxonomy up:scientificName ?parent_taxonomy_names .
  }
}

JBrowse

Gene単位

locus tagからTaxonomyIDを取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?taxonomy),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_id
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }

  ?gene insdc:locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq rdf:type ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?taxonomy .
  ?taxonomy a <http://identifiers.org/taxonomy/> .
}

表示範囲を取得するクエリ。引数gene_id:"slr0473"

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?refseq),"http://identifiers.org/refseq/","") AS ?seq_label ?start ?end ?seq_length
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
  VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }

  #gene
  ?gene insdc:locus_tag ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .

  #position
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo faldo:begin/faldo:position ?start .
  ?faldo faldo:end/faldo:position ?end .

  #sequence
  ?seq rdfs:seeAlso ?refseq ;
    a ?seq_type ;
   insdc:sequence_length ?seq_length.
  ?refseq a <http://identifiers.org/refseq/> .
}

JBrowseで発行するクエリはOrganismと同一

Organism単位

表示範囲の取得
最もlengthの長いsequenceを選択する

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX ddbj: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT ?version ?length
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }

  ?seq rdfs:seeAlso taxid:1148 ;
    rdf:type ?seq_type ;
    ddbj:sequence_length ?length ;
    ddbj:sequence_version ?version .
} ORDER BY DESC(?length) LIMIT 1

CDS
引数例：ref="NC_000911.1", start = 2784787, end = 2816352

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p "{ref}" .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER ( ?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition) ).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER ( ?uniqueID_type IN( obo:SO_0000316, obo:SO_0000147) ).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID FILTER ( ?parentUniqueID != ?seq_id ) . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:product ?description . }
}

tRNA,rRNA 252,253を入れ替える
引数例：ref="NC_000911.1", start = 1, end = 10000000

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT ?start ?end ?strand ?type ?name ?description ?uniqueID ?parentUniqueID
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?start ?end ?strand ?type ?uniqueID ?parentUniqueID 
    WHERE
    {
      ?seq_id ?p "{ref}" .
      ?uniqueID obo:so_part_of+ ?seq_id .
      FILTER ( !(?start > {end} || ?end < {start}) )
      ?uniqueID faldo:location ?loc .
      ?loc faldo:begin/faldo:position ?start .
      ?loc faldo:end/faldo:position ?end .
      ?loc faldo:begin/rdf:type ?faldo_type FILTER ( ?faldo_type IN (faldo:ForwardStrandPosition, faldo:ReverseStrandPosition, faldo:BothStrandsPosition) ).
      BIND ( if(?faldo_type = faldo:ForwardStrandPosition, 1, if(?faldo_type = faldo:ReverseStrandPosition, -1, 0)) as ?strand )

      ?uniqueID rdf:type ?uniqueID_type FILTER ( ?uniqueID_type = obo:SO_0000253 ).
      ?uniqueID_type rdfs:label ?uniqueID_type_label .
      BIND ( str(?uniqueID_type_label) as ?type ) .
      ?uniqueID obo:so_part_of ?parentUniqueID  . 
    }
  }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:locus_tag ?name . }
  OPTIONAL { ?uniqueID insdc:product ?description . }
}

Genomic context

スタンザファイル名：genome_genomic_contex

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX rdf:    <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs:   <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX xsd:    <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#>
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label ?label ?obj_name ?pb ?pe
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?gene ?gene_type ?seq ?seq_type ?gene_loc ?gene_begin ?gene_end ?ncbi_taxid ?obj ?b ?e ?strand ?obj_label
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "slr0473" }
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 } # chromosome, plasmid
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000316 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 } # CDS, rRNA, tRNA
      VALUES ?faldo_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
      VALUES ?offset { 2000 }

      # gene
      ?gene insdc:locus_tag ?locus_tag.
      ?gene a ?gene_type.

      # seq
      ?gene obo:so_part_of+ ?seq.
      ?seq a ?seq_type.

      # faldo
      ?gene faldo:location ?gene_loc.
      ?gene_loc faldo:begin/faldo:position ?gene_begin.
      ?gene_loc faldo:end/faldo:position ?gene_end.

      # taxonomy ncbi
      ?seq rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?taxonomy a <http://identifiers.org/taxonomy/> .
      ?taxonomy rdfs:label ?ncbi_taxid .

      # objects around the gene
      ?obj obo:so_part_of+ ?seq . 

      ?obj faldo:location ?faldo .
      ?faldo faldo:begin/rdf:type ?faldo_type .
      ?faldo_type rdfs:label ?strand .
      ?faldo faldo:begin/faldo:position ?b .
      ?faldo faldo:end/faldo:position ?e .
      FILTER (!(?b > ?gene_end + ?offset || ?e < ?gene_begin - ?offset))

      ?obj rdf:type ?obj_type .
      ?obj_type rdfs:label ?obj_label .
      FILTER (?obj_type != obo:SO_0000704)  # gene
    }
  }
  OPTIONAL { ?obj insdc:locus_tag ?label . }
  OPTIONAL { ?obj insdc:product ?obj_name . }
  OPTIONAL
  {
    ?obj obo:so_has_part/rdf:rest*/rdf:first ?part .
    ?part faldo:begin/faldo:position ?pb .
    ?part faldo:end/faldo:position ?pe .
  }
} ORDER BY ?b

Gene attributes

スタンザファイル名：gene_attributes

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label ?gene_symbol
  REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:","") AS ?refseq_label ?organism ?taxid
  ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", REPLACE(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) AS ?seqence
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/faldo/>
{
  {
    SELECT DISTINCT ?gene ?locus_tag ?gene_type_label ?seq_label ?seq_type_label
      ?refseq_label ?organism ?taxid
      ?faldo_begin_position ?faldo_end_position ?stand ?insdc_location
    WHERE
    {
      VALUES ?locus_tag { "all1455" }
      VALUES ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      VALUES ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }
      VALUES ?faldo_stand_type { faldo:ForwardStrandPosition faldo:ReverseStrandPosition }
 
      ?gene ?p ?locus_tag ;
        a ?gene_type ;
        obo:so_part_of ?seq .
      ?gene_type rdfs:label ?gene_type_label .

      #sequence
      ?seq rdfs:label ?seq_label ;
        a ?seq_type ;
        rdfs:seeAlso ?refseq ;
        insdc:organism ?organism ;
        rdfs:seeAlso ?taxonomy .
      ?seq_type rdfs:label ?seq_type_label .
      ?refseq a <http://identifiers.org/refseq/> ;
        rdfs:label ?refseq_label .
      ?taxonomy a <http://identifiers.org/taxonomy/> ;
        rdfs:label ?taxid .
 
      #faldo
      ?gene faldo:location ?faldo .
      ?faldo insdc:location ?insdc_location ;
        faldo:begin ?faldo_begin ;
        faldo:end ?faldo_end .
      ?faldo_begin faldo:position ?faldo_begin_position ;
        rdf:type ?faldo_stand_type .
      ?faldo_end faldo:position ?faldo_end_position .
      ?faldo_stand_type rdfs:label ?stand .
    }
  }
  OPTIONAL { ?gene insdc:gene ?gene_symbol. }
}

Nucleotide sequence

スタンザファイル名：nucleotide_sequences

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo:    <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX faldo:  <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>

SELECT DISTINCT ?locus_tag
  CONCAT("http://togows.dbcls.jp/entry/nucleotide/", replace(?refseq_label,"RefSeq:",""),"/seq/", ?insdc_location) as ?nuc_seq_pos
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
WHERE
{
  values ?locus_tag {  "all1455" }
  values ?seq_type  { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  values ?gene_type { obo:SO_0000704 obo:SO_0000252 obo:SO_0000253 }

  ?gene ?p ?locus_tag ;
    a ?gene_type ;
    obo:so_part_of ?seq .
  ?seq a ?seq_type ;
    rdfs:seeAlso ?refseq .
  ?refseq a <http://identifiers.org/refseq/> ;
    rdfs:label ?refseq_label .
  ?gene faldo:location ?faldo .
  ?faldo insdc:location ?insdc_location .
}

Protein attributes

スタンザファイル名：protein_attributes

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?sequence ?fragment ?precursor ?existence_label
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
   ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
   ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
      up:sequence ?seq .

  # Sequence
  OPTIONAL {
    ?seq rdf:value ?sequence .
  }

  # Sequence status
  OPTIONAL {
    ?seq up:fragment ?fragment .
  }

  # Sequence processing
  OPTIONAL {
    ?seq up:precursor ?precursor .
  }

  # Protein existence
  OPTIONAL {
    ?protein up:existence ?existence .
    ?existence rdfs:label ?existence_label .
  }
}

Protein sequence

スタンザファイル名：protein_sequences

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?protein ?value ?mass ?modified ?version ?checksum
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    up:sequence ?seq .
  ?seq rdf:value ?value ;
       up:mass ?mass ;
       up:modified ?modified ;
       up:version ?version ;
       up:crc64Checksum ?checksum .
}

Protein general annotation

スタンザファイル名：protein_general_annotation

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?name ?message
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    up:annotation ?annotation .

  ?annotation rdf:type up:Annotation .

  # name, message の取得
  BIND(STR('Miscellaneous') AS ?name) .
  ?annotation rdfs:comment ?message .
}

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?name ?message
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    up:annotation ?annotation .

  ?type rdfs:subClassOf up:Annotation .
  ?annotation rdf:type up:Subcellular_Location_Annotation .

  # name, message の取得
  up:Subcellular_Location_Annotation rdfs:label ?name .
  ?annotation up:locatedIn ?located_in .
  ?located_in ?p ?location .
  ?location up:alias ?message .
}

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?name ?message
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    up:annotation ?annotation .

  ?annotation rdf:type ?type .
  ?type rdfs:subClassOf up:Annotation .
  FILTER (?type != up:Subcellular_Location_Annotation)

  # name, message の取得
  ?type rdfs:label ?name .
  ?annotation rdfs:comment ?message .
}

Protein ontologies

スタンザファイル名：protein_ontologies

DEFINE sql:select-option "order" 
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>

SELECT ?root_name ?concept (GROUP_CONCAT(?name, ', ') AS ?names) {
  SELECT DISTINCT ?root_name ?concept ?name
  FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
  FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
  WHERE {
    <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
    ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
    ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
      ?p2 ?concept .
    ?concept rdf:type up:Concept .
    FILTER regex(str(?concept), 'keywords') .

    ?concept ?label ?name FILTER (?label = skos:prefLabel || ?label = skos:altLabel).
    ?concept rdfs:subClassOf* ?parents .
    ?parents skos:prefLabel ?root_name .
    FILTER (str(?root_name) IN ('Biological process', 'Cellular component', 'Domain', 'Ligand', 'Molecular function', 'Technical term')) .
  }
  GROUP BY ?root_name ?concept
  ORDER BY ?root_name ?concept ?name
}

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?concept
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    ?p_consept ?concept .
  ?concept rdf:type up:Concept .
  FILTER regex(str(?concept), 'go') .
}

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT DISTINCT ?name ?root_name ?obo_go_uri
FROM <http://togogenome.org/graph/go/>
WHERE {
  ?obo_go_uri rdfs:label ?name .
  # comment は無い?
  # cf) http://lod.dbcls.jp/openrdf-workbench5l/repositories/go/explore?resource=obo%3AGO_0009635
  #?obo_go_uri rdfs:comment ?comment .

  ?obo_go_uri rdfs:subClassOf* ?parents .
  ?parents rdfs:label ?root_name .
  FILTER (str(?root_name) IN ('biological_process', 'cellular_component', 'molecular_function')) .
  FILTER (?obo_go_uri in (<http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0005524>, <http://purl.obolibrary.org/obo/GO_0016163>)) .
}

Protein sequence annotation

スタンザファイル名：protein_sequence_annotation

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?parent_label ?label ?begin_location ?end_location ?seq_length ?comment (GROUP_CONCAT(?substitution, ", ") AS ?substitutions) ?seq ?feature_identifier
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
           up:annotation ?annotation .

  ?annotation rdf:type ?type .
  ?type rdfs:label ?label .

  # sequence annotation 直下のtype のラベルを取得(Region, Site, Molecule Processing, Experimental Information)
  ?type rdfs:subClassOf* ?parent_type .
  ?parent_type rdfs:subClassOf up:Sequence_Annotation ;
               rdfs:label ?parent_label .

  ?annotation up:range ?range .
  OPTIONAL { ?annotation rdfs:comment ?comment . }
  ?range up:begin ?begin_location ;
         up:end ?end_location .

  # description の一部が取得できるが、内容の表示に必要があるのか
  OPTIONAL{
    ?annotation up:substitution ?substitution .
    ?protein up:sequence/rdf:value ?seq .
  }

  # sequence の長さ取得用
  OPTIONAL{
    ?protein up:sequence/rdf:value ?seq_txt .
    BIND (STRLEN(?seq_txt) AS ?seq_length) .
  }

  OPTIONAL {
    ?annotation rdf:type ?type . # Virtuoso 対応
    BIND (STR(?annotation) AS ?feature_identifier) .
    FILTER REGEX(STR(?annotation), 'http://purl.uniprot.org/annotation')
  }
}
GROUP BY ?parent_label ?label ?begin_location ?end_location ?seq_length ?comment ?seq ?feature_identifier
ORDER BY ?parent_label ?label ?begin_location ?end_location

Pfam plot

スタンザファイル名：protein_pfam_plot 旧スタンザファイル名：pfam_plot

• Genomeの情報を取得
  

Genomeの情報はGenome plotの3クエリをそのまま使用する クエリ

• 指定されたProteinに含まれるPfam名一覧を取得
  

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX dct:   <http://purl.org/dc/terms/>

SELECT DISTINCT REPLACE(STR(?ref), "http://purl.uniprot.org/pfam/","") AS ?pfam_id
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
 <http://togogenome.org/gene/103690:alr3431> ?p ?id_upid .
 ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
 ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> .
 ?protein rdfs:seeAlso ?ref .
 ?ref up:database ?database .
 ?database up:abbreviation ?abbr
 FILTER (?abbr ='Pfam').
}

• 生物種毎に指定したPfamIDの数と種類数を取得
  

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX tax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>
PREFIX pfam: <http://purl.uniprot.org/pfam/>

SELECT
  REPLACE(STR(?tax), "http://purl.uniprot.org/taxonomy/", "http://identifiers.org/taxonomy/") AS ?tax_id
  (SUM(?hits) as ?num_pfam)
  (COUNT(DISTINCT(?prot_id)) AS ?num_pfam_protein)
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?prot_id rdfs:seeAlso pfam:PF00400 .
  ?prot_id up:organism ?tax .
  ?id rdf:subject ?prot_id .
  ?id rdf:object pfam:PF00400 .
  ?id up:hits ?hits .
} GROUP BY ?tax

Orthologs

スタンザファイル名：protein_orthologs

• UniProtIDを取得
  

SELECT REPLACE(STR(?id_upid),"http://identifiers.org/uniprot/","http://purl.uniprot.org/uniprot/") AS ?upid
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE
{
 <http://togogenome.org/gene/103690:alr3431> ?p ?id_upid .
 ?id_upid a <http://identifiers.org/uniprot/> .
}

• Proteinのオーソログリストを取得
  

※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>

SELECT ?protein
WHERE
{
  ?group a orth:OrthologGroup ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot <http://purl.uniprot.org/uniprot/P00457> ;
    orth:member/mbgd:gene/mbgd:uniprot ?protein .
}

Protein references

スタンザファイル名：protein_references

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up:   <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?pmid ?title (GROUP_CONCAT(?author, ", ") AS ?authors) ?date ?name ?pages ?volume ?same
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    up:citation     ?citation .
  ?citation skos:exactMatch ?pmid .
  FILTER    REGEX (STR(?pmid), "pubmed") .

  ?citation up:title   ?title ;
            up:author  ?author ;
            up:date    ?date ;
            up:name    ?name ;
            up:pages   ?pages ;
            up:volume  ?volume ;
            owl:sameAs ?same .
}
GROUP BY ?pmid ?title ?date ?name ?pages ?volume ?same
ORDER BY ?date

Protein cross references

スタンザファイル名：protein_cross_references

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?protein ?category ?abbr ?ref ?url_template
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE {
  <http://togogenome.org/gene/103690:all1455> ?p ?id_upid .
  ?id_upid rdfs:seeAlso ?protein .
  ?protein a <http://purl.uniprot.org/core/Protein> ;
    rdfs:seeAlso    ?ref .
  ?ref      up:database     ?database .
  ?database up:category     ?category ;
            up:abbreviation ?abbr ;
            up:UrlTemplate  ?url_template .
}

Protein reaction fgc list

スタンザファイル名：protein_reaction_fgc_list

• locus_tagからuniprotIDを取得

共通クエリ

• uniprotIDからEC_numberを取得

PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxonomy: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?ec_name
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
WHERE
{
  ?protein up:organism  taxonomy:103690 ;
    rdfs:seeAlso <http://purl.uniprot.org/refseq/NP_485497.1> ;
    up:recommendedName ?recommended_name_node .
  ?recommended_name_node up:ecName ?ec_name . 
}

• EC_numberからReactionを取得
  

※このクエリはreactionontologyのエンドポイントへ投げる ※reactionのデータは整備中

PREFIX piero: <http://reactionontology.org/ontology/piero#>
PREFIX entry: <http://www.kegg.jp/entry/>
SELECT ?fgc COUNT(?fgc) AS ?cnt
FROM <http://reactionontology>
WHERE {
  entry:1.18.6.1 piero:catalyzes ?reaction. 
  ?reaction piero:has_rclass ?rclass .
  ?rclass rdf:instanceOf ?fgc .
} GROUP BY ?fgc ORDER BY DESC (?cnt)

Organism Report

Organism names

スタンザファイル名：organism_names

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?name_type ?name_type_label ?name
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  VALUES ?name_type
  {
    taxo:scientificName taxo:synonym taxo:preferredSynonym taxo:acronym taxo:preferredAcronym taxo:anamorph taxo:teleomorph
    taxo:misnomer taxo:commonName taxo:preferredCommonName taxo:inPart taxo:includes taxo:equivalentName taxo:genbankSynonym taxo:genbankCommonName taxo:authority taxo:misspelling
  }
  taxid:1148 ?name_type ?name .
  ?name_type rdfs:label ?name_type_label .
}

Genome information

スタンザファイル名：genome_information
※クエリはこれでよいはずだが、速度が出ない

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX insdc: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

SELECT ?bioproject ?bioproject_id ?refseq_version ?refseq_link ?desc ?replicon_type ?sequence_length
 ?gene_cnt ?trna_cnt ?rrna_cnt ?other_cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/stats/>
WHERE
{
  ?seq rdfs:seeAlso idtax:1148 ;
    rdfs:label ?desc ;
    rdfs:seeAlso ?bioproject ;
    insdc:sequence_version ?refseq_version ;
    insdc:sequence_length ?sequence_length ;
    rdfs:seeAlso ?refseq_link ;
    a ?so FILTER (?so =  obo:SO_0000340 || ?so = obo:SO_0000155) .
  ?so rdfs:label ?replicon_type .
  ?bioproject a <http://identifiers.org/bioproject/> ;
    rdfs:label ?bioproject_id .
  ?refseq_link a <http://identifiers.org/refseq/> ;
    togo:gene ?gene_cnt ;
    togo:rrna ?rrna_cnt ;
    togo:trna ?trna_cnt ;
    togo:other ?other_cnt .
}

Ortholog profile

スタンザファイル名：taxonomy_ortholog_profile
※このクエリはmbgdのエンドポイントへ投げる

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX mbgd: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/mbgd.owl#>
PREFIX orth: <http://mbgd.genome.ad.jp/owl/ortholog.owl#>
PREFIX uniprot: <http://purl.uniprot.org/uniprot/>
PREFIX uniprotCore: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX taxon: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?group ?comment COUNT(?member) AS ?count
WHERE {
  ?tax rdfs:subClassOf+ taxon:562 .
  ?organism orth:taxon ?tax .
  ?member mbgd:organism ?organism .
  ?group orth:member ?member ;
    mbgd:description ?comment ;
    a orth:OrthologGroup .
} ORDER BY DESC (?count) limit 10

Taxonomic information

スタンザファイル名：lineage_information

上位層

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax), "http://identifiers.org/taxonomy/", "") AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank), "http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#", "") AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?o FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?search_tax rdfs:subClassOf ?tax OPTION (transitive, t_direction 1, t_min(0), t_step("step_no") as ?step) .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
  FILTER(?tax != taxid:1)
} ORDER BY DESC(?step)

下位層

PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT
 REPLACE(STR(?tax) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no
 ?tax AS ?tax_link
 ?tax_label
 REPLACE(STR(?rank) ,"http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#" ,"" ) AS ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  ?search_tax rdfs:label ?label FILTER (?search_tax = taxid:1148 ) .
  ?tax rdfs:subClassOf ?search_tax .
  ?tax rdfs:label ?tax_label .
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Culture collections

スタンザファイル名：organism_culture_collections

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?strain_id ?strain_number ?strain_name AS ?organism_name
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
  ?type_strain_label ?application
  (sql:GROUP_DIGEST(?other_link, ', ', 1000, 1)) AS ?other_collections
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?related_type  { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
      ?strain_id ?related_type  taxid:43687 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id .
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ":", ?meo_label) AS ?env )
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000017 ?type_strain . BIND (IF(?type_strain = 1, "Yes","No") AS ?type_strain_label)}
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000033 ?application . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000024/mccv:MCCV_000026 ?other_link . }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?type_strain_label ?isolation ?application

Medium

スタンザファイル名：organism_medium_information taxid「1351」のMedium情報
培地の基本情報を取得

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?medium_id ?medium_type_label ?medium_name 
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 taxid:1351 .
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium . 
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000101 ?medium_id .
  ?medium gmo:GMO_000111 ?medium_type .
  ?medium_type rdfs:label ?medium_type_label_general .
  OPTIONAL { ?medium_type rdfs:label ?medium_type_label_en FILTER (lang(?medium_type_label_en) = "en") }
  BIND (COALESCE(?medium_type_label_en, ?medium_type_label_general) AS ?medium_type_label)
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/brc/> { OPTIONAL { ?medium gmo:GMO_000102 ?medium_name } } . 
}

medium classification

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX gmo: <http://purl.jp/bio/11/gmo#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?medium_id ?classification STR(?class_label) AS ?class_label
  (sql:GROUP_DIGEST(?ingredient_label , ',  ', 1000, 1)) AS ?ingredients
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gmo/>
WHERE
{
  VALUES ?classification { gmo:GMO_000015 gmo:GMO_000016 gmo:GMO_000008 gmo:GMO_000009 }
  { SELECT DISTINCT ?medium
    {
      ?strain_id mccv:MCCV_000056 taxid:1351 .
      ?strain_id mccv:MCCV_000018 ?medium .
    }
  }
  ?medium gmo:GMO_000101 ?medium_id .
  ?medium gmo:GMO_000104 ?ingredient .
  ?ingredient rdfs:subClassOf* ?classification .
  ?ingredient rdfs:label ?ingredient_label FILTER (lang(?ingredient_label) = "en") .
  ?classification rdfs:label ?class_label .
} GROUP BY ?medium_id ?classification ?class_label

Phenotype information

スタンザファイル名：organism_phyenotype 旧スタンザファイル名：phenotype_information

PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>
PREFIX idtax: <http://purl.uniprot.org/taxonomy/>

SELECT ?mpo ?phenotype (GROUP_CONCAT(?value; SEPARATOR = ", ") AS ?value)
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
WHERE
{
  idtax:383372 ?mpo ?o .
  ?mpo rdfs:label ?phenotype .
  FILTER (lang(?phenotype) = "en") .
  OPTIONAL
  {
    ?o rdfs:label ?o2 .
    FILTER (lang(?o2) = "en") .
  }
  BIND( IF(bound(?o2) ,?o2 , ?o) as ?value )
} GROUP BY ?mpo ?phenotype ORDER BY ?mpo

Organism habitat

スタンザファイル名:organism_habitat

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX idorg:  <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT DISTINCT ?linage_meo_id ?label ?parent_meo_id ?is_sampled_meo
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  {
    SELECT DISTINCT ?meo_id
    WHERE
    {
      VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id FILTER (?tax_id = taxid:103690) .
      ?tax_id a <http://identifiers.org/taxonomy/> .
      ?gold_id mccv:MCCV_000020 ?tax_id .
      ?gold_id ?p_env ?meo_id .
    }
  }
  GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo/>
  {
    ?meo_id rdfs:subClassOf* ?linage_meo_id .
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:label ?label . }
    OPTIONAL { ?linage_meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id .}
    BIND ( IF(?meo_id = ?linage_meo_id, "TRUE","FALSE") AS ?is_sampled_meo) .
  }
}

Genomic plot

スタンザファイル名：genome_plot 旧スタンザファイル名：taxonomy_plot

genomeサイズ + Organism Name + Phenotype

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX mpo:<http://purl.jp/bio/01/mpo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT
  ?tax ?organism_name ?bioProject ?genome_length
  (sql:GROUP_DIGEST (?cell_shape_label, ', ', 1000, 1)) AS ?cell_shape_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?temp_range_label, ', ', 1000, 1)) AS ?temp_range_label
  (sql:GROUP_DIGEST (?oxy_req_label, ', ', 1000, 1)) AS ?oxy_req_label
  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  {
    SELECT ?tax ?bioProject SUM(?seq_len) AS ?genome_length
    {
      ?tax rdf:type <http://identifiers.org/taxonomy/> .
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
      rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )) .
      ?seq insdc:sequence_length ?seq_len ;
        rdfs:seeAlso ?bioProject .
      ?bioProject rdf:type <http://identifiers.org/bioproject/> .
    } GROUP BY ?tax ?bioProject
  }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10001/rdfs:label ?cell_shape_label  FILTER (lang(?cell_shape_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10003/rdfs:label ?temp_range_label  FILTER (lang(?temp_range_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10002/rdfs:label ?oxy_req_label FILTER (lang(?oxy_req_label) = "en") . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10009 ?opt_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10010 ?min_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10011 ?max_temp . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10005 ?opt_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10006 ?min_ph . }
  OPTIONAL { ?tax mpo:MPO_10007 ?max_ph . }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name
} GROUP BY ?tax ?organism_name ?genome_length ?bioProject  ?opt_temp ?min_temp ?max_temp ?opt_ph ?min_ph ?max_ph

環境名(第一階層のみを取得)

PREFIX owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>

SELECT ?tax (sql:GROUP_DIGEST (?label, ', ', 1000, 1)) as ?habitat
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?p_env { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax FILTER regex(?tax, "^http://identifiers.org/") .
  ?gold ?p_env ?meo .
  ?meo a owl:Class ;
    rdfs:subClassOf* ?parent .
    ?parent rdfs:label ?label .
  ?parent meo:MEO_0000442 "1" .
} GROUP BY ?tax

Gene,rRNA,tRNA数の取得

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

SELECT ?tax ?bioproject ?num_gene ?num_rrna ?num_trna
FROM <http://togogenome.org/graph/stats/>
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
 ?bioproject a <http://identifiers.org/bioproject/> .
 ?tax rdfs:seeAlso ?bioproject .
 ?tax a <http://identifiers.org/taxonomy/> .
 ?bioproject togo:gene ?num_gene .
 ?bioproject togo:rrna ?num_rrna .
 ?bioproject togo:trna ?num_trna.
}

Pathogen information

スタンザファイル名：organism_pathogen_information

PREFIX pdo: <http://purl.jp/bio/11/pdo/>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no
 ?bacterialName (GROUP_CONCAT(?diseaseName; SEPARATOR = ", ") AS ?diseaseNameSet) ?infectiousType ?strainType
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/pdo_mapping/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  { ?tax_id rdfs:subClassOf+ taxid:1763 }
  UNION
  { ?tax_id rdfs:label ?o FILTER (?tax_id = taxid:1763) }
  ?tax_id rdfs:label ?bacterialName ;
    pdo:isAssociatedTo ?blank .
  ?blank ?p ?disease FILTER (?p IN(pdo:mayCaused, pdo:isRelatedTo)).
  ?disease rdfs:label ?diseaseName .
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:infectiousType ?infectiousType . }
  OPTIONAL { ?tax_id pdo:isAssociatedTo/pdo:strainType ?strainType . }
}

Organism cross references

スタンザファイル名：organism_cross_references

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX insdc: <http://insdc.org/owl/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?label ?link
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  {
    SELECT REPLACE(str(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=", "GOLD:" ) as ?label ?gold as ?link
    FROM <http://togogenome.org/gold/>
    WHERE
    {
      ?gold mccv:MCCV_000020 idtax:1148 .
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT DISTINCT ?label ?xref as ?link
    FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
    WHERE
    {
      values ?tax_id { idtax:1148 }
      values ?so { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
      ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id .
      ?seq a ?so .
      ?seq rdfs:seeAlso ?xref .
      ?xref rdfs:label ?label .
    } ORDER BY ?label
  }
}

Genome cross references

スタンザファイル名：genome_cross_references

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>
PREFIX insdc: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX idtax: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?bp ?rs ?desc ?label ?xref
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  VALUES ?tax_id { idtax:1148 }
  VALUES ?so { obo:SO_0000340 obo:SO_0000155 }
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax_id .
  ?seq a ?so .
  ?seq rdfs:label ?desc .
  ?seq insdc:sequence_version ?rs .
  ?seq rdfs:seeAlso ?xref .
  ?xref rdfs:label ?label .
  ?seq rdfs:seeAlso ?xref_bp .
  ?xref_bp a <http://identifiers.org/bioproject/> .
  ?xref_bp rdfs:label ?bp .
}

Environment Report

Environment attributes

スタンザファイル名：environment_attributes

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT
 REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/","") AS ?meo_no ?meo_label ?meo_definition AS ?meo_description
 (sql:GROUP_DIGEST(?exact_synonym, ', ', 1000, 1)) AS ?exact_synonyms
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  meo:MEO_0000029 rdfs:label ?meo_label .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?meo_definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000776 ?exact_synonym . }
} GROUP BY ?meo_id ?meo_label ?meo_definition

Inhabitants statistics

スタンザファイル名：environment_inhabitants_statistics

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?type ?cnt
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?gold) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?gold_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?gold_meo_id .
      BIND ("GOLD" AS ?type ). 
    }
  }
  UNION
  {
    SELECT ?type COUNT(DISTINCT ?strain) AS ?cnt
    {
      VALUES ?meo_strain_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?strain_meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?strain ?meo_strain_mapping ?strain_meo_id . 
      BIND (IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.nbrc.nite.go.jp/"), "NBRC",IF(STRSTARTS(STR(?strain), "http://www.jcm.riken.go.jp/"),"JCM","")) AS ?type) .
    } GROUP BY ?type
  }
}

Inhabitants

スタンザファイル名：environment_inhabitants GOLD samples

DEFINE sql:select-option "order"

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>

SELECT 
 ?gold AS ?source_link 
 REPLACE(STR(?gold) ,"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=" ,"" ) AS ?source_id
 ?organism_name REPLACE(STR(?tax_id) ,"http://identifiers.org/taxonomy/" ,"" ) AS ?tax_no "" AS ?isolation
 (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
{
  VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
  ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
  ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
  BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env ) 
  OPTIONAL 
  {
    ?gold mccv:MCCV_000020 ?tax_id . 
    ?tax_id taxo:scientificName ?organism_name
  }
} GROUP BY ?gold ?tax_id ?organism_name

Culture collections

PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?strain_id AS ?source_link ?strain_number AS ?source_id ?strain_name AS ?organism_name
  (sql:GROUP_DIGEST(?tax_no, ', ', 1000, 1)) AS ?tax_no
  ?isolation (sql:GROUP_DIGEST(?env, '||', 1000, 1)) AS ?env_links
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/brc/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  VALUES ?related_type { mccv:MCCV_000056 mccv:MCCV_000022 mccv:MCCV_000057 }
  { SELECT DISTINCT ?strain_id
    {
      VALUES ?meo_mapping { mccv:MCCV_000059 mccv:MCCV_000060 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
      ?strain_id ?meo_mapping ?meo_id .
      ?strain_id rdf:type mccv:MCCV_000001 .
    }
  }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000010 ?strain_number . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000012 ?strain_name . }
  OPTIONAL { ?strain_id mccv:MCCV_000030 ?isolation . }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id mccv:MCCV_000059|mccv:MCCV_000060 ?meo_id .
    ?meo_id rdfs:label ?meo_label .
    BIND (CONCAT(REPLACE(STR(?meo_id),"http://purl.jp/bio/11/meo/",""), ?meo_label) AS ?env )
  }
  OPTIONAL
  {
    ?strain_id ?related_type ?tax_id FILTER (STRSTARTS(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/")) .
    BIND (REPLACE(STR(?tax_id),"http://identifiers.org/taxonomy/","") AS ?tax_no) .
  }
} GROUP BY ?strain_id ?strain_number ?strain_name ?isolation ORDER BY DESC (?source_id)

Sampling places

スタンザファイル名：environment_geographical_map

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX msv: <http://purl.jp/bio/11/msv/>

SELECT
  ?gold REPLACE(STR(?gold),"http://www.genomesonline.org/cgi-bin/GOLD/GOLDCards.cgi\\?goldstamp=","") AS ?gold_id
  ?gaz AS ?gaz_id ?place_name ?latitude ?longitude
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gazetteer/>
{
  ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000029 .
  ?gold meo:MEO_0000437 ?meo_id .
  ?gold meo:MEO_0000438 ?gaz .
  ?gaz rdfs:label ?place_name .
  ?gaz msv:latitude ?latitude .
  ?gaz msv:longitude ?longitude .
}

Taxonomic composition

スタンザファイル名：environment_taxonomic_composition

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX taxo: <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/taxonomy#>
PREFIX taxid: <http://identifiers.org/taxonomy/>

SELECT ?tax ?organism_name AS ?tax_label ?parent ?rank
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
FROM <http://togogenome.org/graph/gold/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
WHERE
{
  {
    SELECT ?tax
    {
      VALUES ?meo_mapping { meo:MEO_0000437 meo:MEO_0000440 }
      ?meo_id rdfs:subClassOf* meo:MEO_0000004 .
      ?gold ?meo_mapping ?meo_id .
      ?gold mccv:MCCV_000020 ?hit_tax FILTER (STRSTARTS(STR(?hit_tax), "http://identifiers.org/taxonomy" )) .
      ?hit_tax rdfs:subClassOf* ?tax .
    } GROUP BY ?tax
  }
  ?tax taxo:scientificName ?organism_name .
  OPTIONAL { ?tax rdfs:subClassOf ?parent . }
  OPTIONAL { ?tax taxo:rank ?rank . }
}

Environment ontology

スタンザファイル名：environment_environmental_ontology

PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>

SELECT ?meo_id ?label ?definition ?parent
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
  ?meo_id a owl:Class .
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:label ?label . }
  OPTIONAL { ?meo_id meo:MEO_0000443 ?definition . }
  OPTIONAL { ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent . }
}

共通クエリ

uniprot_id_from_togogenome(gene_id)

RefSeqのTaxonomy+LocusTagからUniProtIDを返すクエリ。

SELECT ?upid
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE
{
 <http://togogenome.org/gene/103690:alr3431> ?p ?upid .
 ?upid a <http://identifiers.org/uniprot/> .
}

計算用クエリ

Genomic plot用集計結果

Genomic plot, Pfam plotで表示する、各ゲノムのgene, trna, rrna数の集計クエリは遅いため、予め集計した数値をトリプルとして持って置く

Taxonomy,BioProjectリスト取得

Taxonomy及びBioProjectのリストを取得。ひとつのTaonomyに複数のBioProjectが紐づいているケースもあるため、2つをグルーピングのキーにする。

PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg:<http://rdf.identifiers.org/database/>

SELECT DISTINCT ?tax ?bioProject
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .
}

Gene数集計取得

taxonomy"1148", bioproject"57659"の集計結果を出力するクエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
  SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
  FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
  WHERE
  {
    ?seq rdfs:seeAlso ?tax FILTER (?tax = <http://identifiers.org/taxonomy/1148>) .
    ?seq rdf:type ?obo_type FILTER (?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
    ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject FILTER (?bioProject = <http://identifiers.org/bioproject/57659>).
    { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
    UNION
    { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
    UNION
    { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
  }
}

一括でGene数集計取得

• virtuoso.iniの設定変更

生成するttlが10000行を超えると結果が途中で切れてしまうため、virtuoso.iniで以下の値を設定する。現在(RefSeq v60)では13000件程度の結果。

ResultSetMaxRows                = 20000

• CONSTRUCT文の作成

genome_gene_number_stats.rq

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
PREFIX idorg: <http://rdf.identifiers.org/database/>
PREFIX togo: <http://togogenome.org/stats/>

CONSTRUCT
{
  ?tax togo:genome_stats 
  [
    rdfs:seeAlso ?bioProject ;
    togo:gene_number ?num_gene ;
    togo:rrna_number ?num_rrna ;
    togo:trna_number ?num_trna ;
  ]. 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE
{
 SELECT ?tax ?bioProject COUNT(?gene) as ?num_gene COUNT(?rrna) AS ?num_rrna COUNT(?trna) AS ?num_trna
 FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
 WHERE
 {
  ?tax rdf:type idorg:Taxonomy .
  ?seq rdfs:seeAlso ?tax ;
    rdf:type ?obo_type FILTER(?obo_type IN (obo:SO_0000340, obo:SO_0000155 )).
  ?seq rdfs:seeAlso ?bioProject.
  ?bioProject rdf:type idorg:BioProject .  
  { ?gene obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000704 . }
  UNION
  { ?rrna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000252 . }
  UNION
  { ?trna obo:so_part_of ?seq ; rdf:type obo:SO_0000253 .  }
 } GROUP BY ?tax ?bioProject
}
;

検索がタイムアウトしないようであれば、下のCONSTRUCT文をそのままエンドポイントに投げても良い。その場合は冒頭"SPARQL"と最後のセミコロンを削除する

• isqlでクエリ実行&ttl生成

isqlで実行する(ポートとユーザ・パスワードは適宜読み替える)

$isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < genome_gene_number_stats.rq > genome_gene_number_stats.ttl

Facet検索用リーズニンング

GO2Uniprot

go:0044464(cell part)に紐づくUniprotIDをTTLを生成するCONSTRUCT文

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX up: <http://purl.uniprot.org/core/>

CONSTRUCT
{
 <http://purl.uniprot.org/go/0044464> up:classifiedWith ?uniprot_uri 
}
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
FROM <http://togogenome.org/graph/taxonomy/>
FROM <http://togogenome.org/graph/tgup/>
WHERE
{
 {
  SELECT DISTINCT ?uniprot_uri
  WHERE
  {
   ?uniprot_go rdfs:subClassOf* <http://purl.uniprot.org/go/0044464> .
   ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go .
   ?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . 
   ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp .
  }
 }
}

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。
設定ファイルのResultSetMaxRowsのトリプルしか出力されないので注意する。
ResultSetMaxRowsを1,000,000→1,500,000 にあげるか、OFFSET LIMITを使用する(DISTINCTをつけないいけないか見直す)

isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_go0044464_uniprot.rq > go0044464_uniprot.txt

上記のCONSTRUCT文であれば（DEFINE output:format "NT"をつけていないため）、空白区切りで出力されるため、整形する。

perl -pe 's/(\S+)/<$1>/g; s/$/ ./' go0044464_uniprot.txt > go0044464_uniprot.ttl

データの読み込み

SQL> DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/go0044464_uniprot.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/goup/');

MEO hierarchy

MEOのsubClassOfの関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
CONSTRUCT
{
 ?meo_id rdfs:subClassOf ?parent_meo_id
}
FROM <http://togogenome.org/graph/meo/>
WHERE
{
 ?meo_id a owl:Class .
 ?meo_id rdfs:subClassOf+ ?parent_meo_id
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。

isql 1111 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_meo_parent.rq > meo_parent_meo.ttl

データの読み込み

SQL > DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/meo_parent_meo.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/meo_parent');

MPO hierarchy

MPOのsubClassOfの関係をリーズニングするCONSTRUCT文を生成。出力フォーマットはNTを指定

SPARQL
DEFINE output:format "NT"
CONSTRUCT
{
 ?mpo_id rdfs:subClassOf ?parent_mpo_id
}
FROM <http://togogenome.org/graph/mpo/>
WHERE
{
  ?mpo_id a owl:Class .
 ?mpo_id rdfs:subClassOf+ ?parent_mpo_id
}
;

CONSTRUCT文を発行してファイルに出力するコマンド。

$isql 20871 dba dba VERBOSE=OFF BANNER=OFF PROMPT=OFF ECHO=OFF BLOBS=ON ERRORS=stdout < create_ttl_mpo_parent.rq > mpo_parent_mpo.ttl

データの読み込み

SQL> DB.DBA.TTLP_MT (file_to_string_output('/data/store/virtuoso7upd2/var/lib/virtuoso/db/mpo_parent_mpo.ttl'), '', 'http://togogenome.org/graph/mpo_parent');

その他

GGGenome用クエリ

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX insdc:  <http://ddbj.nig.ac.jp/ontologies/sequence#>
PREFIX faldo: <http://biohackathon.org/resource/faldo#>
PREFIX obo: <http://purl.obolibrary.org/obo/>
SELECT DISTINCT ?locus_tag ?product ?feature_position_beg ?feature_position_end ?sequence_ontology ?sequence_ontology_name ?bioproject ?taxonomy ?refseq ?position ?name ?position_end ?snippet ?snippet_pos ?snippet_end ?strand

FROM <http://togogenome.org/graph/so/>
FROM <http://togogenome.org/graph/refseq/>
WHERE 
{
 {
  SELECT DISTINCT ?feature_position_beg ?feature_position_end ?sequence_ontology ?sequence_ontology_name ?bioproject ?taxonomy ?refseq ?position ?name ?position_end ?snippet ?snippet_pos ?snippet_end ?strand ?f
  WHERE
  {
   VALUES (?bioproject ?name ?position ?position_end ?refseq ?snippet ?snippet_end ?snippet_pos ?strand ?taxonomy) {
    ( "PRJNA161947" "Escherichia coli BL21(DE3) chromosome, complete genome." 749900 749923 "NC_012971.2" "ACTGGAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTAAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGGATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCT" "750023" "749800" "+" "469008" )
    ( "PRJEA161949" "Escherichia coli BL21(DE3), complete genome." 749894 749917 "NC_012892.2" "ACTGGAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTAAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATAATGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGGATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCT" "750017" "749794" "+" "469008" )
    ( "PRJNA161951" "Escherichia coli DH1 chromosome, complete genome." 3504609 3504632 "NC_017625.1" "ACTGGAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTGAGTTAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCTTTACACTTTATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATTTCACACAGGAAACAGCTATGACCATGATTACGGATTCACTGGCCGTCGTTTTACAACGTCGTGACTGGGAAAACCCTGGCGTTACCCAACTTAATCGCCT" "3504732" "3504509" "+" "536056" )
    ( "PRJNA57779" "Escherichia coli str. K-12 substr. MG1655, complete genome." 365547 365570 "NC_000913.2" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "365670" "365447" "-" "511145" )
    ( "PRJNA57831" "Escherichia coli O157:H7 str. EDL933 chromosome, complete genome." 423101 423124 "NC_002655.2" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATCTGTAATCATAGTCATAGCTGTATCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCXTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "423224" "423001" "-" "155864" )
    ( "PRJNA58979" "Escherichia coli str. K-12 substr. DH10B chromosome, complete genome." 1384990 1385013 "NC_010473.1" "CATTCGCCATTCAGGCTGCGCAACTGTTGGGAAGGGCGATCGGTGCGGGCCACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "1385113" "1384890" "-" "316385" )
    ( "PRJNA59245" "Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' chromosome, complete genome." 3032462 3032485 "NC_012947.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACATTATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTTACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "3032585" "3032362" "-" "866768" )
    ( "PRJNA59343" "Escherichia coli O127:H6 str. E2348/69 chromosome, complete genome." 340993 341016 "NC_011601.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAATACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATAGTCATAGCTGTATCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGACGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTGACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCGAGT" "341116" "340893" "-" "574521" )
    ( "PRJNA62981" "Escherichia coli UMN026 chromosome, complete genome." 424685 424708 "NC_011751.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAATACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATAGTCATAGCTGTATCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGACGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTGACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTGCCCGCTTTCCAGT" "365670" "365447" "-" "316407" )
    ( "PRJDA162051" "Escherichia coli DH1, complete genome." 366747 366770 "NC_017638.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "366870" "366647" "-" "536056" )
    ( "PRJEA161985" "Escherichia coli 042, complete genome." 429183 429206 "NC_017626.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAATACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATAGTCATAGCTGTATCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGACGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTGACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCGAGT" "429306" "429083" "-" "216592" )
    ( "PRJNA193705" "Escherichia coli str. K-12 substr. MDS42 DNA, complete genome." 292512 292535 "NC_020518.1" "AGGCGATTAAGTTGGGTAACGCCAGGGTTTTCCCAGTCACGACGTTGTAAAACGACGGCCAGTGAATCCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "292635" "292412" "-" "1110693" )
    ( "PRJNA62463" "Bacillus subtilis BSn5 chromosome, complete genome." 2247512 2247535 "NC_014976.1" "TAAATAGTGTATACAATACCCGTTTTAAGGGGAATCTCCAGAGGATCGCCGGGAACCGAGGACGAGTTCGTAATCATGGTCATAGCTGTTTCCTGTGTGAAATTGTTATCCGCTCACAATTCCACACAACATACGAGCCGGAAGCATAAAGTGTAAAGCCTGGGGTGCCTAATGAGTGAGCTAACTCACATTAATTGCGTTGCGCTCACTGCCCGCTTTCCAGT" "2247635" "2247412" "-" "936156" )
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   FILTER (?feature_position_beg < ?position && ?position < ?feature_position_end && ?feature_position_beg != 1)
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 }
  OPTIONAL {?f insdc:locus_tag ?locus_tag . }
  OPTIONAL {?f insdc:product ?product .}
}

ErrorSparqlSamples

Environment: hydrosphere, Taxonomy: Bacteria, BiologicalProcess: cell killing

DEFINE sql:select-option "order"
PREFIX mccv: <http://purl.jp/bio/01/mccv#>
PREFIX meo: <http://purl.jp/bio/11/meo/>
PREFIX mpo: <http://purl.jp/bio/01/mpo#>
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SELECT DISTINCT ?uniprot_bp ?uniprot_uri ?recommended_name  ?taxonomy_uri ?taxonomy_name
FROM <http://togogenome.org/graph/uniprot/>
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WHERE
{
 {
  SELECT DISTINCT ?uniprot_bp ?uniprot_uri ?recommended_name  ?taxonomy_uri ?taxonomy_name
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  {
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   GRAPH <http://togogenome.org/graph/uniprot/>  { ?uniprot_bp up:classifiedWith ?uniprot_go . }
    
   OPTIONAL {?uniprot_bp up:recommendedName/up:fullName ?recommended_name . }
   ?uniprot_uri rdfs:seeAlso ?uniprot_bp .
   ?togogenome rdfs:seeAlso ?uniprot_uri .
   ?togogenome rdfs:seeAlso ?taxonomy_uri .
   ?taxonomy_uri rdfs:label ?taxonomy_name .
   ?taxonomy_uri rdfs:subClassOf* ?parents .
   ?parents ?p ?o 
   FILTER (?parents = <http://identifiers.org/taxonomy/2>) .
  }
 }
 GRAPH <http://togogenome.org/graph/gold/> 
 {
  ?gold_iri mccv:MCCV_000020 ?taxonomy_uri .
  ?gold_iri ?p_meo ?meo_iri  FILTER (?p_meo IN(meo:MEO_0000437, meo:MEO_0000440)) .
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 GRAPH <http://togogenome.org/graph/meo/>  
 {
  ?meo_iri rdfs:subClassOf* ?parents_meo .
  ?parents_meo rdfs:label ?label 
  FILTER (?parents_meo = meo:MEO_0000004).  
 }
}

Environment: hydrosphere, CellularComponent: cell part, Phenotype: Motility

BiologicalProcess: cell killing, MolecularFunction: binding, CellularComponent: cell part, Phenotype: Motility