BH12.12/TogoGenome

提供：TogoWiki

ゲノム情報の RDF 化

• INSDC のオントロジー 作成
  • SO
  • FALDO
  • INSDC.owl
    • Feature/Qualifier - FT <-> SO
    • DB XREF - Identifiers.org

• RefSeq (のprokaryote) エントリの RDF を生成
  • DDBJ の http://fat:8892/sparql に <http://v5.genome.db/> としてストアされているものが最新
    • 元データは ~ktym/project/rdfgenome/wget_prokaryote.v5/**/*.ttl
    • 42GB
    • 455,322,591 triples
    • 19,981,922 URIs
    • 75,363,941 UUIDs
    • 96 predicates

152898623 rdf:type
44102584 rdfs:label
40926808 faldo:reference
40926808 faldo:position
30128855 rdfs:seeAlso
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20463404 faldo:begin
20459536 obo:so_part_of
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13973729 faldo:location
13868333 insdc:feature_locus_tag
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6486350 insdc:feature_transl_table
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10385 insdc:feature_mobile_element_type
6145 insdc:feature_anticodon
4558 insdc:feature_rpt_type
  :

• ヒストリ
  • v1: BioRuby を使った RefSeq -> Turtle コンバータ
  • v2: URI を見直し
  • v3: URI を URN (UUID) 化
  • v4: Identifiers.org を使用、バグフィックス
  • v5: FALDOの更新 fix、INSDC オントロジーへの暫定移行
  • v6: INSDC.owl の正式採用（予定）