BH12.12/SPARQLthon5/TogoAnnotation

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目次

TogoAnnotation

  • RDFアップデート
    • CyanoBase, RhizoBaseのドメイン変更に伴いDB内のブックマークURLデータを変更した。

CyanoBase拡張

遺伝子セットと遺伝子メンバーのRDF

  • 遺伝子セット
    • ppi
    • protein complex
    • operon

例） 

@prefix mdb: <http://genome.microbedb.jp/terms/> .
@prefix rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#> .
@prefix mdb: <http://genome.microbedb.jp/terms/> .
@prefix owl: <http://www.w3.org/2002/07/owl#> .
@prefix xsd: <http://www.w3.org/2001/XMLSchema#> .
@prefix rdf: <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#> .
@prefix skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#> .


<http://wiki.annotation.jp/Genome:Anabaena_sp._PCC_7120/Allophycocyanin> rdfs:label "Anabaena_sp._PCC_7120/Allophycocyanin" ;
       mdb:type "http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex" ;
       a skos:Collection ;
       skos:member <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all0450> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0021> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0022> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/asr0023> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all3653> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0020> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/all2327> .

<http://wiki.annotation.jp/Genome:Anabaena_sp._PCC_7120/Bidirectional_hydrogenase> rdfs:label "Anabaena_sp._PCC_7120/Bidirectional_hydrogenase" ;
       mdb:type "http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex" ;
       a skos:Collection ;
       skos:member <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0764> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0766> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr3843> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0762> , <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Anabaena/genes/alr0752> .


  • 遺伝子セット（skos:Collection）と遺伝子（skos:member）で記述
    • operonなどはOrderedCollection/memberList ＋推論 として扱えるとよい。 
select
?geneset_label, ?geneset, ?type, (sql:GROUP_CONCAT(?gene_label, ", ")) as ?gene_member, (sql:GROUP_CONCAT(?o, ", ")) as ?gene_urls
where 
{
?geneset ?p ?o.
#?geneset ?p <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520>.
?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type> ?type.
#?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type><http://genome.microbedb.jp/terms/protein_complex>.
?geneset <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?geneset_label.
?geneset a <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#Collection>.
Filter(?p = <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#member>)
?o <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?gene_label.
#Filter( ?type = <http://genome.microbedb.jp/terms/operon>)
} order by ?geneset
  • cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520 の遺伝子セットとメンバーの検索 
select
?geneset_label, ?geneset, ?type, (sql:GROUP_CONCAT(?gene_label, ", ")) as ?gene_member, (sql:GROUP_CONCAT(?o, ", ")) as ?gene_urls
where 
{
?geneset ?p ?o.
?geneset ?p <http://genome.microbedb.jp/cyanobase/Synechocystis/genes/sll0520>.
?geneset <http://genome.microbedb.jp/terms/type> ?type.
?geneset <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?geneset_label.
?geneset a <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#Collection>.
Filter(?p = <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#member>)
?o <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#label> ?gene_label.
} order by ?geneset


履歴管理と運用

参考

「/mw/BH12.12/SPARQLthon5/TogoAnnotation」より作成