BH12.12/SPARQLthon3/NBRCMedium
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目次 |
SPARQLthonでのシナリオ
- SPARQLthon1からの続き
- 関係者でNBRC/JCM の菌株情報をNCBI Taxonomy / UniProt Taxonomy とどのように関係付けるか相談する
- NBRC菌株ID と Taxonomy ID を関連付けるRDF の作成
- DDBJの triplestore に蓄積されている、RefSeq GenomeRDF や UniProt RDF と組み合わせたケーススタディを考える
- NBRC菌株の培養温度情報をトリプルにして、トリプルストアに入れる
- 培養温度を問い合わせに使ったSPARQLを考えてみる
NBRC菌株名名寄せ結果
- 森さん＠東工大 菌株名寄せ結果報告（ClassB2）
- StrainInfoの外部IDのデータセットを取得
- NBRC IDとStrainInfo外部IDデータセットの対応をとる
- 対応が取れたエントリーのINSDC配列アクセション番号を全て取得
- INSDC配列アクセッション番号からエントリーをたどりその中のTaxIDを取得
- sort/uniq 一意に決まるものを選抜
内容の確認
- 資料：名寄せの統計
| #NBRC ID | A | B1 | B2 | C |
|---|---|---|---|---|
| 716 | o | o | o | o |
| 2 | o | o | o | - |
| 1060 | o | o | - | o |
| 23 | o | o | - | - |
| 473 | o | - | o | o |
| 33 | o | - | o | - |
| 519 | o | - | - | o |
| 61 | o | - | - | - |
| 73 | - | o | o | o |
| 166 | - | o | - | o |
| 2 | - | o | - | - |
| 1336 | - | - | o | o |
| 48 | - | - | o | - |
| 12933 | - | - | - | o |
菌株メタデータ記述のための利用オントロジーと統制語彙の設計
- Microbial Culture Collection Vocabulary (MCCV) beta2 川島さん＠DBCLS
- 今までの問題点の確認
- MCCVの構造とタームの概要説明、提案
問題点の共有
- 他のカルチャーコレクション番号の表現、リンク先のあるものとないもの
- MCLの他のStrain Numberへのリンクに用いるプロパティ[[http://www.straininfo.net/projects/mcl/reference#http://www.straininfo.net/ns/mcl/2.0/otherStrainNumber otherStrainNumberは、MCL独特の思想が入ってるので別のプロパティを設定したい
- 空白ノードを介してOtherCultureCollectonInfo, OtherCultureCollectionNumber, OtherCultureCollectionURL...
- 菌株名寄せのClassA-Cを分けるためのプロパティ設計
- relatedToTaxonomyByDBLink, RelatedToTaxonomyBySequence, RelatedToTaxonomyByStrainName
- relatedToTaxonomy の空白ノード以下 dc:identifier rdf:label
- 文献情報の記載について
- 空白ノードの下にdc:を使って表現する
- タイプストレイン行の中にタイプシリーズの表記がある
- http://ja.wikipedia.org/wiki/タイプ_(分類学)
- DB内には詳細なデータがあるがWebからは見えていない
- 例）Ex-type -> Type yes
- isTypeStrain booleanで表現する
- Type seriesなどの表現でEx-type, Ex-halotypeなど格納する...
MCCV beta2のリリース
- OtherCultureCollectionNumber は、他機関での菌株IDをリテラルとして記述するためのプロパティだったが、実際は、菌株IDだけ利用可能な場合と、そのURIも利用可能な場合があるので、OtherCultureCollectionInfo プロパティを用意した。このプロパティは、ブランクノードを介して、菌株IDおよびあればそのURIを、OtherCultureCollectionNumber および、OtherCultureCollectionURI で記述する。
MCCV beta3のリリース
- relatedToTaxon というプロパティは、英語としておかしいので、isRelatedToTaxon 〜 に変更した。
MCCV beta4のリリース
- 全バージョンとの違い
- 語彙のIDを、mccv:Culture のような可読IDから、MCCV_000001 のような機械的IDに変更した。
- 英語的な記述は、言語タグを付与して、rdfs:label で、ラベルとして記載。
- できる限り、日本語タグも付与した。
